タラークは男性だけで構成された国家であり、その社会は厳しい階級制度により成り立っている。労働階級である3等民のヒビキは、人型戦闘機・蛮型撲撃機の製造工場で部品作りに従事していたが…。

イカヅチの制御システム、ペークシス・プラグマから流れ出した結晶体に包み込まれるヒビキたち。光の洪水の中でヒビキは、戦闘機がビームキャノンを発射し、着弾寸前の空間魚雷・村正を爆発させるのを目撃する。

ヒビキの蛮型とディータのドレッドが合体したクリスタルの巨人、ヴァンドレッド・ディータの活躍で、突然攻撃してきた未知の敵を倒したものの、イカヅチ艦内はその大部分を結晶体に覆い尽くされてしまった。

メジェールとタラークに危機が迫っていることを知ったヒビキたちは、それぞれの母星に向けて通信ポッドを送ることにした。しかし、またも敵の襲撃が始まり、射出されたポッドは打ち落とされてしまう。

ニル・ヴァーナと名前を変えたイカヅチの前方に小惑星が現れる。惑星表面に熱源反応を確認したブリッジでは、敵の「刈り取り」作戦に関する情報を得ようと、緊張感を漂わせながら観測を続けていた。

戦闘中に味方をかばい、瀕死の重傷を負ってしまったメイアが医療室に運ばれる。ドゥエロとパイウェイによる懸命の治療が続けられるなか、メイアの意識は現実を離れ、少女時代の思い出をたどり始める。

久々に穏やかな時間が流れるニル・ヴァーナ。手作りのクッションを渡そうとヒビキを探すディータは、彼の部屋が散らかり放題になっているのを見て掃除を思い立ち、自分の趣味に合わせてすっかり模様替えしてしまう。

以前は中継基地として栄えた「ミッション」内を、物資を求めて探索するヒビキたち。そこに大柄な男・ラバットと相棒のウータンがいた。久々に自分たち以外の男を目にしたヒビキは、救助にきてくれたのかと思うが…。

表面の99％を水で覆われた惑星・アンパトスでは、若者たちが水上都市で細々と暮らしていた。物資補給のためにアンパトスの周回軌道に入ったニル・ヴァーナは、惑星の反対側に敵の刈り取りマシーンを発見する。

クリスマスムードに浮かれるニル・ヴァーナ艦内。艦長のマグノまでがサンタの扮装をして盛り上がるなか、クリスマスを知らず、タラークの祭りとあまりにも違う大騒ぎが理解できない男たちは戸惑うばかりだった。

空間を移動してから数カ月が過ぎ、ニル・ヴァーナはメジェールの姿を望遠鏡で確認できる距離まで戻ってきていた。パイウェイは、ヒビキたちが現れてからディータが構ってくれなくなったため、寂しさを感じていた。

大きなダメージを負っていたヒビキを助けたのは、ラバットだった。ニル・ヴァーナに戻ったヒビキはマグノに詰め寄り、刈り取られるのをただ黙って待つのではなく、自分たちで｢刈り取り｣と闘うことを主張する。

敵の偽ヴァンドレッド3機にドレッド隊は翻弄され、傷を負ったメイアたちはいったんニルヴァーナに帰艦する。だが、ニルヴァーナもまた敵の猛攻撃によるダメージが大きく、近くのガス状惑星に逃げ込むのだった。

男女が対立し、２つの惑星に別れて戦争している世界を描く、フルデジタルのＳＦロボットアクション。「ガメラシリーズ」の樋口真嗣が、ＴＶシリーズ「ヴァンドレッド」の１話～13話を責任編集。単なる総集編でなく、冒頭にディータたち女海賊が出撃していくシーンを挿入するなど、新作シーンも登場。メイン女性声優10人によるユニット“メジェール・パイレーツ”の新曲をテーマソングにして、新しい切り口でストーリーを展開する。

タラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったヒビキたちニル・ヴァーナの一行は、故郷への帰還の旅を続けている。ある日、救難信号を探知し、宇宙空間に漂うコールドスリープカプセルを回収する。

コールドスリープしていたのは14歳の少女・ミスティだった。彼女は冥王星から刈り取りの危機を伝えるべく旅立ったのだと話す。早速パルフェたちはカプセルにあったデータを解析するが、ウイルスが仕掛けられていた。

航行の途中に立ち寄った星には、刈り取りとは異なる目的のために、意図的に病気に侵されている人々が暮らしていた。その星でバートは余命いくばくもない少女と出会い、2人は心を通わせるようになる。

物資補給のため立ち寄ったミッションは、荒くれどもの巣窟だった。欲しい物は力ずくで奪い取れと女リーダーのリズに挑発され、ブザムはリズと決闘をすることになるが、ジェル状の敵がミッション内に侵入する。

攻撃を受けるニル・ヴァーナ。敵キューブが集合して現れたのは偽ニル・ヴァーナだった。ヒビキたちはいつもより苦戦を強いられ、勢い余ってバーネットを制すガスコーニュに心ない言葉を投げつけてしまう。

デリ機消失を目にして呆然とするクルーたち。敵の激しい追撃を逃れ、ニル・ヴァーナはガス星雲に避難する。ヒビキたちは冥王星からのカプセルに搭載されていたウイルスを敵機に打ち込むため、再度出撃するが…。

ヒビキに興味を持ち、積極的にアプローチするミスティを見たディータはやきもきする。そんなディータの姿を見たジュラは、ヒビキとディータを部屋に閉じ込めてコミュニケーションを取らせようと図る。

メイアの誕生日が近づき、クルーたちはメイアに内緒でサプライズ・パーティを計画する。ピョロに言われてカルーアの面倒を見ることになるメイアだったが、乗ったポッドが誤って射出され、敵の攻撃を受けてしまう。

敵の攻撃に応戦していたヒビキたちだったが、敵のビームによって強制的にヴァンドレッドの合体を解かれ、SP蛮は飛ばされてしまう。ヒビキが気づくと、そこはテレパスたちが暮らしている星だった。

タラークとメジェールを目前に控え、浮き足立つ一行は到着記念パーティの準備に追われていた。バートは昔の資料を掘り出し、ブザムへの｢恋文｣をしたためて渡すが、ブザムからやんわり断られ落ち込んでしまう。

タラーク軍に拿捕されるバートとドゥエロ。ヒビキは密航者故に記録がないのを逆手に取り、2人は彼をペークシスの中に隠す。裁判にかけられるマグノ一家は、男との共同生活をメジェール軍に理解してもらえない。

グラン・マ、グラン・パをはじめ今後のタラークとメジェールのあり方について議論する八聖翁たち。そこに乱入したヒビキの呼びかけにより、ニル・ヴァーナのクルーたちの前に賛同した人々が加勢に集まってくる。

戦闘のなか、敵船内で初めて地球人と対面するヒビキ。外では圧倒的な戦力の前に激戦が繰り広げられている。地球側は赤いペークシスを使ってワームホールを発生させ、宙域ごと消滅させようと図る。

ＷＯＷＯＷにて放映の、ハイクオリティ・フルデジタルアニメーションのセカンドシーズン全１３話を、樋口真嗣監督が自ら再編集したダイジェスト版。特典満載の初回限定版。