타라크는 남성으로만 구성된 국가로, 그 사회는 엄격한 계급제도로 이루어져 있다. 노동계급인 3등민인 히비키는 인간형 전투기인 야만형 무격기 제조 공장에서 부품 제작에 종사하고 있었는데....

히비키 일행은 이카즈치의 제어 시스템인 팍시스 플러그마에서 흘러나온 결정체에 휩싸인다. 빛의 홍수 속에서 히비키는 전투기가 빔 캐논을 발사하고, 착탄 직전의 우주 어뢰 무라마사를 폭발시키는 것을 목격한다.

히비키의 야만형과 디타의 드레드가 합쳐진 수정의 거인 반드레드 디타의 활약으로 갑작스럽게 공격해 온 미지의 적을 물리쳤지만, 이카즈치 함내의 대부분은 수정체로 뒤덮여 버렸다.

메제르와 타라크에 위기가 닥친 것을 알게 된 히비키 일행은 각자의 모성을 향해 통신 포드를 보내기로 한다. 하지만 또다시 적의 공격이 시작되고, 발사된 포드는 격추되고 만다.

닐 버나로 이름을 바꾼 이카즈치의 전방에 소행성이 나타난다. 행성 표면의 열원 반응을 확인한 브리지에서는 적의 '추수' 작전에 대한 정보를 얻기 위해 긴장감 속에 관측을 계속하고 있었다.

전투 중 아군을 보호하다 죽을 뻔한 중상을 입은 메이아가 의료실로 실려온다. 두에로와 파이웨이가 열심히 치료하는 동안 메이아의 의식은 현실에서 벗어나 소녀 시절의 기억을 따라가기 시작한다.

오랜만에 평온한 시간을 보내고 있는 닐 버나. 수제 쿠션을 건네주기 위해 히비키를 찾아간 디타는 그의 방이 어지럽혀진 것을 보고 청소를 결심하고, 자신의 취향에 맞게 완전히 새롭게 꾸민다.

예전에는 중계기지로 번창했던 '미션' 내부를 물자를 찾아 탐험하는 히비키 일행. 그곳에 덩치 큰 남자 라바트와 그의 파트너 우탄이 있었다. 오랜만에 자신들 외의 남자를 본 히비키들은 구조하러 온 것이 아닐까 생각하는데....

표면의 99%가 물로 뒤덮인 행성 암파토스에서는 젊은이들이 수상도시에서 근근이 살아가고 있었다. 물자 보급을 위해 암파토스의 궤도를 돌던 닐 버나는 행성 반대편에서 적의 추수 기계를 발견한다.

크리스마스 분위기로 들뜬 닐바나 함내. 함장 마그노까지 산타 복장을 하고 흥겨워하는 가운데, 크리스마스를 모르고 타라크의 축제와 너무 다른 소란스러움을 이해하지 못하는 남자들은 어리둥절하기만 하다.

우주를 이동한 지 몇 달이 지나고, 닐 버나는 망원경으로 메제르의 모습을 확인할 수 있는 거리까지 돌아왔다. 파이웨이는 히비키 일행이 나타난 이후 디타가 더 이상 신경을 써주지 않아 외로움을 느끼고 있었다.

큰 피해를 입은 히비키를 구해준 것은 라바트였다. 닐 버나로 돌아온 히비키는 매그노에게 다가가서 그냥 가만히 당하기만 할 것이 아니라 스스로가 직접 매그노와 싸워야 한다고 주장한다.

적의 가짜 반드레드 3기에 의해 드레드 부대는 속수무책으로 당하고, 상처를 입은 메이어 일행은 일단 닐버나로 귀환한다. 하지만 닐버나 역시 적의 맹공격으로 큰 피해를 입어 인근의 가스 행성으로 피신한다.

A recap of the original Vandread TV series. However, Taidouhen does contain some original footage.

타라크와 메제르에 수확의 위기가 다가오고 있음을 알게 된 히비키와 닐 바나 일행은 고향으로 돌아가기 위한 여정을 계속한다. 그러던 어느 날, 구조 신호를 감지하고 우주 공간에 떠다니는 콜드 슬립 캡슐을 회수한다.

차가운 잠을 자고 있던 것은 14살 소녀 미스티였다. 그녀는 명왕성에서 추수의 위기를 알리기 위해 떠났다고 말한다. 곧바로 파르페 일행은 캡슐에 들어있던 데이터를 분석하지만, 바이러스가 심어져 있었다.

항해 도중에 들른 별에는 수확과는 다른 목적을 위해 의도적으로 병에 걸린 사람들이 살고 있었다. 그 별에서 버트는 수명이 얼마 남지 않은 소녀를 만나게 되고, 두 사람은 마음을 통하게 된다.

물자 보급을 위해 들른 미션은 악당들의 소굴이었다. 원하는 것은 무력으로 빼앗으라는 여성 리더 리즈의 도발에 부잼은 리즈와 결투를 벌이게 되지만, 젤 형태의 적들이 미션 안으로 침입한다.

공격을 받는 닐 바나. 적 큐브들이 모여서 나타난 것은 가짜 닐 바나. 히비키 일행은 평소보다 더 큰 어려움을 겪게 되고, 기세에 눌려 버넷을 제압하는 가스코뉴에게 무례한 말을 내뱉게 된다.

델리 기체가 사라지는 것을 보고 놀란 대원들. 적의 맹렬한 추격을 피해 닐 버나는 가스 성운으로 피신한다. 히비키 일행은 명왕성에서 가져온 캡슐에 실려 있던 바이러스를 적기에 주입하기 위해 다시 출격하는데....

히비키에게 관심을 갖고 적극적으로 접근하는 미스티를 보고 디타는 당황한다. 그런 디타의 모습을 본 쥬라는 히비키와 디타를 방에 가두어 대화를 나누게 하려고 한다.

메이아의 생일이 다가오고, 승무원들은 메이아에게 비밀리에 서프라이즈 파티를 계획한다. 피요로의 부탁으로 칼루아를 돌보게 된 메이아는 타고 있던 포드가 실수로 발사되어 적의 공격을 받게 된다.

적의 공격에 응전하던 히비키 일행은 적의 빔에 의해 반드레드의 합체가 강제로 해제되고, SP반은 날아가 버린다. 히비키가 눈을 떴을 때, 그곳은 텔레파시들이 살고 있는 별이었다.

타라크와 메제르를 눈앞에 두고 들뜬 일행은 도착 기념 파티 준비에 여념이 없다. 버트는 옛 자료를 찾아 부잠에게 보내는 사랑의 편지를 모아 전달하지만, 부잠의 완곡한 거절에 낙담한다.

탈라크군에게 붙잡힌 바트와 두에로. 히비키는 밀항자라는 이유로 기록이 없는 것을 역이용해 두 사람은 그를 페크시스 안에 숨긴다. 재판에 회부된 마그노 가족은 남자와의 공동생활을 메제르 군에게 이해받지 못한다.

그랑 마, 그랑 파를 비롯해 앞으로의 타라크와 메제르가 나아가야 할 방향에 대해 논의하는 팔성 노인들. 그곳에 난입한 히비키의 외침으로 닐바나 일행 앞에 동의하는 사람들이 모여든다.

전투 중, 적선 안에서 처음으로 지구인과 대면하는 히비키. 밖에서는 압도적인 전력 앞에 격전이 벌어지고 있다. 지구 측은 붉은색 팍시스를 이용해 웜홀을 발생시켜 우주 공간 전체를 소멸시키려 한다.

Summary of Vandread the Second Stage plus several extra scenes.