高速インターネットが普及した近未来。ネットワークゲーム「The World」で、司と呼ばれる「呪紋使い」を操作していたプレイヤーがログアウトできなくなってしまう。精巧に作られたバーチャルワールドで、司は「痛み」を感じると同時に、他のキャラクターにはない絶対的な力「ガーディアン」を手に入れる。

司を守るガーディアンの攻撃は、対戦したキャラクターのプレイヤーにも現実世界での傷を負わせてしまっていた。そのニュースは現実世界と「The World」のプレイヤーの耳に入り、ゲーム世界の秩序を守る「紅衣の騎士団」は、その原因となった司を追い求める。一方、司は猫の姿のキャラクター・マハに導かれて…。

司の存在は、不審と疑惑を多くの者に抱かせることになった。異なったルールを認められない銀漢、司というキャラクターを動かすプレイヤーに興味を抱くベア。そして、「The World」にはなかったガーディアンの出現が、噂の域から出なかった隠しアイテムの存在を、再び浮かび上がらせる。

個人データが照会され、司が10日間ログアウトしていないことが判明した。唯一の守護者＝ガーディアンを連れて歩き、「The World」に居る誰もが知るキャラクターとなった司。その真実を知るためベアが、隠しアイテムとの関連を知るため楚良が、紅衣の騎士団に対し司との対話を提言する。

プレイヤーの拘束。その異常事態は多くの困惑を生み出していた。 BTに疑念をぶつけるミミル。司に起きた異変を目の当たりにする昴。 好奇心という名の欲望に忠実に動く楚良。そして、紅衣の騎士団にガーディアン出現の報告が入る。

司のことが気になって仕方のないミミルの前に、ひとりのプレイヤーが現れた。 まだ「The World」に入って間もない初心者・A-20。 ミミルは、彼女の行動と言動に振り回されながら、そこで1つの答えを見つけ出す。

中途半端だから気になる。だったら、 好きか嫌いか判るまで、トコトンまで付き合ってみればいい。 誰もその行方を知らない司へ「待っている」とメールを出し、 ミミルは高山都市の広場でひとり待つことを決めた。 司が来てくれることを信じて。

「Key of the Twilight」と司の謎を解くため、ミミルやベアたちは、新たなキャラ・ヘルバとのアクセスを試みる。 そして浮び上がる新たな謎。その頃、司は、温かな「生」と、冷たい「死」を体験する。

楽しむためにアクセスした『The World』内で、 人はリアルでの責任と行為を引きずり続ける。リアルで成し得なかった人としての責務、 その代償をベアは司へ関わることで逃れようというのか。 人と関わり続ける行為とは…。

司を友達と言い切れるようになったミミルは、戦いのない知識をメインにしたサブイベントに司を誘う。人との関わりを避けてきた司にとって、それは初めてのパーティー。多くの謎と不安の中だけに存在していた司が、 ミミルやベアに初めて笑顔を見せる。

リアルでの司を追うベアは、ついに確証とも言える何かを得る。確証は不安を生み、不安は伝説のアイテムの探究へとベアを動かして行く。司を監視下に置こうとするBT。司との会話に不安を抱く昴。 海の底に沈んだ司の心を捕らえているモノとは…。

次第にその謎が解かれていく『Key of the Twilight』。司は、伝説のアイテムの所有を条件に、その探究への参加を決意する。クリムを利用し、楚良と共謀するBT。謎のハッカーから情報を手に入れるベア。漆黒の雲が消える時、天空に黄昏の眼が現れた。

天上から建ち並ぶ数多の塔。伝説のアイテム『Key of the Twilight』を手に入れるため、3つの思惑が異質なfieldを走る。その中心で待つものとは何か。残滓と化した思念がループする場所で、司が得たものとは。

“黄昏の眼が開く時、キー・オブ・ザ・トワイライトが姿を成す。”昴は、幻のアイテムを求めた今までを振り返りながら、司のことを考える。出会いと、触れ合いと、そして・・・。逆城都市へ赴いた司を思っていたその時、昴の目に涙が伝った。

忘れられたfield、その中心部に存在した謎の男の意思。ミミルたちは、確かにその場所へ行き、帰還した。だが、クリムは強制終了を余儀なくされたという。では、司は…。『死』から再生された司は、自我の問題につきあたる。

コンセントさえ抜けば、消える世界。その中だけの人間関係に、何故こうも熱くなれるのか。煩わしさを理由に、人との関わりから1歩離れていたBTは、いつしか自分が利害関係と、孤独に染まっていたことを知る。

システムを超越した能力と、秩序を乱す行動を起こす司。その存在は、秩序を重んじる紅衣の騎士団にとって、無視はできない。だが、騎士団の長であり拠り所である昴は、司を擁護し続ける。その矛盾への反発と、騎士団の強化を望む銀漢は、ついにあってはならないはずの行動を起こす。

「ここに居たい」。昴の一途な想いが結実した紅衣の騎士団。その存在が無に帰る時、自らの想いもまた否定されるのか。集団から個へ、守られる者から一介のPCへ。昴は知らぬ間に、司の元へと歩いていた。

言葉だけではないコミュニケーションを通し、昴は司の心を徐々に解かし、ついに『僕だけの場所』を目にする。眠れる少女だけが居るはずの部屋。これが全て謎の核心なのか…。だがその一方、BTと楚良は、自分たちの計画に銀漢を巻き込もうとしていた。

昴に『僕だけの場所』を見せて以来、司の姿は消えた。と、同時に倒せないモンスターの出現という形で表出し始めた『変異』。『Key of the Twilight』との決着を付けるべく、ベアはヘルバに会うことを決意する。

ベアたちは再び『ハロルドの残滓』に会い、問いかける。彼が希望を託した少女とは？少女の覚醒を歪めようとする存在とは？――The Worldの有り様を決定づける少女――その行く末を決める唯一の担い手、それが司なのか。

司に関わった全ての者たちに1通のメールが届く。司を利用してきた『意志』との戦いの場が決まったのだ。各々の決意を胸に集うベア、ミミル、昴たち。だが、そこに司の姿は…。

今、過去の事象が重なり会い、1つの絵を描き、成すべき対策と獲得目標が明確になっていく。全ての元凶は『偏在する意志』。司の心を繋ぎ止める唯一の存在＝昴を狙い、ガーディアンの触手が伸びる！

様々なfieldを越え、執拗に司を狙う『偏在する意志』。「回復役は僕が引き受けるよ」戦いの中、いつしか司は『本当の仲間（パーティ）』の一員になっていく。際限なく繰り返されるガーディアンの攻撃。その時、司たちの前にマハが現れた。

「あなたに関わるべきではなかった」「僕に構わないで」「あんたなんか大嫌い！」『偏在する意志』が作り出した最後の罠『絶望』。だが、信頼を確実なものにした司は怯まない。そして、ついに眠れるアウラの目が開かれる。