12,000 år efter deres sidste sammenstød med menneskeheden, skyggen Angels tilbage til at angribe de menneskelige byer og kidnappe dets indbyggere. Leder du efter den reinkarnation af Apollonius, en Shadow Angel som vendte sig mod sin egen art for at beskytte mennesker, Silvia de Alisia har et møde med Apollo, en hensynsløs og dyrisk barn, der en eller anden måde formår at frigøre sande potentiale menneskehedens største våben, Mekaniske Angel Aquarion.

Efter den sidste kamp, ​​er Apollo anlagt mod sin vilje til hovedkvarteret for DEAVA, den organisation, der er ansvarlig for at konfrontere de Shadow Angels med Aquarion. Mens spekulerer på, om Apollo er faktisk reinkarnationen af ​​Apollonius, er medlemmerne af DEAVA angrebet af Touma, en af ​​de Shadow Angels, som også ønsker at bekræfte, om det er sandt.

Fast besluttet på at redde sin ven, Baron, som blev fanget af Shadow Angels, Apollo begynder deltage DEAVA skole for element brugere. Han har en hård tid på at forsøge at komme sammen med sine klassekammerater, især Silvia, indtil Shadow Angels lancere et nyt angreb.

Touma udsætter de andre kolleger Shadow Angels for sin plan om at gøre brug af Aquarion at genoprette Tree of Life. I mellemtiden, Gen Fudo, chefen for DEAVA styrker, har en særlig uddannelse session for de elementer, der viser sig nyttige for dem mod deres næste fjende.

Apollo beslutter at flygte akademiet for at lede efter Baron selv. Fudo samler de andre elementer til at bringe ham tilbage, indtil de skal igen går sammen om at konfrontere en anden fjendtlige angreb.

Silvia storebror Sirius altid troet at han var reinkarnationen af ​​Apollonius, men hans jalousi vokser som flere indicts om Apollo bliver så vist og Touma beslutter at gøre brug af det i hans næste plan mod elementerne.

Element Tsugumi Rosenmeier var altid udstødt for ikke at være i stand til at kontrollere sine kræfter, men hun til sidst formår at sætte det til god brug i hendes første tid på at afprøve Aquarion.

Skyggen Angels bruge en af ​​deres agenter til at sætte børn i verden til at sove i det uendelige, mens det dræner deres prana for dem, til at imødegå den nye trussel er elementerne sat til at sove for at konfrontere fjenden i drømmen verden, hvor det er bosat.

Moroha, en anden af ​​de Shadow Angels, konfronterer Aquarion og nemt besejrer det, men lader før der beskæftiger sig det dræbende slag, som han kender Touma har andre planer for det. At få deres hævn over ham for at såre Silvia, Apollo og Sirius lægge deres uoverensstemmelser og forene kræfterne mod Moroha når han angriber igen

Hong Lihua, bedst kendt som "Reika", bebrejder sig selv for det tilfælde, at sætte hende og Sirius 'ven Glen i koma. Hendes element beføjelser, i stand til at bringe ulykke til hende og dem tæt på hende, får hende en masse sorg, indtil hun lærer at gøre god brug af dem i deres efter kamp.

Forskerne hos DEAVA inddrive en mystisk fjer dateret fra 12,000 år før, efter at lære af det, Apollo og Silvia snige sig ind i laboratoriet, hvor fjer er, og ved at røre ved det, har de visioner fra fortiden involverer Apollonius og hans menneskelige kæreste Celiane.

Touma og hans partner Otoha lancere et angreb på DEAVA sammen for at hente fjer. Under slaget, Apollo formår at endelig reencounter Baron under Touma barmhjertighed, bare for at være vidne til sin vens død, når buret er han fængslet eksploderer, meget til sin fortvivlelse.

Skyggen Angels sender en usynlig fjende, der viser sig mere end en kamp for elementerne. Apollo slutter kampen, men han og hans vektor forsvinder og Silvia begynder at realisere sine følelser for ham og bruger dem til at bringe ham tilbage.

Element Pierre Vieira kommer ind i en farlig tilstand, efter at han erfarer, at hans tidligere kæreste Esperanza er ved at blive gift, så han er midlertidigt forbudt at piloten Aquarion. Snart efter, skyggen Angels lancere et angreb på Pierre hjemby og ved at lære, at hans kammerater har en hård tid kæmper for at beskytte det, genvandt han fatningen og slutter sig til kampen for at beskytte sin familie og venner.

De andre elementer er mistænksom, at deres kammerat Rena Rune er faktisk en vampyr og igen Touma beslutter at drage fordel af situationen i et plot mod dem.

Skyggen Angels lancere en særlig mikrobe, der fortærer alle DEAVA fødevareforsyning. Efter en uge med sult og under fjendtlig belejring, Silvia, Tsugumi og Reika beslutter at kæmpe tilbage, når de indser, at det ikke af hensyn til deres liv, men for deres kropsformer også.

Fudo holder en øvelse med de elementer udklædt hinanden med hylende morsomme konsekvenser. Snart en fjende efterligner Aquarion udseende og beføjelser vises, og stadig under indflydelse af den motion, de har en hård tid kæmper som de brugte til, indtil de til sidst lærer at frembringe den sande magt deres egne personligheder.

Elementerne er trukket ind i en mærkelig illusoriske verden og samtidig forsøger at flygte fra det, er Sirius kontaktet af Touma som hævder, at han skjuler sit sande jeg fra de andre, mens Apollo konfronteres med sine følelser end Baron tab.

Futaba, den yngste blandt de Shadow Angels lancere et angreb på Aquarion, bare for at blive taget til fange af militæret. Elementerne og skyggen Angels høre i deres sind Futaba skrig som den militære forskere eksperiment på ham meget at Touma vrede.

Under Touma næste angreb, han udsætter til de andre elementer Sandheden om Silvia og Sirius 'oprindelse. Drage fordel af deres chok over hans åbenbaring, Touma formår at overbevise Sirius til at opgive sine venner og deltag i Shadow Angels 'side.

Elementerne har en hård tid på at forsøge at klare Sirius 'afhopning, men det tager ikke lang tid for ham at møde dem igen, nu som en fjende.

Elementerne kamp mod Sirius bliver afbrudt af militæret, som fremsender en ny krigsmaskine forbillede Aquarion fløjet af Glen, som inddrives ved at have nogle af Futaba fjer implanteret på ham. Sirius forsøger at overbevise Silvia at opgive de mennesker og deltag i Shadow Angels ligesom han gjorde, men Apollo griber ind for at afskrække hende.

En mystisk sne dækker hele kloden, gøre folk ind planter. Silvia og Apollo har nogle kvalitet tid sammen, indtil de bliver afbrudt af Sirius, der kidnapper Silvia. Sneen begynder at infiltrere DEAVA basen tvinger de elementer til bord Aquarion og kæmpe tilbage

Både Aquarion og Military formår at nå Shadow Angels 'base i Atlantis. Touma formår at begrænse Aquarion og afslører sandheden om reinkarnation af Apollonius og Celiane, før du forsøger at dræbe både Silvia og Sirius.

Touma plan om at forny Livets Træ hjælp Aquarion mislykkes. Når træet begynder at kollapse, hele verden begynder at rive sig selv i stykker. Apollo, Sirius og Touma board Aquarion og ofre sig for at redde planeten, men ikke før Apollo erklærer sin kærlighed til Silvia, lover at blive genforenet med hende i 12,000 år.