Al revelarse su identidad, Spider-Man se encuentra frente a la oleada de robos misteriosos que ocurren en toda la ciudad. Como Peter Parker, trata de acercarse a Mary Jane, y descubre que ella está siendo acosada por un ex novio que se revela para ser el super-ladrón Hydro-Man.

Barón Mordo y Dormammu ayudan al compañero de Eddie Brock, Cletus Kasady, a transformarse en Carnage. Dormammu utiliza a Carnage para traerlo a esta dimensión. Iron Man y Spiderman trabajan juntos para derrotar a los simbiontes.

El Dr. Jonathon Ohnn fue un brillante científico que creó el acelerador que tiene la capacidad de crear portales de aceleración de dilatación de tiempo a Tony Stark, alias Iron Man. Pero después de Iron Man y Spiderman derrotaran a Venom y a Carnage, cuando trataron de liberar a Dormammu de otra dimensión con el dispositivo, Iron Man destruyó al acelerador. Ohnn fue despedido y Kingpin contrató a Ohnn, que financió la investigación de este para que él continuara con el proyecto de un nuevo, más pequeño y potente acelerador y Ohnn se enamoró de su compañera, la Dra. Silvia López, que quería buscar una mayor recompensa para sus esfuerzos.

Con el acelerador de dilatación tiempo mejorado de Onh el duende verde al tele transportarse descubre la identidad secreta de Spider-Man, secuestra a Mary Jane y la lleva al Puente de Brooklyn, desafiando a Spider-Man. En medio de la pelea, Mary Jane cae del puente y el acelerador que pierde el Duende Verde con el movimiento abre un portal que transporta a Mary Jane Watson a otra dimensión antes que Spider-Man la pueda atrapar con sus redes, en un fallido intento de salvarla. Es uno de los momentos más dramáticos en toda la trayectoria del Spider-Man. Peter se enfurece en tal extremo que se termina peleando con el Duende Verde.

Mary Jane tuvo una pesadilla misteriosa. Peter Parker y Mary Jane disfrutan de su luna de miel. Hidroman secuestra a Mary Jane para llevársela a Nueva York, Peter Parker busca apoyo con detective Terri Lee, y después Parker investiga los rastro de Hidroman. La Gata Negra se suma a la búsqueda de Mary Jane. Spiderman se dirige a la refinería donde se encuentra a Mary Jane junto con Hidroman.

Regresando de la Guerra Secreta, Beyonder transporta a Spider-Man para que vuelva a Nueva York, pero se da cuenta que todo está destruido, va en busca de respuestas y se topan el Duende Verde y con Hobgoblin, destruyendo la ciudad, van en busca de J. Jonah Jameson, luego llega Spider-Man y se encuentra el Joe Robbie Robertson, le dice que él fue el responsable de la destrucción, mientras Duende Verde y con Hobgoblin se llevan la antena, pero Spiderman no puede por que lo detiene Spider Carnage, Madame Web lo salva de Spider Carnage y luego Madame Web les presenta a clones de Spider-Man sus nombres son Armored Spidey, Six Armed Spidey, Octo Spidey, Spiderman y la Araña Escarlata, los cuales soy de diferentes realidades.