貿易会社に勤務するジョンソンはどこにでもいる平凡なサラリーマンだ。ある休日、トリップムービーを体験。そこで見たものは自ら封印した過去の記憶だった。彼こそが、不死身の宇宙海賊・コブラだったのだ。

コブラは地球を脱出するために中古宇宙船の修理に精を出していた。そこに突然、1人の美女が救いを求めて現れる。話を聞いて願いを了承するコブラは、彼女を追う奴隷商人ジゴバの宇宙船へと向かった。

愛機タートル号が隠してある惑星ダグザードで、賞金稼ぎの美女・ジェーンと出会ったコブラ。そこへ、海賊ギルドの殺し屋部隊を率いる大幹部のクリスタル・ボーイが現れる。

コブラはジェーンの妹・キャサリンがいる惑星シドに向かった。しかし、彼女は海賊ギルドに正体を突き止められ、刑務所に監禁されていると判明。キャサリンを救出するため、コブラは1人で潜入した。

危機を乗り越え、何とかシド刑務所からの脱出に成功したコブラとキャサリンは、タートル号へと向かった。しかし突然、謎の凄腕スナイパーが現れて2人は襲撃され、廃墟の町へと追い詰められてしまう。

自分たちを狙っているターベージという男の存在を知ったコブラは、情報を収集するために夜の酒場へと向かう。しかし、そこには魔術師の異名を持つターベージが仕掛けた恐るべき罠が待ち受けていた。

魔術師・ターベージはコブラを執拗に攻撃してきた。コブラも必死で反撃をする。一方、ジェーンは妹・キャサリンの仇討ちを果たすため1人で波止場に向かい、クリスタル・ボーイと対決する。

ジェーンを殺したクリスタル・ボーイに復讐するため、コブラは敵の本拠地に乗り込む。しかし、特殊偏光ガラスで覆われたボーイの体にはサイコガンが通用しない。コブラは必死で勝機を見出そうとする。

ルルージュ星にある女海賊・スノウ・ゴリラの基地に潜入したコブラは、そこでロイヤル3姉妹の最後の1人・ドミニクと出会う。ドミニクは銀河パトロールの隊員で、潜入捜査をしているのだと言う。

正体がばれてしまったコブラとドミニクは、スノウ・ゴリラの激しい追撃を振り切って無事に脱出した。そして、ついに揃った3姉妹の入れ墨を解析した結果、最終兵器は砂の惑星・ザドスにあることが判明する。

図の解読に成功したコブラたちはタートル号で超光速空間を抜け、最終兵器が隠されている砂の惑星・ザドスに到着する。しかし直後、彼らをひそかに追跡していたスノウ・ゴリラによる突然の襲撃を受けてしまう。

コブラをまんまと出し抜いて最終兵器を手に入れたサンドラが襲ってきた。もはや宇宙史上最強となったサンドラ。そんな彼女の攻撃から逃げ回るコブラ。どうにかして反撃したいコブラなのだが。

コブラは、ギルドに奪われた莫大な金塊がラスベガス・ステーションにあると推測した。彼は早速潜入調査を開始するのだが、正体を見破られてしまい、巨大なルーレット型の処刑装置の上を走らされることになる。

突然、タートル号に飛び込んできた美少女・ベラミを追って大魔王・ガルタンが現れ、魔法攻撃を仕掛けてきた。いつもとは勝手が違う敵に戸惑うコブラだったが、ガルタンには1つだけ弱点があるという

コブラは、8年前に命を救ってくれたベガに再会する。彼は、荒廃したウィング星の再建に必要な竜水晶を奪い返すため、残り少ない命を懸けていた。コブラは協力を申し出るが、奪還は容易なものではなかった。

ロド麻薬の取り引きルート解明を依頼されたコブラ。潜入先は、死者も出るほどの危険なスポーツ・ラグボールのプロチームだ。彼は銀河チャンピオンチームの一員となるが、ほかの選手たちから敵意を向けられる。

コブラの実力を認めたオーナーは、2軍の選抜チームを率いて1軍と紅白試合を行うよう命令。コブラは、昔の海賊仲間が所属しているならず者集団の2軍Zチームを選ぶが、彼らはコブラを敵視していた。

1軍と2軍選抜チームの紅白戦でコブラは次々に相手選手を倒していくが、1軍の卑劣な殺人プレーにより、ついに犠牲者が出た。コブラは「ルールを守った上でこの試合に勝ち、なおかつ報復も果たす」と宣言する。

オーナーによるいかさま指令を拒んだコブラは1軍の攻撃を受けて負傷退場する。しかしこれは、ロト麻薬取り引きの証拠を入手するための作戦だった。復帰した彼はバットを高々と掲げ、ホームランを予告する。

砂の海が広がる惑星・バクーサで、突然街の人々が甲冑人間の軍団に襲われる。連中はサイコガンさえ通用しない強敵だ。コブラは生き残った人々から救いを求められ、敵の弱点も見出せぬまま危険な砂の海に乗り出した。

甲冑人間・ソード人に捕らわれたコブラは幽閉されたジーク王と出会い、邪悪なバベル王を倒すための協力を要請される。バベル王の強さの秘密はロボット化された甲冑にあった。コブラはソード人のためにて立ち上がる。

コブラは昔なじみのジンゴロー爺さんと孫娘のユウコに会うためもライフル星を訪れるが、海賊・ギルドによってジンゴローは殺され、ユウコは連れ去られていた。救出に向かったコブラはユウコを見つける。

リゾート地で過ごすコブラとドミニクの目の前で、金塊を積んだ豪華客船が攻撃され、ドミニクが連れ去られた。襲ったのはアイアンヘッド率いる女海賊軍団・シーメンだ。コブラは連中の弱点を見抜き、反撃に出る。

ある計画のため現地調査に訪れたコブラは、ロボット市場で奇妙なロボットを買う羽目になる。鎖で繋がれていた左手を切り離したところ、街中のロボットが次々と殺人を犯し、やがて合体して1つの巨人の姿となった。

ギルド本部から3万個のダイヤを盗み出したコブラは、昔なじみの医者が住むラーク星に向かった。しかし海賊・ギルドがレディを誘拐し、おびき寄せたコブラを瞬時に凍結させようと特殊液体窒素の中に突き落とした。

戦争の混乱に乗じてロイヤルルビーを奪取したコブラは、偶然出会った少女を連れて宇宙空港を目指す。途中で4人の生き残り軍人も合流するが、スパイの工作によって危機が続発。コブラは少女を守るため必死に戦った。

身の危険を感じたドミニクから連絡を受けたコブラは、待ち合わせ場所に向かうが、すでに彼女が襲われた後だった。そしてコブラは奮戦の末に敵の正体を知る。それは、ギルド宇宙軍の元帥・サラマンダーだった。

コブラはサラマンダーに復讐するため、かつての仲間3人を集める。1人は早撃ちの名手・ドグ。もう1人は監獄惑星に収監されているパンプキンだ。彼を脱獄させるため、コブラとドグは監獄惑星に潜入する。

コブラたちは3人目の仲間・バットに会うためにある惑星の北極地帯を訪れるが、彼はギルドに捕らえられていた。コブラたちはギルドの雪上列車を襲い、バットを救出するが、彼は漁師たちとの平穏な生活を望んでいた。

コブラたちはギルドの幹部一行に成り済まし、幹部会が開かれるカジノステーションに乗り込む。ついに現れたサラマンダーは、バリヤーで守られておりサイコガンも通用しない。そこでコブラは一計を案じる。

倒したはずのサラマンダーによってバットとパンプキンが殺され、コブラと一緒に旅をしていたドグまでが襲われた。やがてコブラは教会の総本部を訪れて、ギルドの恐るべき計画を目の当たりにする。