宇宙移民の時代、宇宙世紀0068年。宇宙に建設されたスペースコロニー国家、サイド３で宇宙に進出した人の革新を説き、地球連邦政府からの独立を宣言しようとした指導者ジオン・ズム・ダイクンは議会の檀上で倒れて亡くなる。ザビ家の暗殺だと訴えるジンバ・ラルとサイド３の実権を掌握せんとするザビ家の対立が激化。ラル家に匿われたダイクンの遺児キャスバルとアルテイシアは、激動の時代を象徴した数奇な運命に巻き込まれていく。

弱冠11歳のキャスバルを侮れないと警戒するキシリア。兄のギレンは余計なことはするなと釘を刺す。一方、ダイクンの正妻ローゼルシアはキャスバルとアルテイシアの母アストライアを塔に幽閉する。ジンバの息子ランバ・ラルはザビ家が掌握したサイド３から遺児達を地球へ亡命させる作戦を決行。ハモンがガンタンク初期型に二人を乗せ宇宙港のあるドッキング・ベイへ向かうが、市街地を爆走するガンタンクの前に連邦軍が立ち塞がる。

宇宙世紀0071年。ダイクンの遺児二人はエドワウとセイラと名を変え、テアボロ・マスの子として地球で新たな生活を始めるが、キシリアが送り込んだ刺客に襲われ、ジンバ・ラルが殺されてしまう。テアボロは友人シュウ・ヤシマの勧めでザビ家に恭順を表すためルウムへの移住を決意。旅立つ日、セイラは宇宙港で少年のアムロとすれ違う。一方、サイド３で人型機動兵器の極秘開発を進めるドズルは実験にランバ・ラルを招くのだった。

テアボロ一家がルウムに移住してしばらくした頃、エドワウとセイラの母アストライアが幽閉先で亡くなり、エドワウは母を殺したのはザビ家だと憎悪を募らせる。宇宙世紀0074年。エドワウそっくりの友人シャアがジオンの士官学校に合格。エドワウはセイラにルウムの学校に行くと告げてテキサス・コロニーから旅立つが、本当の目的地は士官学校のあるサイド３だった。エドワウ入国をキャッチしたキシリアは即座に暗殺を指令する。

ドズルの人型機動兵器開発が滞り、計画中止を言い渡すギレンだったが、解決策を技術顧問のミノフスキー博士が進言。ギレンは開発続行を決定する。士官学校にシャアとして入学したキャスバルはザビ家御曹司のガルマと交友、卒業間近の頃には深い信頼を得るようになる。一方、サイド３では駐屯する連邦軍への反感から市民に独立の機運が高まっていく。シャアは駐屯する連邦軍兵営を奇襲して武装解除させようとガルマに持ちかける。

連邦軍兵営に攻め込んだシャアは戦闘のさなか、自身の正体に気づいたリノを謀殺してしまう。ガルマ以下士官学校学生達の蜂起は地球連邦軍治安部隊の武装解除に成功。後に「暁の蜂起」と呼ばれたこの反乱は、ガルマを英雄に押し上げた。だが、それは人類最大の悲劇となるジオン独立戦争の発端でもあった。一方、シャアは責任を秘かに問われ、除隊。地球へ向かう。同じ頃、アムロは父テムと共にサイド７に到着するのだった。

「暁の蜂起」のあと地球に降りたシャアは、地球連邦軍のジャブロー基地開発が進む南米で不思議な力を持つ少女、ララァ・スンと出会う。一方、RX-78開発計画を推進していたテム・レイは、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士が亡命するとの報で月へ向かった。月面のトワイライトゾーンで人類史上初のモビルスーツ同士の死闘が繰り広げられる。パイロットとして亡命阻止作戦に参加したシャアは多大な戦果を上げる。

宇宙世紀0079年、地球から最も遠い宇宙都市サイド３はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んだ。サイド７に住むアムロは父が開発中の “ガンダム”の秘密を探ろうとする。一方、戦争の早期決着を狙って立案されたブリティッシュ作戦を命じられたランバ・ラルはこれを拒絶、軍を辞めてしまう。だが、作戦は実行され、サイド2のマザー・バンチに外部エンジンが取り付けられる。内部には多数の市民が閉じ込められていた。

ジオン公国軍のブリティッシュ作戦（コロニー落とし）は地球に大被害を与え、地球人口の半数を死者に変えた。しかし、作戦目標の連邦軍総司令部ジャブローの破壊は果たせなかった。このため、サイド５、ルウムはジオンに与しない立場を鮮明にする。そのルウムにいたセイラに、タチ中尉は彼女の兄キャスバルが生きている可能性があると伝える。一方劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍は、大艦隊をルウム宙域へ派遣する。

兄の生存は、うり二つのシャアの死を意味し、苦悩するセイラに養父テアボロの死という更なる悲劇が訪れる。一方、キャスバルことシャアはテキサス・コロニーに赤いモビルスーツで現れる。その姿を偶然垣間見るセイラ。そのシャアの活躍で地球連邦軍のレビル艦隊から支隊を分離させることに成功したドズル艦隊は、ティアンム艦隊との会戦に突入した直後に転進を決行する。一方シャアは、レビル率いる本隊に肉薄するのだった。

シャアはルウム会戦の功績で少佐に昇進、「赤い彗星」の異名をとるジオンの英雄となる。戦争継続を望まないデギン公王は、捕虜となった連邦軍のレビル将軍に和平工作をもちかける。連邦との和平交渉のため地球へ派遣されることになったジオン代表マ・クベ中将に、キシリアは「継戦と地球侵攻」こそがギレンの真意だと明かす。一方、シャアは地球連邦軍が反撃を企図して進行中の「V作戦」の探索と破壊をドズルから命じられる。

脱出したレビル将軍が乗る連邦艦と遭遇したシャアは、政治ショーの匂いを嗅ぎ取りその艦を見逃す。一方サイド７の少年アムロは、父が関わる新兵器「ガンダム」の秘密を探ろうとする。連邦軍の小惑星基地ルナツーに辿り着いたレビルは、ジオンへの反抗と継戦を訴えて演説。南極での連邦とジオンの和平交渉は決裂した。後にいう「一年戦争」が続く中、連邦軍最新鋭艦ホワイトベースが、完成したガンダム受領のためサイド7へ向かう。