Аска начинает учиться в классе Синдзи и переезжает в их с Мисато квартиру. Пока Аска пытается приспособиться к Японии (вернее, пока все остальные пытаются приспособиться к Аске…), нападает новый Ангел, который способен раскалываться на две идентичные копии. Ева-01 и Ева-02 побеждены, а Nerv публично унижен. JSSDF удаётся остановить Ангела на время с помощью N²-бомбы, а Аска и Синдзи вынуждены учиться «синхронизироваться» с движениями друг друга, чтобы победить Ангела.