신지는 리츠코의 지시를 받아 초호기를 조종하지만 결국 넘어진다. 사키엘의 공격으로 초호기가 작동 중지 되나 싶었던 순간 초호기가 스스로 재작동하고 사키엘에게 달려든다. 사키엘이 AT필드를 펼쳐 저항하지만 초호기는 부러진 왼팔을 자가복구 한 뒤, 사키엘의 AT필드를 자신의 AT필드로 중화시키고는 찢어버린다.

에반게리온 2호기를 일본으로 수송하던 UN 함대를 사도 가기엘이 습격하게 되고 이에 신지와 아스카가 함께 2호기에 탑승해서 사도와 싸운다. 처음에는 수중 장비를 장착하지 않은 2호기에게 불리하게 진행되지만, 전함 2척을 자침시킨 후 가기엘의 입 안에 집어넣고 영거리 사격과 자폭으로 가기엘을 제압한다.

신지는 친구인 토우지를 이용해 사건에 끌어들여 이용하려 했다며 엔트리 플러그 사출을 거부한다. 남은 전력으로 네르프의 반을 쑥대밭으로 만들 수 있다며 협박하는데, 이에 겐도는 단호하게 LCL 압력을 최대로 하도록 하여 신지의 정신을 잃게 한 다음 엔트리 플러그를 사출하고, 신지는 부상을 입어 입원한다.

아스카가 싱크로율에서 2위를 한 것에 자괴감을 느끼고 있는 상황에 15번째 사도 아라엘이 출현한다. 초호기는 폭주로 동결되고, 아스카가 출격하여 상공의 아라엘을 사격하기에 이른다. 이번이 마지막 기회라고 생각하며 신중히 조준하는 순간, 갑자기 빛이 구름 사이로 내려오며 아스카가 고통스러워하기 시작한다.

신지는 에바에 타는 고통을 참고 겨우 친구들을 만들었는데, 그마저도 아스카는 식물인간 상태, 미사토는 카지의 죽음으로 반 폐인, 레이는 자신에 대해 모를 뿐 아니라 카오루는 자신이 죽임으로써 이제는 에바에 탈 이유가 없다고 생각한다. 삶의 이유를 잃고 타인이 없으니 자신조차 잃고, 자신이 누구인지 묻는다.