Shinji rozpoczyna naukę w nowej szkole w Tokio-3, gdzie poznaje swych rówieśników: Toji'ego Suzuharę, Kensuke Aidę i Hikari Horaki. Toji jest wściekły na Shinji'ego, ponieważ jego siostra mocno ucierpiała podczas potyczki Evangeliona z Sachielem. Nagle w mieście pojawia się kolejny Anioł, Shamshel.

Potężny Anioł, Sahaquiel, pojawia się na orbicie Ziemi, poza zasięgiem Evangelionów i bomb N². Anioł atakuje zrzucając na Ziemię drobne części swojego ciała, ciągle poprawiając celność i mierząć w jeden punkt: Tokio-3. w ostatecznym efekcie całe ciało Anioła spadnie na miasto w celu zniszczenia Tokio oraz GeoFrontu. W tym starciu wszystkie Evangeliony muszą połączyć siły by nie dopuścić do tak ogromnego kataklizmu.