Okulda Shinji'nin Eva pilotu olduğu öğrenilir ve sınıf arkadaşı Toji bu yüzden ona sinir olur. Bir Havari ortaya çıkar ve Shinji'nin yeniden pilotluk yapması gerekir.

Girdiği son çatışmanın ardından gerilen Shinji evden kaçar ve Kensuke ile buluşur. Nerv onu geri getirdikten sonra, Misato ona bir seçenek sunar.

Beşinci Havari Nerv'e doğru kazı yaparken Misato, Yashima Harekâtını yönetir: Japonya'nın tüm enerjisi, Ramiel'i bir pozitron tüfeğiyle yok etmek için kullanılacaktır.

Nerv, bir volkanın içinde hareketsiz embriyo formunda bir Havari olduğunu öğrenir. Asuka, magma için tasarlanmış ekipmanı kullanarak Ünite İki ile onu almaya gönderilir.