Um novo robô militar nuclear, Jet Alone, sai de controle durante uma cerimônia de demonstração e se dirige para um colapso quase certo. Com a ajuda de Shinji e EVA-01, Misato se encarrega de deter a ameaça.

Durante uma experiência do plug de simulação, um Anjo com a capacidade de imitar os circuitos do computador consegue invadir o sistema de supercomputadores MAGI e inicia uma seqüência de autodestruição. Ritsuko mergulha no funcionamento interno do sistema e conduz uma furiosa tentativa de cancelar o processo.

A ativação do EVA-03 dá errado quando um Anjo toma o controle da unidade. Com o EVA-03 transformado em Anjo, Shinji enfrenta o dilema moral de destruir tal unidade no risco de machucar ou até mesmo matar o piloto preso nele.