第12使徒レリエルは、内部にディラックの海と呼ばれる虚数空間を持っていた。油断していたシンジは、初号機ごと使徒の内部に取り込まれてしまう。ミサト達は外部から救出を模索する。一方、シンジは生死の境目を漂いながら、もう一人の自分との自問自答を繰り返していた。果たしてシンジは生還できるのか。