Após o EVA-04 desaparecer em circunstâncias misteriosas, a NERV prepara rapidamente o teste do EVA-03 e a seleção de seu piloto. Shinji e Touji formam um laço de amizade e Shinji começa a se abrir emocionalmente para Touji.

Asuka, assombrada por memórias do suicídio de sua mãe e pela idéia de que ela "perdeu" para Shinji na batalha anterior, começa a perder sua preciosa autoconfiança como piloto. Um novo Anjo aparece no espaço e invade a psique de Asuka através de um estranho feixe de luz, tornando-a indefesa.