Con l'aiuto di Kaji, Seele rapisce il vice comandante Kōzō Fuyutsuki per interrogarlo circa gli eventi in atto alla Nerv. In particolare l'organizzazione è oltraggiata dal fatto che nell'ultima battaglia l'Unità 01 abbia assorbito l'Elemento S² di un Angelo all'interno del suo corpo, in modo tale che adesso non necessita di una fonte di energia esterna, ma può funzionare indefinitamente. Mentre Fuyutsuki è interrogato dalla Seele, racconta in flashback del suo primo incontro con Gendō e Yui, degli eventi oscuri legati al Second Impact e della nascita della Nerv e degli Evangelion. Allo stesso modo viene rivelato il passato di Misato, Ritsuko e Rei. Nel frattempo Kaji, spinto dal desiderio di conoscere la verità, diserta e libera Fuyutsuki, ma paga questa azione con la vita. Alla fine il vice comandante può tornare alla Nerv e Misato riceve sulla segreteria telefonica l'ultimo messaggio dell'amante.