Tre anni dopo la scomparsa del vigilante Batman con sede a Gotham City, Jacob Kane e la sua compagnia di sicurezza privata, i Corvi, presiedono un gala per disattivare il Batsegnale. Al culmine dei festeggiamenti, Alice e la banda delle meraviglie rapiscono l'agente Sophie Moore, spingendo la figliastra di Kane, Mary, a chiamare la figlia biologica Kate. Di ritorno dall'estero, Kate scopre che Alice sta prendendo di mira suo padre e si mette alla ricerca di suo cugino, il miliardario Bruce Wayne.

I crescenti sospetti di Kate secondo cui Alice è Beth guidano un cuneo tra lei e Jacob, che crede fermamente che Beth sia morta sulla base delle prove. Mentre cerca di ottenere il coltello preferito di Alice che ha rubato per il test del DNA, viene attaccata da un gruppo di teppisti che riescono a rubarlo. Deducendo uno degli uomini feriti di Alice usava la clinica segreta di Mary, Kate lo libera per dare un messaggio ad Alice.

L'ex amico d'infanzia di Bruce, Thomas Elliot, lascia a Kate un invito a un gala che celebra l'acquisto dell'edificio che si affaccia sulla Wayne Tower. Più o meno nello stesso periodo, una pistola cannone a rotaia progettata per penetrare nel costume di Batman viene rubata da una struttura della Wayne Enterprises. Kate afferma correttamente che Elliot è il ladro, avendo appreso la vera identità di Bruce. Intende uccidere Batman per aver salvato sua madre anni prima, ritardando così la sua eredità.

La relazione di Kate con Reagan complica i suoi sforzi per catturare Magpie, un maestro ladro di gioielli che ruba la collana di perle di Martha Wayne e mette in discussione il suo nuovo status di protettrice di Gotham. Quando Dodgson prende un'infezione mentre è in prigione, Batwoman lo lascia con Mary per curarlo. Alice visita Catherine vicino alla tomba di "Beth" e le chiede di girare un'arma sperimentale; minacciando di dire a Jacob la verità su Beth.

Alice è legata a una serie di furti di pelle a Gotham, quindi Kate la cattura e le dà la possibilità di spiegarsi, lasciando anche Jacob e Sophie una pista da seguire. Le sorelle si recano nella zona rurale dove Beth è stata vista l'ultima volta. Una serie di flashback mostra che Beth viene salvata dall'annegamento e successivamente tenuta prigioniera da un uomo che vuole che sia una compagna del figlio sfigurato, Jonathan Cartwright, che si rivela essere il topo.

Un vigilante che si definisce "boia" inizia a prendere di mira le forze dell'ordine e gli ufficiali giudiziari che ritiene corrotti. Alice ha Mouse impersonare uno dei ricercatori di Catherine per rubare l'arma che ha rifiutato di girare. Quando scopre che aveva intenzione di uccidere Batwoman, affronta Alice per proteggere sua sorella, che considera un tradimento. Sophie deduce l'identità di Batwoman, ma viene ferito dal boia durante il suo ultimo colpo; costringendo Kate a lasciarla con Mary.

Kate incontra la sua vecchia amica, Julia Pennyworth, mentre si trova sulle tracce di un assassino professionista chiamato "The Rifle". Sophie minaccia di dire a suo padre chi è Kate a meno che non cessi il suo controllo. Il fucile incontra Alice e consegna una misteriosa fiala. Kate invita Sophie in un ristorante locale dove il loro spettacolo di affetto sconvolge il proprietario omofobo.

Alice ha rapito Jacob mentre Mouse sequestra Sophie e Tyler mentre il suo piano si svolge. Su ordine di Alice, i membri mascherati di Gang Wonderland sostituiscono i dettagli di sicurezza assegnati a proteggere la sfera umanitaria di Gotham, dove Catherine deve essere premiata; ma Alice riscrive il suo discorso, facendola confessare a numerosi crimini prima di crollare.

Per aiutarli, Harbinger recluta Mick Rory di Earth-74 e il suo Waverider. Sulla scia della morte di Oliver Queen, il Monitor consulta il Libro del Destino e viene a sapere di sette campioni. Ne sono già stati trovati due, Sara Lance e Kara Danvers, ma per trovarne altri due, Clark Kent, Lois Lane e Iris West-Allen devono individuare un Superman mentre Kate e Kara trovano un Batman.

Dopo la morte di Caterina e l'arresto di Jacob, Maria va in cerca di un esperto che possa testimoniare in difesa di Jacob.

Nel presente, Kate cerca di chiarire le cose con la seconda Beth, che e' stata sfollata dalla sua terra in seguito alla crisi.

Sophie e Jacob presentano una petizione per la sua testimonianza al dottor Campbell, che accetta di esaminare Mouse.

Con la verita' sull'omicidio di Catherine che viene alla luce, Jacob viene scagionato e riprende il controllo dei Corvi.

Nei flashback, Duela Dent fa fatica a far apparire il suo volto "normale", cosi' rompe uno specchio e ne usa i frammenti per tagliarsi il viso.

Nei flashback, Gabi Kane ha regalato alle sue figlie collane abbinate ai suoi orecchini.

Jacob seppellisce il corpo di August e lascia andare Beth con riluttanza.

Batwoman affronta una nuova sfida quando un vecchio cattivo riemerge, mettendo alla prova l'eroicità dei cittadini più importanti di Gotham. I limiti di Alicia sono messi alla prova.

Batwoman arruola Luke e Julia per una missione sotto copertura per recuperare uno degli oggetti più importanti dall'arsenale di sua cugina. Mentre Alice continua a sviluppare i suoi subdoli piani all'interno delle mura di Arkham, riceve una visita inaspettata da Jacob Kane che ha bisogno del suo aiuto. Nel frattempo, Mary cerca di mettersi alla prova con Kate. Mentre Sophie si avvicina a un collega, Kate si riunisce con una vecchia fiamma.

Quando i membri dell'intellighenzia di Gotham iniziano a scomparire, il comandante Kane ei corvi vanno alla ricerca della nuova minaccia omicida per la città; Kate inizia a mettere in dubbio la lealtà di tutti intorno a lei proprio quando ne ha più bisogno.

Quando uno degli ex eroi di Gotham torna nel suo vecchio ambiente per la resa dei conti, Batwoman e il comandante Kane finiscono sulla difensiva.

Mentre gli amici e la famiglia di Kate Kane continuano a sperare di trovarla, Ryan Wilder, una senzatetto di 25 anni, trova per caso la Bat-Tuta. Stanca di essere una vittima, Ryan decide di usare la tuta come un'armatura e di andarsene in giro per Gotham al solo scopo di eliminare i membri di una nuova gang, la Società delle False Facce. Nel frattempo sia Jacob Kane che Luke Fox avviano le ricerche di Kate. Mary Hamilton tenta di superare il dolore per aver perso un altro membro della sua famiglia, mentre Alice è furiosa contro chiunque le abbia tolto la possibilità di vendicarsi di Kate. Allo stesso tempo, "Bruce Wayne" torna all'improvviso per dare il suo contributo alle ricerche di Kate, ma in realtà vuole soltanto mettere le mani sulla tuta.

Dopo la sua breve avventura nei panni di "Batwoman", Ryan torna ai problemi della vita di tutti i giorni. Nel frattempo, Alice elabora un nuovo, perverso piano, per attirare l'attenzione sia di Gotham che di Safiyah. Con Kate ancora dispersa e la città in rivolta, Luke e Mary si mettono alla disperata ricerca di una sostituta di Batwoman. In men che non si dica, Ryan indossa di nuovo la tuta e si trova per la prima volta faccia a faccia con Alice. Intanto, nel Quartier Generale dei Crows, Sophie e il Comandante Kane cercano di capire chi potesse avere motivo di vendicarsi di Kate.

Mentre Ryan Wilder continua a cimentarsi come Batwoman, si confronta con la sfida di ogni supereroe: vivere una doppia vita. Mary è sempre favorevole al Team Ryan, mentre Luke continua ad avere delle riserve, specie quando Ryan si presenta con un Bat-costume cui ha apportato sensibili modifiche. Nel frattempo Victor Zsasz semina morti per le strade della città e il Comandante Kane sprona i Crows per fermare il dilagare della Snakebite a Gotham. Safiyah presta attenzione agli sproloqui di Alice e Sophie si ritrova in situazioni inaspettate.

Mentre Batwoman cerca di combattere il proliferare della Snakebite a Gotham, un incontro casuale la costringe a rivisitare il proprio doloroso passato. Caricata dal suo nuovo ruolo, Ryan è determinata ad a garantire che altri come lei non passino inosservati. Nel frattempo, quelli più vicini a Kate hanno una buona ragione per credere che lei sia ancora viva, causando inattese alleanze e altrettanto inattesi tradimenti.

Il Comandante Kane e l'Agente Moore chiedono a Batwoman di rubare un dipinto in cui si nasconde la mappa per arrivare a Coryana e, quindi, a Kate. Nonostante i dubbi di Ryan, Luke e Mary riescono a convincerla ad accettare l'incarico e ciò porterà, alla fine, a uno scontro tra i membri del Bat-Team. Nel frattempo, nel tentativo di portare a termine il compito assegnatole da Safiyah, Alice inizia lentamente a capire che, forse, non ricorda tutto quello che le è successo nel periodo in cui si trovava a Coryana.

La ferita di Ryan Wilder causata dalla Kryptonite si aggrava e allo stesso tempo ostacola la capacità di Batwoman di proteggere Gotham. Il crescente interesse nel riprodurre il siero dalla Rosa del Deserto mette in pericolo le vite di Mary e del Comandante Kane. Nel frattempo l'incontro di Alice con un vecchio compagno di Coryana presenta inattese complicazioni.

Mentre le sue condizioni di salute peggiorano, Ryan si interroga sul codice "non uccidere" di Batwoman nel momento in cui si rende conto che l'opportunità di vendicare la madre sta sfumando. Tatiana riempie i vuoti di memoria di Alice riguardanti il periodo trascorso su Coryana e la sua storia con Ocean.

Le abilità di Batwoman vengono messe alla prova come mai prima d'ora, mentre continua la ricerca di Kate da parte di Alice. Sophie e Jacob puntano la loro attenzione su Coryana e intanto Luke e Mary si misurano con un ospite inatteso.

Batwoman affronta il più grande nemico di Gotham mentre nuove informazioni costringono le persone più vicine a Kate a prendere decisioni difficili. I sentimenti di Ryan per Angelique mettono a rischio la sua collaborazione con Luke e Mary, mentre Alice passeggia allucinata sulla strada della memoria.

Mentre Batwoman si concentra sulla cattura di Black Mask, un nuovo nemico fa la sua comparsa, spostando l'attenzione del Bat Team verso un problema che angoscia Gotham. Continuamente perseguitato dagli errori del proprio passato, Jacob imbocca una strada pericolosa nel tentativo di cancellarli. Alice e Julia Pennyworth scoprono di avere un nemico in comune.

Batwoman e i Crows sono entrambi sulle tracce della Società delle Facce False, i loro sforzi collidono e la tensione cresce. Nel frattempo Alice cerca di trovare Enigma e Sophie e Ryan scoprono di avere un punto in comune.

Ryan si confronta con una difficile decisione che rischia di svelare l'identità di Batwoman, creando una frattura nel Bat Team.

Quando Sophie deve affrontare un nemico dei tempi in cui era una recluta dei Crows, Ryan, Mary e Luke si ritrovano anch'essi proiettati nella partita contro il cattivo di turno. Intanto si capovolge la situazione per Alice quando si ritrova in condizioni molto poco piacevoli, mentre Jacob continua a rivivere il proprio passato.

Batwoman affronta una nuova sfida quando a Gotham i tossicodipendenti da Snakebite diventano affamati di dosi sempre maggiori.

Mentre la vita di Luke Fox è appesa a un filo, le ripercussioni di quanto accaduto portano a decisioni che cambieranno la vita delle persone attorno a lui. È forse questo un addio?

Quando una nota nemica fa la sua comparsa a Gotham, Batwoman e Mary devono fidarsi più che mai l'una dell'altra. Nel frattempo Alice ha una nuova missione e si trova accanto un'alleata inattesa.

Batwoman continua a lottare mentre Black Mask alza la posta con Circe suo braccio destro. Nel frattempo Alice e Safiyah incrociano di nuovo le loro strade.

Ryan Wilder mette in discussione il suo ruolo di eroina della città, mentre deve unire le forze con Luke, Mary e Sophie quando Black Mask incita a portare il caos nelle strade di Gotham. Intanto il tentativo di Alice di salvare la propria sorella porta a un altro incontro con Circe. In un epico alternarsi di eventi, inaspettate alleanze e trasformazioni stravolgeranno Gotham come noi la conosciamo.

È passato del tempo da quando Black Mask e Alice sono stati rinviati all'Arkham Asylum. Due ragazzi trovano il cappello che apparteneva al Cappellaio Matto sulla spiaggia. Viene venduto online a un giovane di nome Liam Crandle, fan di Alice, che scopre come funziona diventando il nuovo Cappellaio Matto. Alice riceve cartoline da Jacob mentre riceve visite da Mary. Ryan Wilder recupera il rametto di edera velenosa di Poison Ivy poiché Luke Fox ha problemi con i difetti della sua tuta.

Montoya legge le condizioni di Alice riguardo il suo rilascio supervisionato, dove qualsiasi violazione la porterà in isolamento ad Arkham per il resto della sua vita. Il primo incarico è quello di affrontare una situazione simile a quella di due anni prima che riguardava il criminale Killer Croc. Ryan riceve la visita di Jada Jet mentre Sophie afferma che Jada è la madre naturale di Ryan. Jada parla di una violazione informatica alla sua compagnia, risalente alla Wayne Enterprises. Mary collabora con Luke per sistemare i malfunzionamenti della tuta. Ryan viene informata da Alice sui terreni di caccia di Killer Croc.

Jada è impressionata da Ryan ma non vuole avere niente a che fare con lei. Il suo affascinante figlio Marquis, d'altra parte, vuole lavorare con Ryan alle spalle di Jada. L'improvviso congelamento di un autobus urbano richiama il defunto Victor Fries, la cui vedova Nora è sopravvissuta allo scongelamento ma ora è inferma, sebbene guarita dalla sua malattia. Batwoman fa irruzione nell'armadietto delle prove del GCPD per la macchina di Fries, ma prima che arrivi lì la sorella di Nora, Dee, l'ha rubata e l'ha già persa a causa di un ricatto di un mercenario.

Nessuno è interessato allo strano pernottamento di Mary nel parco, dato che Ryan è celebrata come una delle giovani imprenditrici di Gotham. Mentre flirta con Marquis, Jordan (la sorella di Sophie) scompare improvvisamente e quando Marquis aiuta Batwoman a cercarla, è ritrovata congelata.

Ryan chiede a Sophie di accompagnarla a cena da Jada per cercare di scoprire cosa la madre, che l'ha a suo tempo allontanata, sa della Wayne Enterprises.

Una inquietante scoperta in un capanno da giardino spinge Renee Montoya a correre da Ryan per assicurare la massima protezione alla città.

Mentre le sue dinamiche familiari si fanno sempre più complicate, Ryan si ritrova nel mezzo di uno scontro nel Bat Team tra Luke e Mary. Nel frattempo Alice trova un nuovo alleato per lanciare la sua offerta.

Mary e Alice continuano a stringere il loro legame tra sorelle. Ryan, Luke e Sophie sono disposti praticamente a tutto pur di fermarle.

Ryan, Sophie e Luke cercano di rintracciare Poison Ivy nel momento in cui tutti i segnali portano a credere alla ricomparsa di Pamela Isley a Gotham.

Batwoman è impegnata a destreggiarsi tra le esigenze di Jada, una Mary con poteri sempre maggiori e un nuovo rapporto sentimentale.

Quando sembra che le cose non potrebbero andare peggio di come stanno andando l'identità di Batwoman rischia ancora una volta di essere rivelata e alcuni dei peggiori criminali di Gotham si coalizzano. Nel frattempo Sophie si unisce a Luke in una missione e Alice condiziona la volontà di Mary.

Ryan Sophie e Jada si uniscono per elaborare un piano con cui fermare Marquis mentre Mary cerca di fare ammenda per il male che ha fatto come Poison Ivy.

Batwoman e un Bat Team nel panico devono ingaggiare una corsa contro il tempo mentre il micidiale piano di Marquis si rivela qualcosa di inaspettato.