地球防衛隊スカイフォースでは、バードニックウェーブを人間に照射してジェットマンを作り出すJプロジェクトが進行していた。だが、スカイフォースの天堂竜がレッドホークになった瞬間、基地は次元戦団バイラムの攻撃を受けてしまう。脱出した竜と小田切長官は、偶然バードニックウェーブを浴びた若者4人を捜し始める。

新たに探し出した戦士・結城凱は竜の態度に反発し、もう一人の戦士・早坂アコも、いくらくれる？と時給の交渉をはじめる始末。ファイタージゲンの襲撃に、とりあえず5人で立ち向かうジェットマンたちだったが、竜の号令でバードブラスターを放つはずが、凱が命令を拒否。一転して窮地に追い込まれてしまう。

人類が滅亡してもかまわないと、あくまでジェットマンへの参加を拒む凱を説得する竜。陣容が整わないジェットマンをよそに、バイラムの侵略作戦が着々と進行していた。ジャグチジゲンの攻撃から必死で人々を守る竜・香・雷太・アコたち。そして、その姿に心を動かされる凱。5人の力を結集する時が来た！

飛行訓練の免除を願い出た香に竜が噛み付いた。今まで怒られた経験のないお嬢様育ちの香は竜の言葉に反発し、家に帰ってしまう。そんな香のもとへ婚約者の北大路が訪れ、結婚を申し込む。ジェットマンの使命を思い一度は断った香だが、戦闘中に再び竜に叱責され、反発心から北大路との結婚に踏み切ってしまった……。

ジェットマンを倒しバイラムの支配権を握ろうとするラディゲに対抗すべく他の3幹部は香を襲撃する。一方、3幹部の一人・マリアの姿を見て驚く竜。マリアは行方不明となった恋人リエと瓜二つだったのだ。そして、香が竜を愛していることを知った凱は香に心を奪われていた……。

ジェットイカロスへの変形訓練の際、小田切長官と竜に注意された凱は腹を立てて街へ出て行ってしまう。香の説得にも応じず、喫茶店のウェイトレスとデート中の凱にハウスジゲンが襲いかかる。凱の救出に成功した竜だが、自らがハウスジゲンの体内に取り残されてしまった……。

竜のばっちゃんが見合い話を持って九州から上京してきた。香は見合い話をぶち壊すことを提案するが、香を自分になびかせたい凱だけは結婚すべきだと主張。連帯意識のないジェットマンの有様に小田切長官の憂鬱はつのるばかり。そして、カガミジゲンが暗躍を始めた……。

香の友人で財閥の御曹司・龍見が開いた、時価20億円の「ブラッディダイヤ」のお披露目パーティーでダイヤの光を目にした人々が次々に暴れだした。原因はダイヤにあると考えたアコが表に運び出すと、ダイヤはダイヤジゲンに変身。光を浴びたアコは竜や雷太に襲いかかる。

上京した幼なじみのサツキとデート中の雷太は、ファッションジゲンと仲間たちの戦いの場に迷い込んでしまった。ファッションジゲンの手でスナイパーの服を着せられたサツキは、狙撃者となりレーザーガンでジェットマンたちを狙う！

アコに好意を抱く浪人中の先輩・龍田の前に突然、カップめんの神・ゴッドラーメンが現れた。二人は協力して究極のカップめん「新次元ヌードル・陽気なアコちゃん」を完成させる。その売れ行きは絶好調！　だが、ゴッドラーメンの正体はヌードルジゲンだった……。

ジハンキジゲンが化けた自動販売機のジュースを飲んだジェットマンたちの性格が反転。日ごろ出てこない心の奥の性格がデフォルメされて表れたのだ。原因をつかんだ小田切長官はジェットマンに出動を命じるが、怠け者と化した竜が「少しぐらい休んでも」と動かない。

休日に雷太は香を誘い、山村行きのバスに乗っていた。のどかな風景とは裏腹に、山間のトンネルを抜けるたびに乗客が一人ずつ殺されていく。バスに殺人鬼が乗っているのか？　しかも運転手は殺人で指名手配中の男。そしてトランの笑い声が響き渡った……。

香の手作りの料理が並ぶ竜の誕生パーティー。そして、面白くない凱の不満を爆発させる出来事が起こる。リエへの想いを断ち切れない竜が香のプレゼントである手編みのセーターを受け取らなかったのだ。竜への想いに苦しむ香にマリアとカメラジゲンが罠を仕掛ける。

凱は香を返して欲しいとマリアに土下座をして懇願する。だが、マリアの返事は竜の首と引き換えという冷酷なものだった。絶望する凱。一方、カメラジゲンを倒す秘策をことごとくグレイの妨害により失敗した小田切長官は、必殺武器ファイヤーバズーカの開発を命じた。

女の子の声をエネルギーとする破壊超音波を操るボイスジゲン。オペラ歌手を目指すアコのクラスメイト・キョウコも、ボイスジゲンに声を奪われてしまった。何とか友達の力になろうと頑張るアコ。一方、雷太はボイスジゲンには男の声が奪われないことに気付き、一計を案じる。

紙によって発達した人間の文明を紙によって滅亡させようと企むトランは次元獣カミジゲンを送り込む。絵や写真に描かれたものを3次元化する能力を持つカミジゲンに攻撃を開始するジェットマン。そこへ不思議な少女が現れ、カミジゲンの様子がおかしくなってしまう。少女は高名な間吹画伯が描いた亡き愛娘・静子だった。

バイラムの頂点に立つ女帝ジューザが現れた。計り知れないエネルギーを持つジューザの前にジェットマンは大苦戦、香をかばった凱はジューザの発するビームを浴びて苦しむ。一方、裏切りの心を抱いたラディゲは隙を突いてジューザに襲いかかるが、ジューザは魔獣ジューザとなり応戦する。

ジューザのビームを浴び、結晶化していく凱。一方、敗れたラディゲは、記憶を奪われ人間にされてしまう。放浪の果てに少女・早紀と出会い、束の間の楽しい時間を過ごすラディゲだが、ジューザとジェットマンの戦いを目撃し記憶を取り戻す。一時的に協力したジェットマンとラディゲの前にジューザは……。

女占い師リリカのとんでもない占いが当たるにつれ、信じるようになる香。リリカの正体はウラナイジゲンだった。「変身すれば死んでしまう」という占いを真に受けた香は、恐ろしくて変身できない。そして、香のいない4人のジェットマンにウラナイジゲンが襲いかかった。

ミチルの姉・咲子が結婚式で新郎との離婚を宣言、愛など不要とうそぶくトゲトゲしい人間へと変わってしまった。咲子が豹変した際、掃除機のようなものを見かけたミチルは結婚式を見張り続け、凱と出会う。掃除機の正体を調べて欲しいという頼みを断る凱だが、ミチルは騒ぎを起こし、無理やり凱の協力を取り付ける。

アコが可愛がっていた人形のプータンや色々なゴミから作られた次元獣ゴミジゲンは、バイラムの期待を裏切り、アコをママと呼び、壊れたオモチャを修理するなど良い心を持っていた。だが、アコの紹介で就職したゴミ処理場で不法投棄をしようとした男たちにひどい目に遭わされ……。

竜はかつての恋人リエの墓前で、香に想いに応えられないことを告げる。傷心の香に優しく声をかける凱。竜は香に凱の愛を受け入れて欲しいと考え、香に誘われたコンサートのチケットを凱に譲ろうとするが、プライドを傷付けられた凱は竜に殴りかかる。3人の想いが交錯する中、破壊魔王セミマルが誕生しようとしていた。

香をめぐるケンカから心がバラバラになったジェットマンたち。一方、破壊魔王セミマルは破壊の限りを尽くしていた。そして、出撃したものの窮地に追い込まれてしまったジェットイカロスを、正体不明の戦闘ロボが救う。それはバイラムに滅ぼされた裏次元ディメンシアの生き残った戦士たちが操るバードガルーダだった。

強大な敵・セミマルに対抗するため、ジェットイカロスとジェットガルーダを合体させる改造が始まった。だが、作業完了前に出現したセミマルを迎え撃つべく、ダンを残してジェットガルーダは出撃する。ダンは作業を放り出してアコをデートに誘い出していたのだ。さらにジェットガルーダはラディゲに乗っ取られてしまう……。

マリアが新たに作り出したバイオ次元獣第1号・ライトアルマジロ。その腹部のライトに照射されてできた人間の影が実体化し、人々に襲いかかる。出撃しようとするジェットマンだが、ポーカーで負けた凱は虫の居所が悪く出撃を拒否。全員が揃わず、ライトアルマジロに叩きのめされた4人に影ジェットマンが襲いかかった。

グレイが送り込んだジクウマンモスによって原始時代にタイムスリップさせられたジェットマンたち。雷太はそこで香にそっくりの原始人の少女リーカに出会う。リーカと親しくなり、このまま原始時代で暮らそうかと考え始める雷太。そこへジクウマンモスの追撃の手が延びて来た。

アコ、凱、雷太を次々と死に追いやったラディゲの操る霊柩車に襲われた竜は、密教僧・泰元に救われる。泰元によると3人の魂を呼び戻す方法があるという。それは、竜が魂と化して霊界に赴き、3人の魂を現世へと導くこと。タイムリミットは1時間！　だがそこには、ラディゲの罠が待っていた。

出撃のチャンスに恵まれなかったドライヤージゲンは、戦いの中で人生を送りたいとバイロックを脱走しジェットマンを襲撃する。だが、心根の優しいドライヤージゲンは自分が戦いには向いていないことを悟る。そして、床屋で住み込みの見習いとなり修行の日々を送っていたが……。

ラディゲによって滅ぼされた裏次元ベルセルクからやって来た若者・デュランとルー。ラディゲの策略で街を破壊するルーとそれを必死で止めようとしたデュランはジェットマンに保護される。復讐に燃えるルーを平和に暮らそうと説得するデュランだが、ラディゲの放ったヨロイスネークに操られ、凶暴化してしまった。

魔神ムーが覚醒、かつて地上を支配していた魔神・ラモンとゴーグを復活させるべく戦士の血を探し始めた。ラディゲの襲撃を受け戦う凱と香。そこへムーが現れ、香を連れ去ってしまった。香を救出しようと追跡する凱にムーの魔手が迫る。そして、ラディゲの血を受けたラモンとゴーグが復活した。

ラモンとゴーグはラディゲの命令を無視してムーを惨殺、暴れ始める。ジェットマンは出撃するが、そこに香と凱の姿がなかった。凱に魅かれはじめた香はデートの最中だったのだ。一方、魔神のビームを浴びたマリアはリエの姿に戻り、竜は喜ぶが、そこにラディゲが割って入った。そして第3のロボ・テトラボーイが出撃する。

リエがマリアと知り、放心状態の竜。一方、凱と香は戦いをよそに二人だけの時間を過ごしていた。冷たい言葉とは裏腹に竜のことを心配している自分に気付く凱、そしてリエを取り戻すのは自分しかいないと気付き立ち直る竜。再び5人は集結し、荒れ狂う魔神ラモンを葬り去る。握手を交わす竜と凱。5人の心が一つになった。

ジェットマンの攻撃も粘着ゴキブリには全く通用しない。切り札となる新兵器ビークスマッシャーも設計者の相沢博士が死亡したため未完成。心臓部のエネルギー変換器の設計図は、相沢博士の娘・美加の潜在意識に記憶されていたのだが、父への葛藤から美加はその記憶を失ってしまっていた。

竜がテトラボーイの機密データを持って脱走、グレイにマリアとの交換を持ちかけた。取引に応じたグレイの指示によりテトラボーイを盗み出した竜は、グレイに裏切られ殺されてしまう。思わぬ戦果に喜ぶバイラムの幹部たち。だが、殺された竜は偽者で、本物はバイロックに持ち込まれたテトラボーイの中に潜んでいたのだった。

アコは手術が必要な重病を患っていた少女・恵理と出会う。怖さから手術をなかなか受けようとしない恵理は、何かと戦う勇気を必要としていた。毒ガスネズミとの戦いで目が見えなくなったアコを助けるために、病を押して恵理が立ち上がる。

小田切長官以下5人の鳥人戦隊は日頃の戦いから離れ、長野県の牧場へ休息に出かけた。戦士たちは、パラグライダー、サイクリング、露天風呂と大自然を満喫する。一方バイラムでは、子供であることを馬鹿にされたトランが、幹部たちを見返してやるため休息中の戦士たちの元へ向かっていた。

前回の戦いで屈辱的な敗北を喫したトランは、怒りで成長が早まり帝王トランザとなった。大人になりパワーアップしたトランザが、長野の竜たちの前に屈辱を晴らすため再び姿をあらわす。ジェットマンに対し圧倒的な強さを見せ付ける無敵のトランザ。他の3人の幹部までを敵に回し、四大幹部の頂点を目指し始める。

ジェットマンはバイオ次元虫を冷凍捕獲することに成功した。竜の親友、柳が所属する研究所で分析を依頼するが、竜に対する劣等感を抱いていた柳は次元虫の研究成果を独り占めしようとする。次元虫を横取りした柳は、取り返しにきたトランザとハンマーカメレオンに狙われることに……。

凱と香のデート中にグレイとスナイパーキャットが現れた。すぐさま竜たちが助けに来たが、スナイパーキャットに凱以外の4人が人形にされてしまう。この戦いで凱に心臓部を奪われたグレイは、4人の人形と自らの心臓部を賭けたルーレット勝負を凱に挑む。果たして凱はグレイの計算能力に打ち勝つことができるのか。

トランザへの対抗心からラディゲ、グレイ、マリアが協力し、隕石ベムが誕生した。反バードニックエネルギーの前にジェットマンは無力化してしまう。そんなとき、5人の前に新戦隊ネオジェットマンが現れた。ネオジェットマンはジェットイカロスを操り、隕石ベムに対抗するが……。

変身できない5人の鳥人戦隊は、総司令の前にジェットマンを解任され、基地を追い出される。そんな最中、隕石ベムが基地に侵入した。基地壊滅の危機の中、竜たちが帰って来た。ひとかけらの人間らしさもない総司令を見限り、ネオジェットマンがジェットマンにバードニックエネルギーを分け与える。ジェットマンの復活だ！

トランザに失敗作として捨てられたテスト用ロボ・G2が、グレイに救われる。戦いの後グレイは、雨の中で凍えるマリアを暖めようとするが、逆に「冷たい」といわれショックを受ける。それを見たG2は命の恩人のため、マリアをグレイの元へ連れて行く。グレイ、マリア、ジェットマンの三つ巴の戦いの中、G2の運命は？

小田切長官の体内にバイオ次元獣ヒルドリルが侵入した。長官はバイラムに操られ、ジェットマンを苦しめる。長官の体の中にヒルドリルを発見した竜たちは、イカロスをミクロ化し長官の体内に潜入した。3分を過ぎるとジェットイカロスは元の大きさに戻る。時間が迫る中、ジェットイカロスはエネルギーを吸収され……。

凱は香の家庭に違和感を感じていた。最近うまくいってない、とグチをこぼす香。一方、ついに史上最強の魔人ロボ・ベロニカが完成。四大幹部が搭乗し、ベロニカは破壊の限りを尽くす。生身の人間の生体エネルギーから生まれるベロニカのパワーはグレートイカロスをも上回る。ジェットマンはこのピンチを切り抜けられるのか？

香、雷太、アコがベロニカに捕らえられてしまった。何と3人はベロニカの生体エネルギーの供給源にされてしまったのだ。残された竜と凱は応急修理のグレートイカロスで3人を救出するため、再び戦いを挑む。凱と1杯のホットミルクを約束に、竜がトランザとラディゲの対立の隙を突いてベロニカ内に突入する！

トマト大王がみんなをトマトに変えてしまう。だが、トマト大王は異次元生命体メタモルが、雷太のトマト嫌いだった過去を利用して生み出した怪物だった。勝負の命運は雷太が過去を克服できるかにかかっている。そんな雷太を必死に励ますアコ。一方でトランザと反目し、再び人間化したラディゲが街をさまよう。

｢ジェットマン、貴様たちとのお遊び、なかなか楽しかった。」帝王トランザが戦いに終止符を打つべく、竜の目の前に現れる。雷太、アコ、香、凱を執拗に追いかけ、抵抗する間も与えず石板に変えていく。そのとき竜は人間化したラディゲに助けられる。そしてついにラディゲ、レッドホークとトランザとの対決の時が来た。

最強の悪の女王となるために変貌を遂げるマリア。ラディゲの血から生まれたヒトデに寄生され、今やマリアは人間の血を求める魔女になってしまった。血を吸うごとに魔獣と化すマリアを見た竜はショックを受ける。竜のマリアにリエの心を取り戻させる闘いが始まった。そして謎の巨大獣とグレートイカロスとの戦いが始まった。

獣人に変貌していく竜、そして醜く変貌を遂げるマリア。マリアを人間に戻したいと凱たちに頼むグレイの心。竜は血を吸いたい欲求に耐え、リエとの思い出によって人間へと戻り、マリアの元へ向かう。悪の女王マリアからリエに戻った彼女を待ち受けていた運命とは……。

みんなの前では一見立ち直ったかに見える竜。しかし、置き手紙を残して姿を消す。竜は鳥人戦隊を脱退し、リエの敵討ちのため、ラディゲとの対決に向かった。凱もグレイの挑戦を受け、1対1の死闘を繰り広げる。そこへ再び姿をあらわす謎の巨大獣。果たして、戦いの行方は？

ラディゲはラゲムとなってついにその正体をあらわした。ラゲム対ジェットイカロスの戦いが火蓋を切る。小田切長官も加勢しての総攻撃に、ラゲムは魔城バイロックと合体して完全無欠となり、地球の最期を懸けた戦いが始まった。そして、戦いを終えたジェットマンの未来とは？