终于到达了决斗王国小岛，第一场决斗游戏向全日冠军羽蛾发起了挑战！羽蛾熟练了运用场地的规则，操控着昆虫大军向游戏步步逼近。决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

游戏使用陷阱卡“神圣防护罩-反射镜力- ”把羽蛾的昆虫大军全灭了，羽蛾宣传将要召唤出最强的怪兽——究极完全态大飞蛾。虽然游戏阻止了最终形态的的孵化，不过大飞蛾还是出现了。

决斗：武藤游戏VS昆虫羽蛾

孔雀舞派遣硬汉龙崎去挑战城之内克也。面对龙崎的强大的龙族怪兽，城之内克也使用野蛮人1号和野蛮人2号开始反击。

龙崎得知城之内曾击败过孔雀舞，赌下自己的稀有卡“真红眼黑龙”和诚之内的“时间魔术师”。

城之内被基斯等人拐到了某个洞穴里的墓场场地进行决斗。没有游戏等人帮助下，城之内开始决斗。

决斗：城之内克也VS鬼骨冢

面对骨冢的不死身的僵尸怪兽，即使时间魔术师、真红眼黑龙也被打倒。决斗：城之内克也VS鬼骨冢

打败游戏的海马进入贝卡斯的城堡，使用新开发的决斗盘挑战贝卡斯，贝卡斯却要木马代替他决斗。　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

拥有千年眼力量的贝卡斯能够读取海马心中所想，并夺取了海马的一只青眼白龙。这时贝卡斯打出了“卡通世界”。　　　　　　决斗：海马濑人VS贝卡斯

决胜淘汰赛开始了，第一战是游戏对战孔雀舞。面对孔雀舞的战术，游戏似乎走投无路。

决斗：武藤游戏VS孔雀舞

游戏终于破解了孔雀舞的战术，但面对孔雀舞场上的强力怪兽，只有召唤出混沌战士才能逆转。　　决斗：武藤游戏VS孔雀舞

淘汰赛第二轮，由城之内对战基斯，但是城之内的参赛资格卡片怎么都找不到。这时孔雀舞出现在城之内面前。决斗：城之内VS基斯·霍华德

城之内和基斯的决斗火热的进行着，贝卡斯洞察着二人代表着希望和绝望的两颗心。决斗：城之内VS基斯·霍华德

海马公司的五巨头开发的这个决斗怪兽为基础的冒险游戏向海马发起挑战。海马的意识被数据化关在电脑世界里，只要游戏尚未通关，海马就一直在电脑世界徘徊。

为了营救海马，游戏、城之内、圭平也进入了“DM冒险游戏”的电脑世界。这时他们竟然遇到了孔雀舞。

游戏、城之内、孔雀舞、圭平乘飞机前往暗黑浮游城。迎击他们的是无数的怪物群。

暗游戏为了知道自己是谁，和杏子一起去了埃及展。另一方面，海马为了测试刚得到的神之卡的力量，和使用着自己原本卡组的机器人开始决斗。

海马要举办“战斗城市”的决斗大会，城之内却因等级过低而无法报名。这时古鲁斯罕贵卡猎人看中了城之内的“真红眼黑龙”，于是把城之内的等级上调。那夜，古鲁斯罕贵卡猎人埋伏着城之内的到来。决斗：城之内VS蕾雅卡猎人

“战斗城市”开幕式，出现了羽蛾、龙崎、渔汰等人的身影，海马发表演说，解说了比赛规则。于是大会开始了，游戏的第一个对方就是夺走城之内的“真红眼黑龙”的古鲁斯罕贵卡猎人！决斗：武藤游戏VS蕾雅卡猎人

游戏察觉到了对方是使用“艾克佐迪亚”特殊胜利的战术，游戏使出口胡战术与之对抗。决斗：武藤游戏VS蕾雅卡猎人

城之内的决斗盘被某少年抢走了，虽然夺回来了但这一切全是阴谋。昆虫羽蛾出现向城之内发起挑战，决斗中城之内的卡组中出现了原本就没有的“寄生虫帕拉赛德”。城之内克也VS昆虫羽蛾。

城之内的怪兽全部因为“寄生虫帕拉赛德”而变成了昆虫族，被羽蛾使用“除虫网”封锁了攻击。虽然依靠天使之骰和恶魔之骰击倒了羽蛾的“究极完全态大飞蛾”，但而后羽蛾召唤出更加强大的“昆虫女王”。城之内克也VS昆虫羽蛾。

游戏担心城之内而去寻找他，遇到了2名古鲁斯猎人的阻拦，和海马一起加入决斗。海马使出神之卡独自把二人击倒。与此同时，城之内在水族馆遇到了渔汰。

决斗：城之内克也VS梶木渔太

为了参加战斗城市决赛，受伤的貘良从医院逃出来，此时遇上了鬼骨冢等人。貘良的超自然卡组对抗着鬼骨冢的幽灵卡组。

战斗城市淘汰赛第二轮，由城之内对战伪装成马利克的利希德。因为曾被马利克洗脑的城之内，誓要将要将马利克打倒。利希德采取不断布下陷阱的战术，而城之内不断地召唤出怪兽，意图把对方的陷阱卡一次性清除后发起总攻击。

城之内和利希德的决斗持续着，利希德召唤出3只陷阱怪兽“阿匹卜之化神”向城之内发起攻击使得城之内的LP降至200。准备投降的城之内因孔雀舞和静香的鼓舞，回想起在决斗城市遇到的对手们，找出了继续战斗的勇气，召唤出了在战斗城市预赛中获得的“人造人索加”打破僵局。

被城之内紧逼着的利希德终于召唤出了最后的王牌“圣兽塞勒凯特”，不断把城之内的怪兽击倒，城之内无计可施。城之内决定承受对方的攻击而败北，因为确认对手是一个堂堂正正的真正的决斗者，而不是奸恶的马利克。

为了证明自己是马利克，利希德决斗召唤“太阳神之翼神龙”。然而召唤出复制卡确激怒了真正的太阳神，太阳神的一击使得利希德和马利克同时晕倒。这时谁最先醒过来谁就能获得比赛胜利！

战斗城市淘汰赛第三轮，由孔雀舞对战马利克。此时因为利希德的昏迷使得对马利克体内黑暗人格的抑制减弱，，熊抱化的暗马利克觉醒。孔雀舞拒绝游戏、城之内等人的声援，打算独自应战。

黑暗游戏逐渐使得孔雀舞陷入“孤独”的世界，因游戏的话语而重新振作起来。孔雀舞熟练着操纵着亚马逊卡组，成功地把马利克手里的“太阳神之翼神龙”夺取。

孔雀舞召唤出了“太阳神之翼神龙”，但因读不出召唤台词，“太阳神”只能维持球体形态而无法作出攻击。这时，暗马利克读出了写在“太阳神”卡上的古代神官文字（召唤台词），使得“太阳神”站到了暗马利克的场上

到此为止，进入半决赛的4名决斗者全选出了——武藤游戏、城之内克也、马利克和海马濑人。海马在监控室分析着“太阳神之翼神龙”卡上的文字；另一方面，游戏、城之内去病房探望孔雀舞蹈，这时伊西丝·伊修达尔出现在他们面前，开始讲述了守墓一族的惨剧。

一个人在荒野行走着的杏子遇到了企鹅，并被带到了冰原地域，这里等着她的是装扮成“梦魇企鹅”的五巨头之一的敌人大泷修三。杏子选择“黑魔术少女”作为自己的统领怪兽，然而她的卡组没投入黑魔术师···

杏子和“梦魇企鹅”的决斗持续着，杏子使出了“摩诃毗卢”+“魔术咒文书”开始了反击，不过很快又被对方压制住，这时“黑魔术少女”站出来。

海马和圭平受到了获得本田身体的大田宗一郎的袭击，这时一只机器猴子出来保护海马。这时猴子便是本田失去身体后的姿态。圭平被拐走，海马前去追击。这时，堵在海马面前的化身“人造人索加”的五巨头之一的敌人大门小五郎。 “人造人索加”拥有破坏陷阱的能力，使得海马陷入苦战。

大门小五郎召唤出了“卫星加农炮”——这个以海马养父海马刚三郎制造的离地面3万6千公里的上空的军事卫星为原型的机械族决斗怪兽。

为了救回弟弟圭平，海马和乃亚的决斗开始了。乃亚不断使用魔法·陷阱卡破坏海马的怪兽，但海马的“吸血鬼总督”拥有不断复活的能力。

乃亚的统领卡“奇迹方舟”的特殊能力终于起动了，把送去墓地的卡全部收容。海马发起强攻时，乃亚使用“奇迹方舟”召唤出怪兽抵抗攻击。面对乃亚的消极防御战术，海马使用“龙之逆鳞”赋予贯穿伤害决定胜负！

将要落败的乃亚终于使诈了，让圭平抵挡海马的攻击，使得海马无法出手。为了唤醒圭平，海马召唤出了充满二人回忆的“青眼白龙”，并使用“最终一战！”让双方指定2只怪兽单挑来决定胜负；乃亚派出的“奇迹方舟”露出真身。

乃亚赢了海马后，把海马兄弟变成了石像。愤怒的游戏捡起了海马的卡组和自己和卡组混在一起，继承海马的基本分以及空场空手卡的状态向乃亚发起挑战。乃亚使出了灵魂怪兽向游戏发起攻击，而游戏使用“电子壶”发起反击。

熬过了乃亚的攻击，游戏召唤出了“黑魔术三剑客”——黑魔术师、黑魔术少女、黑混沌之魔术师发起总攻击，但被乃亚瞬间瓦解，最终双方LP达成一万比一百的差距。这时，因同伴的力量，游戏使出了青眼究极龙！

游戏想要和城之内对战，城之内则一心想找马利克复仇。海马和马利克都想要先战胜游戏来获取游戏的神之卡，一直盯着最弱的城之内来打。

海马也召唤出了“欧贝利斯克的巨神兵”，和游戏的“奥西里斯之天空龙”对峙着。

两神同归于尽，海马和游戏的决斗继续进行着。游戏召唤出“黑魔术师”，而海马召唤出了“青眼白龙”。

游戏来到了美术馆的埃及展，把3张神之卡向石板展示时，石板突然冰洁化，同时大批实体化的决斗怪兽出现了街头引起恐慌。那晚，游戏的3张神之卡突然被某人夺走。

游戏和夺走神之卡的神秘人古力摩的决斗持续着，游戏成功地击倒了被对方操作着的“欧贝利斯克的巨神兵”。然而，拥有操作神之力的“奥利哈刚的结界”的神秘力量让人不安。

游戏虽然击败了神秘人古力摩，但3张神之卡却被多玛的三剑客抢去。次日，蕾贝卡和他的爷爷霍普金教授出现在游戏面前，说了最近的海底调查中发现了1万多年前的遗迹之事。夜间，游戏听到了“黑魔术少女”的救助去了精灵世界，因此获得了无名之龙蒂迈欧的力量。

游戏独自一人到来的死亡峡谷，接受拉菲鲁的挑战。

游戏使用“栗子球”五兄弟的效果了拉菲鲁的追杀，然后召唤出了“黑魔术少女”并使用“蒂迈欧之眼”融合出“龙骑士黑魔术少女”。

无计可施的游戏发动了“奥利哈刚的结界”，“蒂迈欧”因此消失。游戏意图借助“奥利哈刚的结界”的力量打败拉菲鲁。面对游戏的疯狂攻击，拉菲鲁终于召唤出了王牌怪兽“守护者·艾托斯”。

游戏败给了拉菲鲁，原本人格的游戏代替暗游戏被“奥利哈刚的结界”夺取了灵魂。另一方面，一心想要变强的羽蛾和龙崎追着拉菲鲁的直升机。

游戏和杏子遇到了神秘老人铁心，在他带领下来到了“石之荒野”。在这个死灵之地，暗游戏遇到了原本人格的游戏。两个游戏开始了一场决斗。

在“石之荒野”，“奥利哈刚战士”出现在游戏面前。面对拥有再生和强化能力的“奥利哈刚巨灵”，游戏必须借助“蒂迈欧”的力量。

海马和游戏相会。

根据拉菲鲁所给的地图，得知了达姿的所在地，于是游戏、海马等人乘坐直升机来到了南方大海上的一个孤岛。岛上的暗黑神殿里存放着寄有败者的灵魂的石板。于是，游戏和海马对战达姿的决斗开始了。

游戏和海马召唤出了“究极龙骑士”向达姿发起直接攻击，然而达姿毫发无损。达姿召唤出仪式怪兽“奥利哈刚的反射镜”并特召出4只“反射镜子骑士”向游戏、海马的怪兽发起攻击。

海马破坏了“奥利哈刚的反射镜”，4只“反射镜子骑士”的真面目竟然是游戏、城之内、孔雀舞和贝卡斯的灵魂。暗游戏无法对他们发起攻击，虽然海马毫无顾忌地发起攻击，但“反射镜子骑士”的特殊能力实在难缠。

达姿发动了第三重结界“奥利哈刚之气”。海马使用“克里底亚之亚”的力量召唤出了“反射镜力龙”全灭达姿的“反射镜子骑士”，然后达姿召唤出强大的怪兽——西诺洛斯向海马袭来。

海马牺牲了，留下游戏独自对抗达姿。面对攻击力2万的西诺洛斯，游戏只能采取防守。这时，游戏抽出了贝卡斯那里获得的一张卡“传说之心”——拥有解锁“传说之龙”姿态能力的卡片。

游戏消灭了达姿的西诺洛斯，但达姿进一步召唤出攻击力无限大的蛇神彝，游戏使用“魂之接力”召唤出“黑魔术少女”使自己免于落败。传说的三骑士，向达姿的蛇神彝发起了最后攻击！

游戏、海马、城之内3人来到了巨大城市亚特兰蒂斯上，以奥利哈刚之神为对手，召唤出各自的决斗怪兽。

游戏召唤出三幻神打倒了奥利哈刚之神，被吞噬了的灵魂也回到各自体内。这时，集地球上所有的心中的黑暗力量向游戏袭来。

游戏的爷爷双六给游戏讲述自己在埃及地下古墓通过黑暗的死亡游戏而获得千年积木的故事（1960年）。

暗貘良帮助游戏截下了盗走神之卡和千年神器的羽蛾和龙崎，自行取走了千年轮。为了在即将的终究黑暗游戏中胜出，暗貘良出现在海马濑人面前，二人开始了黑暗决斗。

游戏他们来到了埃及。当游戏把3张神之卡举向石板时，暗游戏进入了记忆世界开始了记忆之旅。当他醒来时，发现自己是年轻的法老王，身边是7位神官。

盗贼王貘良盗取了上代法老王的陵墓并拖着棺材来到了年轻法老王的王国，7位神官们召唤出了各自的魔兽和貘良开始了对决！另一方面，游戏和他的朋友们进入千年积木的迷宫，为了寻找暗游戏的真实之门。

游戏他们通过的迷宫来到了法老王的记忆世界，在这里谁也看不见他们。另一方面，神官塞特到处搜索拥有强力魔兽的人，遇到了拥有白龙的女性琪莎拉。

神官阿克纳帝回忆起自己当年制造七神器而牺牲百姓的温馨故事。另一方面，法老王骑着白马、驾驭着天空龙追缉着盗贼王貘良。

法老王召唤出的黑魔术师、玛娜召唤出的黑魔术少女一起对砍盗贼王貘良，众神官也加入战斗誓要把貘良刨皮。另一方面，游戏等人开始寻找法老王的真实之名

阿克纳帝要求塞特杀死琪莎拉以获得白龙的力量，塞特拒绝；然而琪莎拉为保护塞特特而被黑暗大神官杀死。法老王赶到时，遇到的是被黑暗大神官附身的赛特。

游戏和貘良决斗中，游戏进行最后抽卡，召唤出了“破坏龙甘多拉”破坏了貘良场上的所有卡，“沉默剑士”的攻击一击击倒了貘良。另一方面，佐克轻易地把法老王的三幻神全灭；这时海马赖人出现，召唤出“青眼究极龙”与佐克抗衡。

阿图姆召唤出了“欧贝利斯克的巨神兵”击倒了游戏的“机动城堡垒”，紧接着有召唤出“奥西里斯的天空龙”和“太阳神之翼神龙”。游戏召唤出“沉默剑士”和“磁石战士电磁武神”与之对抗。

游戏用陷阱卡“磁力（マグネット·フォース）”把“奥西里斯的天空龙”的召雷弹效果反弹，一回合内把阿图姆的三幻神全灭。然后阿图姆召唤“有翼幻兽奇美拉”“暗黑魔族基尔法恶魔”“疾风的暗黑骑士盖亚”、游戏召唤出“破龙剑士”“恶魔召唤”“诅咒之龙”进行一番拉锯战。

阿图姆终于召唤出最强的仆人“黑魔术师”。游戏使用“封印之黄金柜”把一张未知卡封印；在阿图姆发起攻击时使用“魔法师的法阵”把“沉默魔术师”召唤出来，并用“天降的宝札”强化“沉默魔术师”从而击倒阿图姆的“黑魔术师”，这时，阿图姆使用“死者苏生”意图复活“奥西里斯之天空龙”。