Joey tiene su primer Duelo en Ciudad Batallas contra un sujeto llamado Espa Roba, el cual hace creer que utiliza P.E.S. y puede saber qué cartas tiene su adversario. Joey logra desenmascararlo pero su problema más grande empieza cuando Roba Invoca a su Carta de Monstruo más poderosa, "Jinzo".

Joey parece perder la esperanza de ganar el Duelo contra Roba, pero Téa le dice que su hermana Serenity está viendo el Duelo y lo está apoyando. Al saber esto, Joey encuentra la forma de derrotar a Roba y ganar su Carta de Monstruo más rara, "Jinzo".

Yugi se enfrenta a uno de los sirvientes de Marik conocido como "El Silencioso", que es controlado por el propio Marik mientras se acerca a Ciudad Batallas.

El Silencioso logra Invocar a su carta de Dios Egipcio, "Slifer el Dragón del Cielo", que se hace más poderoso de acuerdo al número de cartas que su poseedor tiene en la mano. Yugi no puede hacer mucho, ya que su adversario también posee una defensa perfecta.

Seto Kaiba llega al lugar del Duelo entre Yugi y el Silencioso, ya que desea la carta de Dios Egipcio. Yugi encuentra una falla en la estrategia de Marik y logra hacer que su sirviente se quede sin cartas, por lo que pierde el Duelo. Yugi obtiene a "Slifer" y Kaiba inmediatamente lo desafía, pero Marik planea hacerle daño a los amigos de Yugi, quien corre en su búsqueda.

Marik controla la mente de Joey y lo pone en un Duelo contra Yugi, donde Joey, Téa y Yugi están expuestos al peligro. Tristán y Serenity llegan a Ciudad Batallas, pero los Cazadores Raros están tras ellos.

Yugi decide luchar sin ayuda de Yami Yugi para ayudar a Joey a recuperar el control de su mente, y comienza enseñándole su "Dragón Negro de Ojos Rojos", el que hace que Joey luche por recuperar su mente. Yugi finalmente recurre a entregarle a Joey su Puzzle Milenario. Por otra parte, Tristán y Serenity logran escapar de los cazadores raros gracias a la ayuda de Duke Devlin.

Yugi trata de hacer que Joey recupere su mente recordándole algunos momentos del pasado. Tristán, Serenity, Duke y Mai llegan al lugar del Duelo, en el cual Joey parece estar a punto de ganar y enviar a Yugi al fondo del mar.

Joey logra romper el control de Marik sobre su mente, pero Yugi decide perder el Duelo. Sin embargo, Joey realiza un último movimiento para perder el Duelo también y salvar a Yugi; Serenity se quita la venda de sus ojos y rescata a su hermano Joey.

El primer Duelo de las finales es entre Yugi y Bakura, quien rápidamente revela ser el espíritu del Anillo Milenario

Bakura domina el Duelo gracias a sus poderosas Mágicas sin la necesidad de usar monstruos, pero Yugi encuentra la forma de revertir la situación y poner el Duelo parejo. Sin embargo, Bakura saca una carta que parece ser la que le dará la victoria.

Bakura está a punto de ganar el Duelo, pero Yugi, como última alternativa, Invoca a su carta de Dios Egipcio "Slifer el Dragón del Cielo". Marik le ordena al espíritu del Anillo abandonar el cuerpo de Bakura para que Yugi no ataque; sin embargo, el espíritu decide no abandonarlo ya que necesita de Bakura para existir. De esta manera, Yugi lanza su ataque y gana el Duelo.

Un Duelo de Sombras entre la parte malvada de Marik y Bakura con la ayuda del espíritu del verdadero Marik da inicio. A medida que van perdiendo puntos, su cuerpo va desapareciendo.

Gracias a los efectos ocultos de "El Dragón Alado de Ra", la parte malvada de Marik gana el Duelo. Sin embargo, el espíritu del verdadero Marik logra ocultarse en la mente de Téa, mientras que Bakura se oculta en el Puzzle Milenario de Yugi.

Joey tiene que enfrentarse contra Johnson, uno de los Cinco Grandes, quien adopta la forma de su carta maestra, "Juez". Por su parte, Joey elige a "Espadachín de la Llama" como su carta maestra. Yugi y Téa llegan al lugar donde Joey mantiene su Duelo contra Johnson, pero las cosas no lucen muy favorables para Joey.

Durante el Duelo, Johnson altera el programa virtual para hacer trampa a Joey. Al darse cuenta de esto, Noah interviene y trata de deshacerse de Johnson, pero Joey decide que quiere derrotarlo y, finalmente, lo logra. Al enterarse de que su hermana Serenity puede estar en peligro, Joey corre a buscarla.

Los Cinco Grandes se reúnen dentro del cuerpo de Tristán para tener un Duelo contra Yugi y Joey, donde los cinco van rotando sus turnos. Por otra parte, Seto Kaiba anda en busca de su hermano Mokuba y se cuestiona si realmente Noah es quien dice ser, ya que tiene el mismo aspecto que hace seis años.

El Duelo de Yugi y Joey contra los cinco grandes en el cuerpo de Tristán continúa. Yugi y Joey parecen recuperarse y tomar el control del Duelo, pero las cosas parecen estar a punto de tomar otra giro, ya que Leichter, quien domina el cuerpo de Tristán en el momento, ha sacado una Carta de Ritual que parece ser la más poderosa de todo su Deck.

Los Cinco Grandes combinan sus cinco cartas maestras creando a "Dragón de Cinco Cabezas", pero Yugi y Joey juntan sus dos cartas maestras para usar a "Caballero del Espejismo" con el cual derrotan a "Dragón de Cinco Cabezas." Sin embargo, una vez éste es destruido, aparece "Dragón Berserker" con el cual parece que los Cinco Grandes ganarán el Duelo. Joey otorga el poder necesario a "Mago Oscuro" de Yugi y lo convierte en "Caballero Oscuro", lo suficientemente poderoso para ganar el Duelo. Noah, molesto con los cinco grandes, se deshace de ellos de una vez por todas y planea hacerse cargo él mismo.

Tras la derrota de Noah, los amigos de Yugi regresan a la normalidad. Sin embargo, el rostro de Gozaburo Kaiba aparece en el cielo virtual y revela ser quien está detrás de todo. Noa lleva a Yugi y los demás hacia la salida del mundo virtual, pero todo resulta ser una farsa y, tomando el cuerpo de Mokuba, regresa al mundo real.

Noa programa un satélite para destruir el mundo virtual donde están Yugi y los demás, pero, al recordar el vínculo creado con Mokuba, se arrepiente y trata de detener el satélite. Sin embargo, la computadora ha sido destruida por Marik y no puede detenerlo. Por otra parte, Seto Kaiba se enfrenta a Gozaburo Kaiba, quien Invoca a su poderoso monstruo, llamada "Exodia Necross", que parece ser invencible gracias a sus efectos.

Con la ayuda de Noah, los amigos de Yugi logran regresar al mundo real, pero, en el mundo virtual, Gozaburo Kaiba ha sido derrotado por Seto. Debido a esto, trata de tomar su cuerpo por la fuerza. Sin embargo, Seto es ayudado por Yugi y juntos logran regresar al mundo real, mientras que Noah le devuelve su cuerpo a Mokuba y regresa al mundo virtual para evitar que Gozaburo escape de este mundo, que, finalmente, es destruido. Seto decide que este incidente ha sido una pérdida de tiempo y pone su nave en marcha hacia el lugar donde se realizarán las finales del torneo de Ciudad Batallas.

Joey realiza una estrategia para lograr quitarle todos los LP a Marik, y luego se asegura de ser el siguiente perdedor; de esta forma, el primer Duelo de las semifinales será entre Joey y Marik, mientras que el otro Duelo semifinal será entre Yugi y Seto Kaiba.

Cuando Joey logra revertir la situación del Duelo, Marik logra Invocar a "El Dragón Alado de Ra" en el Campo y usa su efecto para transformarlo en su "Modo Fénix", con el cual, a pesar de tener 0 ATK y DEF, puede desintegrar a cualquier monstruo; mientras tanto, Ishizu se ofrece a cuidar a Mai para que Serenity vaya a apoyar a su hermano.

Joey recibe el ataque de "El Dragón Alado de Ra" y, aunque este monstruo no posee puntos de ATK, el daño físico que Joey recibe es muy grande. A pesar de esto, Joey se mantiene en pie y trata de dar su último ataque para obtener la victoria, pero no logra resistir mucho y pierde el conocimiento, por lo que Marik es declarado ganador. Por otra parte, Yugi y Kaiba se preparan para el siguiente Duelo semifinal.

Mientras Joey lucha en sus sueños, el Duelo entre Yugi y Kaiba continúa. Kaiba logra Invocar a sus tres "Dragón Blanco de Ojos Azules" y parece tener la batalla ganada, pero, gracias al apoyo de Joey, Yugi encuentra la forma de detenerlo, Invocando al "Dragón Negro de Ojos Rojos" que Joey le dio.

Tras su derrota, Seto Kaiba le entrega su carta de Dios Egipcio a Yugi y trata de irse del lugar, pero Joey lo detiene y lo reta a un Duelo para decidir quién queda en tercer lugar en el torneo. Kaiba acepta, ya que quiere callar a Joey, y los dos comienzan su Duelo, mientras que el verdadero Marik, que se oculta en el cuerpo de Téa, ha decidido que es hora de intervenir en los planes de su parte malvada

Marik Invoca a "El Dragón Alado de Ra" en "Modo Fénix", pero Yugi consigue Sacrificar al clon de "Obelisco" de Marik, para darle una infinidad de poder a su "Obelisco" real. Sin embargo, Marik realiza una última jugada para sobrevivir al ataque de "Obelisco". Yugi Sacrifica a "Obelisco" para poner en el Campo a "Mago Oscuro" y "Chica Maga Oscura" para poder usar la carta "Ragnarok", pero se ve frustrado al tener que acabar con la parte buena de Marik. En ese momento, Odion hace su aparición.

Queriendo dejar su pasado atrás, Kaiba destruye la isla donde se llevó a cabo la final del torneo, logrando Yugi y sus amigos escapar y regresar a casa. Yugi y sus amigos toman caminos distintos, pero Yugi y Joey todavía tienen una última prueba, en la que Joey buscará recuperar su "Dragón Negro de Ojos Rojos" enfrentándose a su amigo.

Téa y Serenity dan un paseo por Ciudad Domino recordando todos los sucesos ocurridos en el torneo de Ciudad Batallas. Episodio especial que resume la Saga de Ciudad Batallas.

En su llegada a San Francisco, Yugi y sus amigos son atacados por una pandilla de motociclistas, pero son rescatados por otra motociclista misteriosa, y Joey cree que es Mai. Yugi y los demás llegan al cuartel general de Ilusiones Industriales en busca de Pegasus pero allí son atrapados por Mai, quien ya no es la misma de antes: ella fue la responsable de atrapar el alma de Pegasus con "El Sello de Oricalcos" y ahora planea hacer lo mismo con Joey.

Yami Yugi, Joey, Téa y Tristán toman un tren para ir en busca de Yugi; sin embargo, son separados por Weevil y Rex quienes planean tomar las almas de Yami Yugi y Joey. Un Duelo entre Rex y Joey da inicio al mismo tiempo que da inicio un Duelo entre Weevil y Yami Yugi. Las cosas se complican más cuando Rex y Weevil usan "El Sello de Oricalcos".

Frustrados por haber perdido la fama y el reconocimiento como grandes Duelistas, Weevil y Rex tratan de derrotar a Yami Yugi y Joey y arrebatar sus almas, con la ayuda de "El Sello de Oricalcos". Por su parte, Joey trata de recuperarse en el Duelo Invocando a su "Dragón Negro de Ojos Rojos", pero para Yami Yugi el Duelo se complica cada vez más.

Fusionando a "Hermos" y "Dragón Negro de Ojos Rojos" para crear "Espada del Dragón Negro de Ojos Rojos" junto a "Gearfried el Maestro de la Espada", Joey logra derrotar a Rex, prometiendo recuperar su alma junto a la de Yugi. Yami Yugi intenta usar a "Timaeus" pero, debido a lo ocurrido en el anterior Duelo con Rafael, el Dragón abandona a Yami Yugi. A pesar de esto, Yami Yugi encuentra la forma de derrotar a Weevil, quien también pierde su alma; sin embargo, el tren en el que viajaban Yami Yugi y Téa cae por un peñasco.

Aknadin debilita a "Slifer" y Bakura lo derrota, por lo que le que el faraón se debilita mucho. Repentinamente, Yugi aparece y el faraòn se recupera; entonces Invoca a "El Dragón Alado de Ra" y lo transforma para derrotar al "Diabound" de Bakura; el tiempo empieza a retroceder y Bakura destruye de nuevo a "Slifer", luego le quita el Puzzle Milenario. Aknadin organiza batallas entre los prisioneros y se lleva a Kisara y la obliga a pelear.

Yugi y sus amigos se dirigen a buscar el nombre del faraón en el palacio. Tristán es manipulado por Bakura. Aknadin les quita los Objetos a todos para poder revivir a Zorc. Yami Yugi despierta en medio de un Juego de las Sombras con Bakura en el cual el campo es el Antiguo Egipto. Bakura usa sus relojes de arena para controlar el tiempo. Aknadin se transforma en el Mago de las Tinieblas. Bakura utiliza de nuevo los relojes de arena para revivir a Zorc. Aknadin les dice que Seto debe ser el nuevo rey y cuando iba a atacar al faraón pero Hassan lo protege y desvía la oscuridad. Bakura dice que si el indicador de vida en el Disco de Duelo se termina, todos pierden sus almas en el Reino de las Sombras.

Bakura logra revivir a Zorc y está a punto de ganar el Juego de Sombras. Hassan se dispone a defender a los guardianes pero es derrotado por Zorc. El Duelo entre Yugi y Bakura empieza. Así mismo, el juego que controla el destino del mundo empieza a cambiar. Bakura libera el ataque de Zorc destruyendo el mundo.

Yugi y sus amigos llegan a ayudar al faraón, Yugi Invoca a Mahad como el "Mago Oscuro" y Mana a la "Chica Maga Oscura" pero son vencidos; Yugi, Téa, Joey y Tristán se concentran para lograr recordar el nombre del faraón y cuando Zorc se disponía a atacarlos Kaiba aparece y los salva. El faraón revela que su nombre es Atem y logra invocar la luz de "Slifer", "Obelisk" y "Ra"; cuando combina su poder logra vencer a Zorc. Atem decide que Seto debe ser el nuevo rey y le entrega el Puzlle Milenario antes de marcharse en compañía de Yugi, Joey, Téa, Tristán y Kaiba.