Stany Zjednoczone, rok 2045. Grupa najemników, w tym żółtodziób Stan, pod wodzą pani major broni ogrodzonego miasta przed przestępcami. Togusa otrzymuje telefon.

Duch zostaje zaatakowany za pomocą zaawansowanych technologicznie dronów. Togusa przyjmuje nową misję od pokojowo nastawionego premiera Japonii.

Togusa zagłębia się w cyberprzestrzeń w poszukiwaniu swoich dawnych towarzyszy. W międzyczasie zespół zostaje zatrzymany przez tajemniczą amerykańską organizację.

Dowiadując się coraz więcej na temat Johna Smitha i zniknięcia zespołu, Togusa podejmuje skalkulowane ryzyko. Członkowie grupy Duch kwestionują charakter swojej misji.

Aramaki ściga się z czasem w pogoni za Kusanagi. Grupa Duch rozpoczyna misję, ale cybernetyczne siły bezpieczeństwa Huge’a wymuszają na nich zmianę planów.

Po zjednoczeniu Sekcji Dziewiątej Kusanagi i jej współpracownicy dowiadują się o istnieniu dotychczas nieznanego zagrożenia, jakim są postludzie.

Po sześcioletniej nieobecności w kraju Batou powraca do Japonii i postanawia spokojnie poczekać na członków swojego zespołu. Jednak napad na bank krzyżuje jego plany.

Pani major i Smith spierają się o nową misję Sekcji Dziewiątej. Major rozkazuje Togusie wszcząć śledztwo w sprawie potencjalnego szpiega w otoczeniu premiera.

Sekcja Dziewiąta ma kolejne problemy: jeden z trzech przebywających w Japonii postludzi morduje kilku polityków, po czym obiera sobie za cel teścia premiera.

Sekcja Dziewiąta prowadzi śledztwo w sprawie potencjalnie postludzkiego hakera, który podżega do przemocy przez sieć. Trop prowadzi do pewnego licealisty.

W trakcie analizy danych skonfiskowanych od Shimamury Togusa doznaje czegoś dziwnego. Po przebudzeniu wyrusza wraz z Batou na śledztwo.