EUA, 2045. A Major e sua equipe, incluindo o novato Stan, trabalham como mercenários e defendem uma cidade contra criminosos. Togusa recebe uma ligação.

Armados por um homem misterioso, inimigos atacam o Ghost com drones dotados de inteligência artificial. Togusa aceita uma missão para restabelecer a paz.

Togusa tenta encontrar sua antiga equipe no ciberespaço. Os membros do grupo são raptados por uma misteriosa organização americana que deseja contratá-los.

Togusa assume um risco calculado ao investigar John Smith e o desaparecimento da equipe. Os membros do Ghost questionam o verdadeiro objetivo da missão.

Em uma corrida contra o tempo, Aramaki vai atrás de Kusanagi. Os membros do Ghost dão início à missão, mas a segurança cibernética de Huge provoca uma mudança de planos.

Após um encontro da Seção 9, Kusanagi e seus colegas descobrem a existência de pós-humanos, uma ameaça à humanidade antes desconhecida.

De volta ao Japão depois de seis anos, Batou decide descansar enquanto aguarda a chegada da equipe. Mas um assalto a banco interrompe a diversão.

A Major e Smith discutem sobre a nova missão da Seção 9 para capturar pós-humanos. Togusa precisa investigar um suposto espião próximo do primeiro-ministro.

Um pós-humano mata vários políticos no Japão e gera problemas para a Seção 9. O próximo alvo é o sogro do primeiro-ministro.

A Seção 9 investiga um possível hacker pós-humano que usa a internet para incitar ataques físicos às pessoas, e as pistas levam a um jovem estudante.

Togusa passa por uma situação estranha ao analisar os dados de Shimamura. Ele e Batou saem para investigar.