Stany Zjednoczone, rok 2045. Grupa najemników, w tym żółtodziób Stan, pod wodzą pani major broni ogrodzonego miasta przed przestępcami. Togusa otrzymuje telefon.

Togusa zagłębia się w cyberprzestrzeń w poszukiwaniu swoich dawnych towarzyszy. W międzyczasie zespół zostaje zatrzymany przez tajemniczą amerykańską organizację.

Dowiadując się coraz więcej na temat Johna Smitha i zniknięcia zespołu, Togusa podejmuje skalkulowane ryzyko. Członkowie grupy Duch kwestionują charakter swojej misji.

Aramaki ściga się z czasem w pogoni za Kusanagi. Grupa Duch rozpoczyna misję, ale cybernetyczne siły bezpieczeństwa Huge’a wymuszają na nich zmianę planów.

Po zjednoczeniu Sekcji Dziewiątej Kusanagi i jej współpracownicy dowiadują się o istnieniu dotychczas nieznanego zagrożenia, jakim są postludzie.

Po sześcioletniej nieobecności w kraju Batou powraca do Japonii i postanawia spokojnie poczekać na członków swojego zespołu. Jednak napad na bank krzyżuje jego plany.

Pani major i Smith spierają się o nową misję Sekcji Dziewiątej. Major rozkazuje Togusie wszcząć śledztwo w sprawie potencjalnego szpiega w otoczeniu premiera.

Sekcja Dziewiąta ma kolejne problemy: jeden z trzech przebywających w Japonii postludzi morduje kilku polityków, po czym obiera sobie za cel teścia premiera.

Sekcja Dziewiąta prowadzi śledztwo w sprawie potencjalnie postludzkiego hakera, który podżega do przemocy przez sieć. Trop prowadzi do pewnego licealisty.

Pani major i Togusa szukają informacji na temat Takashiego Shimamury, postludzkiego ucznia gimnazjum. Tymczasem Purin pomaga w analizie programu PolMy.

W trakcie analizy danych skonfiskowanych od Shimamury Togusa doznaje czegoś dziwnego. Po przebudzeniu wyrusza wraz z Batou na śledztwo.