ปี 2045 ที่จักรวรรดิอเมริกา กลุ่มทหารรับจ้างของผู้พันและทีมที่มีน้องใหม่ชื่อสแตนต้องไปทำภารกิจคุ้มกันเมืองจากพวกนอกกฎหมาย ขณะเดียวกัน โทกุสะก็ได้รับสายจากใครคนหนึ่ง

กลุ่มโนแม้ดที่มี "เศรษฐีใจบุญ" หนุนหลังใช้โดรนเอไอบุกโจมตีเซ็คชั่น 9 ส่วนโทกุสะยอมรับภารกิจใหม่จากนายกรัฐมนตรีญี่ปุ่นผู้แสวงหาหนทางสร้างสันติภาพ

โทกุสะเข้าไปในโลกไซเบอร์เพื่อตามรอยอดีตเพื่อนร่วมทีมของเขา ทว่าทั้งกลุ่มถูกองค์กรลึกลับของอเมริกาที่ต้องการจะจ้างพวกเขาคุมตัวไว้

โทกุสะยอมรับความเสี่ยงที่คาดว่าจะเกิดระหว่างสืบเรื่องลูกทีมที่หายตัวไปและจอห์น สมิธ ฝ่ายสมาชิกโกสต์เริ่มกังขาเรื่องภารกิจที่ทำ

ภายหลังเซ็คชั่น 9 ได้กลับมารวมตัวกัน คุซานางิและเพื่อนร่วมหน่วยก็ได้รู้เรื่อง "พวกเหนือมนุษย์" ซึ่งเป็นภัยปริศนาที่คุกคามมนุษยชาติ

หลังผ่านไปหกปีที่ญี่ปุ่น บาทูตัดสินใจหยุดพักผ่อนระหว่างรอทีมที่เดินทางมาล่าช้า แต่แล้วโจรปล้นธนาคารมือใหม่ก็มาขัดอารมณ์

ผู้พันไม่ลงรอยกับสมิธเรื่องภารกิจใหม่ของเซ็คชั่น 9 ที่ให้ไล่ล่าพวกเหนือมนุษย์ เธอสั่งให้โทกุสะไปสืบเรื่องสายลับต้องสงสัยที่อาจอยู่ใกล้ตัวนายกรัฐมนตรี

เซ็คชั่น 9 เจอปัญหาหลังพวกเหนือมนุษย์หนึ่งในสามคนที่ญี่ปุ่นสังหารนักการเมืองไปหลายคน และคิดจะฆ่าพ่อตาของนายกรัฐมนตรีเป็นรายต่อไป

เซ็คชั่น 9 สืบเรื่องบุคคลที่อาจเป็นแฮกเกอร์เหนือมนุษย์ที่ใช้ระบบบางอย่างทำร้ายคน ก่อนที่เบาะแสจะสาวไปถึงตัวนักเรียนมัธยมคนหนึ่ง

พุดดิ้งช่วยวิเคราะห์ระบบตำรวจศีลธรรมระหว่างที่ผู้พันและโทกุสะสืบหาเบาะแสเรื่องนักเรียนมัธยมเหนือมนุษย์ชื่อทาคาชิ ชิมามูระ

โทกุสะเจอเหตุการณ์ประหลาดระหว่างวิเคราะห์ข้อมูลที่ยึดมาจากชิมามูระ หลังตื่นขึ้นมาแล้ว เขากับบาทูก็ออกไปสืบหาความจริงต่อ