Membros da Secção 9 procuram um homem chamado Philip Kukushkin, um cidadão russo que parece estar amplamente informado sobre a criação dos pós-humanos.

Uma unidade de forças especiais norte-americana junta-se à equipa da Secção 9 para enfrentar uma implacável pós-humana chamada Suzuka Mizukane.

A Secção 9 obtém informações de Kukushkin que levam a uma chocante descoberta sobre um programa de inteligência artificial desenvolvido pelo governo norte-americano.

Receosa de que Purin possa ser uma espia dos norte-americanos, a major incumbe uma equipa de Tachikoma de investigar o passado oculto da jovem.

Togusa apercebe-se finalmente de que tem estado preso nas suas próprias memórias e, de repente, dá por si na Tóquio devastada de 2045.

Após receberem notícias de Togusa, Batou e os outros rumam a Tóquio. Em Fukuoka, a major fica a saber que uma pós-humana capturou um submarino nuclear.

De volta à vida num corpo de ciborgue, Purin tenta apanhar boleia até Tóquio. As forças especiais norte-americanas enfrentam a ira de Mizukane.

Standard faz o ponto da situação sobre a crise dos pós-humanos com Batou e o grupo. A major e Purin juntam-se ao resto da equipa em Tóquio.

A Secção 9 aponta baterias a Mizukane e Takashi Shimamura para conseguir recuperar o controlo do submarino nuclear sequestrado.

Shimamura acorda e toma uma medida desesperada que coloca Kusanagi e a sua equipa numa situação impossível.

Kusanagi e a equipa fazem tudo ao seu alcance para impedir os Estados Unidos de levar a cabo o seu plano draconiano para pôr fim ao braço-de-ferro nuclear com os N.