Mitglieder der Sektion 9 spüren einen Russen namens Philip Kukushkin auf, der über die Schaffung von Post-Humans gut Bescheid zu wissen scheint.

Eine US-Sondereinheit verbündet sich im Kampf gegen eine unnachgiebige Post-Human namens Suzuka Mizukane mit der Sektion 9.

Das Team von Sektion 9 extrahiert Informationen von Kukushkin und erhält schockierende Informationen über ein von der US-Regierung entwickeltes KI-Programm.

Der Major schöpft den Verdacht, Purin könnte für die Amerikaner spionieren, und beauftragt ein Tachikoma-Team, ihre Vergangenheit unter die Lupe zu nehmen.

Togusa erkennt endlich, dass er in seinen eigenen Erinnerungen gefangen ist, und befindet sich plötzlich in einem zerstörten Tokio des Jahres 2045.

Von Togusa informiert, machen sich Batou und die anderen auf den Weg nach Tokio. In Fukuoka erfährt der Major, dass ein Post-Human ein Atom-U-Boot gekapert hat.

Purin wird als Voll-Cyborg wiedererweckt und versucht, per Anhalter nach Tokio zu kommen. Mizukane lässt seine Wut an US-Kommandotruppen aus.

Um das entführte Atom-U-Boot wieder unter Kontrolle zu bringen, nimmt das Team von Sektion 9 Mizukane und Takashi Shimamura ins Visier.

Shimamura erwacht und bringt durch eine verzweifelte Handlung Kusanagi und ihre Leute in eine unmögliche Lage.

Kusanagi und ihr Team lassen nichts unversucht, um zu verhindern, dass die USA ihren drakonischen Plan zum Ende der nuklearen Pattsituation mit N umsetzt.

Das Team von Sektion 9 beginnt wieder mit dem normalen Leben, als wäre nichts geschehen. Nur Kusanagi findet das seltsam.