Los integrantes de la Sección 9 buscan a Philip Kukushkin, un hombre que trabajaba en el servicio de inteligencia ruso y parece saber sobre la creación de los poshumanos.

Una unidad estadounidense de operaciones especiales se une al equipo de la Sección 9 en su lucha contra una implacable poshumana llamada Suzuka Mizukane.

Mientras intentan obtener información de Kukushkin, los miembros de la Sección 9 descubren algo impactante sobre el programa de IA del gobierno de EE. UU.

Preocupado por la posibilidad de que la Sección 9 sea desmantelada, un grupo de Tachikomas decide lanzarse a investigar el pasado oculto de Purin.

Togusa se da cuenta de que ha estado atrapado en sus propios recuerdos y, de repente, se encuentra en medio de un Tokio devastado en el año 2045.

Tras recibir noticias de Togusa, Batou y los demás se dirigen a Tokio. En Fukuoka, la mayor se entera de que una poshumana ha secuestrado un submarino nuclear.

Tras resucitar en un cuerpo completamente prostético, Purin intenta llegar a Tokio. Las fuerzas especiales de EE. UU. se enfrentan a la ira de Mizukane.

Para recuperar el control del submarino nuclear secuestrado, los miembros de la Sección 9 intentan capturar a Mizukane y a Takashi Shimamura.

Shimamura despierta y comunica las medidas extremas que piensa tomar, que dejan a Kusanagi y a su gente en una compleja situación.

Kusanagi y su equipo hacen todo lo que está a su alcance para evitar que EE. UU. implemente su plan draconiano de finalizar el enfrentamiento nuclear con los N.

Los integrantes de la Sección 9 vuelven a sus vidas normales como si nada hubiera pasado, algo que solo a Kusanagi le resulta extraño.