Estados Unidos, 2045. La mayor y su equipo, incluido el novato Stan, trabajan como mercenarios y defienden Ciudad Cerrada ante los criminales. Togusa recibe una llamada.

GHOST es víctima de un ataque con drones inteligentes de un generoso patrocinador. Togusa acepta una nueva misión del pacifista primer ministro japonés.

Mientras Togusa rastrea en el ciberespacio a sus ex compañeros de equipo, una misteriosa organización estadounidense quiere contratar al grupo.

Mientras investiga la desaparición del equipo y a John Smith, Togusa hace una jugada arriesgada. Los miembros de GHOST cuestionan la verdadera naturaleza de su misión.

Aramaki sale en busca de Kusanagi, y el tiempo se agota. Los miembros de GHOST inician la misión, pero la seguridad cibernética de Huge los obliga a cambiar los planes.

Tras la reunión de la Sección 9, Kusanagi y el equipo se enteran de la existencia de los “poshumanos”, una amenaza desconocida para la humanidad hasta el momento.

De vuelta en Japón luego de seis años, Batou decide descansar mientras espera a su equipo, hasta que unos ladrones de banco principiantes interrumpen la diversión.

La mayor y Smith se enfrentan a causa de la nueva misión de la Sección 9. Kusanagi ordena a Togusa investigar a un posible espía cercano al primer ministro.

Los problemas crecen para la Sección 9 luego de que uno de los tres poshumanos de Japón asesina a varios políticos y pone en la mira al suegro del primer ministro.

La Sección 9 investiga a un posible hacker poshumano que usa la red para alentar ataques a personas. Las pistas conducen a un adolescente.

Purin ayuda a analizar el sistema Think Pol mientras la mayor y Togusa buscan pistas del estudiante poshumano llamado Takashi Shimamura.

Togusa vive un extraño episodio mientras analiza los datos confiscados a Shimamura. Al despertar, él y Batou se lanzan a investigar.

Los integrantes de la Sección 9 buscan a Philip Kukushkin, un hombre que trabajaba en el servicio de inteligencia ruso y parece saber sobre la creación de los poshumanos.

Una unidad estadounidense de operaciones especiales se une al equipo de la Sección 9 en su lucha contra una implacable poshumana llamada Suzuka Mizukane.

Mientras intentan obtener información de Kukushkin, los miembros de la Sección 9 descubren algo impactante sobre el programa de IA del gobierno de EE. UU.

Preocupado por la posibilidad de que la Sección 9 sea desmantelada, un grupo de Tachikomas decide lanzarse a investigar el pasado oculto de Purin.

Togusa se da cuenta de que ha estado atrapado en sus propios recuerdos y, de repente, se encuentra en medio de un Tokio devastado en el año 2045.

Tras recibir noticias de Togusa, Batou y los demás se dirigen a Tokio. En Fukuoka, la mayor se entera de que una poshumana ha secuestrado un submarino nuclear.

Tras resucitar en un cuerpo completamente prostético, Purin intenta llegar a Tokio. Las fuerzas especiales de EE. UU. se enfrentan a la ira de Mizukane.

Standard les cuenta a Batou y a los demás lo que sabe sobre la situación de los poshumanos. La mayor y Purin se unen al resto del equipo en Tokio.

Para recuperar el control del submarino nuclear secuestrado, los miembros de la Sección 9 intentan capturar a Mizukane y a Takashi Shimamura.

Shimamura despierta y comunica las medidas extremas que piensa tomar, que dejan a Kusanagi y a su gente en una compleja situación.

Kusanagi y su equipo hacen todo lo que está a su alcance para evitar que EE. UU. implemente su plan draconiano de finalizar el enfrentamiento nuclear con los N.

Los integrantes de la Sección 9 vuelven a sus vidas normales como si nada hubiera pasado, algo que solo a Kusanagi le resulta extraño.