Kusanagi und ihr Team verteidigen in den USA des Jahres 2045 als Söldner die Stadt Gated Town vor Gesetzlosen. Togusa erhält einen Anruf.

GHOST wird mit KI-Drohnen angegriffen. Ein großzügiger Waffensponsor macht's möglich. Togusa nimmt einen Auftrag des friedliebenden japanischen Premierministers an.

Togusa sucht im Cyberspace nach seinen einstigen Teamkollegen. Die Gruppe gerät in die Fänge einer mysteriösen amerikanischen Organisation, die das Team rekrutieren will.

Bei seinen Recherchen zu John Smith und dem Verschwinden des Teams wagt Togusa ein kalkuliertes Risiko. Die GHOST-Mitglieder hinterfragen die wahre Natur ihrer Mission.

Aramaki jagt Kusanagi hinterher, doch es ist ein Rennen gegen die Zeit. GHOST muss wegen des kybernetischen Sicherheitssystems von Huge eine Planänderung vornehmen.

Nach dem Wiedersehen der Sektion 9 erfahren Kusanagi und ihre Kollegen von den Post-Humans, einer bisher unbekannten Bedrohung für die Menschheit.

Batou ist nach sechs Jahren wieder in Japan und beschließt, während des Wartens auf sein Team eine Pause einzulegen. Doch dann verderben ihm Amateur-Bankräuber den Spaß.

Kusanagi und Smith geraten wegen der Jagd von Sektion 9 auf Post-Humans aneinander. Sie beauftragt Togusa mit Recherchen über einen Spion im Umfeld des Premiers.

Sektion 9 hat nach dem Mord mehrerer Politiker mit Problemen zu kämpfen. Auch der Schwiegervater des Premierministers befindet sich auf der Abschussliste.

Sektion 9 nimmt einen vermeintlichen Post-Human-Hacker unter die Lupe, der mithilfe des Internets Angriffe auf Menschen anzettelt. Die Spur führt zu einem Schüler.

Pudding hilft bei einer Analyse des Thinkpol-Programmes. Major Kusanagi und Togusa suchen indes nach Hinweisen über den Post-Human-Schüler Takashi Shimamura.

Togusa hat bei der Analyse der Daten, die von Shimamura konfisziert wurden, ein kurioses Erlebnis. Als er aufwacht, macht er sich mit Batou an die Ermittlungen.

Mitglieder der Sektion 9 spüren einen Russen namens Philip Kukushkin auf, der über die Schaffung von Post-Humans gut Bescheid zu wissen scheint.

Eine US-Sondereinheit verbündet sich im Kampf gegen eine unnachgiebige Post-Human namens Suzuka Mizukane mit der Sektion 9.

Das Team von Sektion 9 extrahiert Informationen von Kukushkin und erhält schockierende Informationen über ein von der US-Regierung entwickeltes KI-Programm.

Der Major schöpft den Verdacht, Purin könnte für die Amerikaner spionieren, und beauftragt ein Tachikoma-Team, ihre Vergangenheit unter die Lupe zu nehmen.

Togusa erkennt endlich, dass er in seinen eigenen Erinnerungen gefangen ist, und befindet sich plötzlich in einem zerstörten Tokio des Jahres 2045.

Von Togusa informiert, machen sich Batou und die anderen auf den Weg nach Tokio. In Fukuoka erfährt der Major, dass ein Post-Human ein Atom-U-Boot gekapert hat.

Purin wird als Voll-Cyborg wiedererweckt und versucht, per Anhalter nach Tokio zu kommen. Mizukane lässt seine Wut an US-Kommandotruppen aus.

Batou und die Gruppe werden von Standard über die Post-Human-Situation informiert. Der Major und Purin stoßen in Tokio zum Rest des Teams.

Um das entführte Atom-U-Boot wieder unter Kontrolle zu bringen, nimmt das Team von Sektion 9 Mizukane und Takashi Shimamura ins Visier.

Shimamura erwacht und bringt durch eine verzweifelte Handlung Kusanagi und ihre Leute in eine unmögliche Lage.

Kusanagi und ihr Team lassen nichts unversucht, um zu verhindern, dass die USA ihren drakonischen Plan zum Ende der nuklearen Pattsituation mit N umsetzt.

Das Team von Sektion 9 beginnt wieder mit dem normalen Leben, als wäre nichts geschehen. Nur Kusanagi findet das seltsam.