2045年の米国。よう兵となった少佐率いる部隊は新人のスタンを迎え、GATED TOWNの襲撃を企む無法者の掃討作戦を開始。トグサは、思わぬ連絡を受ける。

レイディストは"親切な金持ち"と呼ばれるパトロンから提供されたAIドローンを使い、少佐たちを攻撃。トグサは、総理大臣が要望する任務を引き受ける。

ダークウェブに入り、かつての仲間たちの行方を追うトグサ。少佐たちは謎の組織に拘束されるも仕事を持ち掛けられ、大きな策謀に巻き込まれてゆく。

消えた仲間たちとジョン・スミスについて調べるトグサは、危険を覚悟で次なる一手を打つ。GHOST(ゴースト)の面々は、任務の本当の意図に疑問を抱く。

大至急で少佐たちのもとへ向かう荒巻。GHOSTは任務を開始するが、パトリック・ヒュージ邸の厳重な警備と予想外の事態を前に作戦変更を強いられる。

ついに再会を果たした元公安9課のメンバーたち。少佐たちは、人類にとって新たな脅威である"ポスト・ヒューマン"の驚くべき実態について知らされる。

6年ぶりに日本へ戻ったバトーは、仲間と合流を果たす前に束の間の休息を楽しむことに。だが、バトーは、素人丸出しの銀行強盗に巻き込まれてしまう。

ポスト・ヒューマンに関する新生公安9課の任務を巡り、意見を衝突させる少佐とスミス。少佐は、総理官邸内の内通者を洗い出すようトグサに命じる。

日本に潜伏するポスト・ヒューマンの1人が、不正を働く政治家や役人を撲殺。公安9課は身柄の確保を急ぐが、総理の義父が新たな標的となってしまう。

公安9課は、ポスト・ヒューマンのハッカーが人々を扇動したと思しきネットリンチ事件を調査。すると、ある少年の存在が捜査線上に浮かび上がる。

プリンは、ポスト・ヒューマンの中学生、シマムラ・タカシが作ったプログラム"シンクポル"の解析に協力。少佐とトグサは、タカシの手掛かりを探す。

トグサは、シマムラ・タカシの実家から押収したデータの解析中に異変に襲われ、意識を失う。目を覚ましたトグサは、バトーと捜査に向かうのだが...。

ポスト・ヒューマン発生の謎を解く鍵になりうるロシア人、フィリップ・ククーシキン。公安9課は、ククーシキンの身柄を押さえようとするのだが...。

少佐たちはポスト・ヒューマンのミズカネ・スズカの襲撃を受け、激しい戦闘が勃発。そこにアメリカの特殊作戦軍が参戦し、事態は混迷を極めてゆく。

ククーシキンが握っていた情報から発覚する、衝撃の真実。すべての元凶となったAIプログラムは、アメリカが自国の利益のために作り出したものだった。

プリンにアメリカの工作員だった疑いがかけられ、少佐はタチコマたちを使ってプリンの過去を探る。やがて明らかになったのは、驚くべき事実だった。

トグサが気付くと、そこは自分の記憶の中だった。過去の記憶の中をさまよううちに、トグサは突如として2045年の荒廃した東京で目を覚ます。

トグサからの連絡を受け、東京へ向かうバトーたち。福岡に残った少佐は、ポスト・ヒューマンがアメリカの原子力潜水艦を奪ったことを知らされる。

プリンは全身義体のアンドロイドとなり、ヒッチハイクで東京を目指す。同じ頃、アメリカの特殊部隊がミズカネを襲撃するが、返り討ちにあってしまう。

スタンダードからポスト・ヒューマンに関する情報を提供してもらうバトーたち。少佐がバトーたちに合流を果たす一方で、プリンもまた東京に到着する。

奪われた原潜のコントロールを取り戻すには、ミズカネかシマムラを確保するしかない。公安9課は、ポスト・ヒューマンを捕らえるべく行動を開始する。

眠っていたシマムラは目を覚まし、思いもよらない宣言をする。想定外の事態に、少佐と公安9課の面々は難しい選択を強いられてゆく。

核ミサイル発射の権限を持った"N"の脅威を排除するため、アメリカは非情な作戦を展開。少佐たちは、この暴挙を何としても食い止めようとする。

まるで何事もなかったかのように、公安9課は平穏な日々を過ごしていた。だが、ただ1人、少佐だけはこの状態に違和感を抱き、真相を探り始める。