Stany Zjednoczone, rok 2045. Grupa najemników, w tym żółtodziób Stan, pod wodzą pani major broni ogrodzonego miasta przed przestępcami. Togusa otrzymuje telefon.

Duch zostaje zaatakowany za pomocą zaawansowanych technologicznie dronów. Togusa przyjmuje nową misję od pokojowo nastawionego premiera Japonii.

Togusa zagłębia się w cyberprzestrzeń w poszukiwaniu swoich dawnych towarzyszy. W międzyczasie zespół zostaje zatrzymany przez tajemniczą amerykańską organizację.

Dowiadując się coraz więcej na temat Johna Smitha i zniknięcia zespołu, Togusa podejmuje skalkulowane ryzyko. Członkowie grupy Duch kwestionują charakter swojej misji.

Aramaki ściga się z czasem w pogoni za Kusanagi. Grupa Duch rozpoczyna misję, ale cybernetyczne siły bezpieczeństwa Huge’a wymuszają na nich zmianę planów.

Po zjednoczeniu Sekcji Dziewiątej Kusanagi i jej współpracownicy dowiadują się o istnieniu dotychczas nieznanego zagrożenia, jakim są postludzie.

Po sześcioletniej nieobecności w kraju Batou powraca do Japonii i postanawia spokojnie poczekać na członków swojego zespołu. Jednak napad na bank krzyżuje jego plany.

Pani major i Smith spierają się o nową misję Sekcji Dziewiątej. Major rozkazuje Togusie wszcząć śledztwo w sprawie potencjalnego szpiega w otoczeniu premiera.

Sekcja Dziewiąta ma kolejne problemy: jeden z trzech przebywających w Japonii postludzi morduje kilku polityków, po czym obiera sobie za cel teścia premiera.

Sekcja Dziewiąta prowadzi śledztwo w sprawie potencjalnie postludzkiego hakera, który podżega do przemocy przez sieć. Trop prowadzi do pewnego licealisty.

Pani major i Togusa szukają informacji na temat Takashiego Shimamury, postludzkiego ucznia gimnazjum. Tymczasem Purin pomaga w analizie programu PolMy.

W trakcie analizy danych skonfiskowanych od Shimamury Togusa doznaje czegoś dziwnego. Po przebudzeniu wyrusza wraz z Batou na śledztwo.

Członkowie Sekcji 9 szukają Rosjanina, który wydaje się dysponować bogatą wiedzą na temat stworzenia postludzi.

Amerykański oddział specjalny dołącza do Sekcji 9 w walce z nieustępliwą przedstawicielką postludzi — Suzuką Mizukane.

Podczas wydobywania informacji z Rosjanina ekipa Sekcji 9 dowiaduje się szokujących rzeczy na temat programu sztucznej inteligencji opracowywanego przez rząd USA.

Major podejrzewa, że Purin może szpiegować dla Amerykanów, więc zleca robotom Tachikoma zbadanie jej nieznanej przeszłości.

Togusa wreszcie zdaje sobie sprawę, że był więźniem własnych wspomnień — i nagle trafia do zrujnowanego Tokio roku 2045.

Batou i pozostali udają się do Tokio, żeby sprawdzić, co dzieje się z Togusą. W Fukuoce Major dowiaduje się, że jakiś postczłowiek przejął nuklearną łódź podwodną.

Purin budzi się w całkowicie protetycznym ciele i próbuje dostać się autostopem do Tokio. Amerykański oddział ma okazję posmakować gniewu Mizukane.

Standard informuje Batou i innych o planach postludzi. Major i Purin dołączają do reszty ekipy w Tokio.

Sekcja 9 bierze na cel Mizukane i Takashiego Shimamurę, żeby odzyskać kontrolę nad nuklearną łodzią podwodną.

Shimamura budzi się i wykonuje desperacki ruch, przez co Kusanagi i jej ekipa znajdują się w sytuacji bez wyjścia.

Kusanagi i jej ludzie chcą za wszelką cenę powstrzymać Amerykanów przed zrealizowaniem ich okrutnego planu mającego zakończyć patową sytuację z „N”.

Członkowie Sekcji 9 zaczynają żyć, jakby wszystkie niedawne wydarzenia nie miały nigdy miejsca — Kusanagi jako jedyna jest tym zdziwiona.