EUA, 2045. A Major e a sua equipa de mercenários, que inclui o novato Stan, defendem uma comunidade isolada de um grupo de fora da lei. Togusa recebe uma chamada.

Armados por um patrono generoso, os salteadores atacam os GHOST com drones inteligentes. Togusa aceita uma nova missão do pacifista primeiro-ministro japonês.

Enquanto Togusa procura os seus anteriores companheiros no ciberespaço, os atuais são detidos por uma misteriosa organização americana que deseja recrutá-los.

Togusa corre um risco calculado enquanto investiga o desaparecimento da equipa e John Smith. Os GHOST questionam a verdadeira natureza da sua missão.

Aramaki parte numa corrida contra o tempo no encalço de Kusanagi. Os GHOST começam a missão, mas as forças de segurança cibernéticas de Huge forçam-nos a mudar de plano.

Após a reunião da Secção 9, Kusanagi e os seus colegas são inteirados acerca dos "pós-humanos", uma até aqui desconhecida ameaça à humanidade.

De regresso ao Japão após seis anos, Batou decide relaxar enquanto espera pela equipa atrasada, mas um assalto amador a um banco estraga-lhe os planos.

A nova missão da Secção 9 de caçar pós-humanos causa um diferendo entre Smith e a Major, e esta manda Togusa investigar um possível espião na casa do primeiro-ministro.

A situação complica-se para a Secção 9 quando um dos três pós-humanos no Japão assassina vários políticos. E o sogro do primeiro-ministro é o próximo alvo.

A Secção 9 investiga um possível hacker pós-humano que usa a internet para instigar ataques a pessoas. O rasto condu-los a um estudante universitário.

Pudding ajuda a analisar o programa Think Pol, enquanto a Major e Togusa procuram pistas do jovem estudante Takashi Shimamura.

Togusa sofre um estranho incidente enquanto analisa os dados confiscados de Shimamura. Assim que acorda, ele e Batou vão investigar.

Membros da Secção 9 procuram um homem chamado Philip Kukushkin, um cidadão russo que parece estar amplamente informado sobre a criação dos pós-humanos.

Uma unidade de forças especiais norte-americana junta-se à equipa da Secção 9 para enfrentar uma implacável pós-humana chamada Suzuka Mizukane.

A Secção 9 obtém informações de Kukushkin que levam a uma chocante descoberta sobre um programa de inteligência artificial desenvolvido pelo governo norte-americano.

Receosa de que Purin possa ser uma espia dos norte-americanos, a major incumbe uma equipa de Tachikoma de investigar o passado oculto da jovem.

Togusa apercebe-se finalmente de que tem estado preso nas suas próprias memórias e, de repente, dá por si na Tóquio devastada de 2045.

Após receberem notícias de Togusa, Batou e os outros rumam a Tóquio. Em Fukuoka, a major fica a saber que uma pós-humana capturou um submarino nuclear.

De volta à vida num corpo de ciborgue, Purin tenta apanhar boleia até Tóquio. As forças especiais norte-americanas enfrentam a ira de Mizukane.

Standard faz o ponto da situação sobre a crise dos pós-humanos com Batou e o grupo. A major e Purin juntam-se ao resto da equipa em Tóquio.

A Secção 9 aponta baterias a Mizukane e Takashi Shimamura para conseguir recuperar o controlo do submarino nuclear sequestrado.

Shimamura acorda e toma uma medida desesperada que coloca Kusanagi e a sua equipa numa situação impossível.

Kusanagi e a equipa fazem tudo ao seu alcance para impedir os Estados Unidos de levar a cabo o seu plano draconiano para pôr fim ao braço-de-ferro nuclear com os N.

Os elementos da Secção 9 regressam às suas vidas normais, como se nada se tivesse passado, e a única pessoa que encara a situação com estranheza é Kusanagi.