北海道・函館。小学六年生のハルカは、幼馴染のユウが母親に中学受験を強要されてストレスを感じていることが気になって仕方がない。そんなハルカを尻目に、友人たちの間では幽霊の目撃談が盛んになっていた。そんな中、ハルカとユウの前に、謎の男・カラスが現れる。巨大な“ウロボロスの環”とともに…。

カラスたちが探していた“龍のトルク”はハルカだった。ハルカを巡って諍いを起こすカラスとその仲間アトリ。そして、青い光とともにカラスとアトリはハルカの前から姿を消した。翌日、ユウは塾をさぼったことを母親に責められていた。精一杯の反抗心から、寝袋を背負って日の暮れはじめた函館山へ向かったユウは…。

家出したハルカとユウは、函館山のロープウェイでアトリに襲われる。二人を助けたのは、カラスだった。もはや、自分たち二人がただならぬ事態に巻き込まれていることを確信するハルカとユウだったが、親にも友達にも信用してもらえない。そして、ハルカは再び異変を感じるようになって…。

ラクリマ時空界に連れ去ろうとする竜騎兵たちからハルカを助けたのは、突如出現した龍の仮面の男“ノエイン”だった。彼もまたハルカのことを“龍のトルク”と呼んでいた。自分がカラスたちに狙われていると気付き、そのことに気をとられるハルカ。そんなハルカの親友のアイは、ハルカに対して苛立ちを感じていて…。

中学受験へ向けて、ユウは母親に部屋へ閉じ込められてしまう。そんなユウのことを心配するハルカと友人たち。一方、ラクリマ時空から転移してきたカラスたち竜騎兵は、ハルカを巡って対立を深めていく。彼らの戦いに巻き込まれてしまうハルカ。ユウはハルカの危険を感じるが、駆けつけたユウが目にしたものは…。

ハルカはカラスと共にラクリマ時空界へと転移してしまう。突然目の前から消えたハルカのことを心配するユウに、函館に起きる怪現象を調査してきた内田と郡山が接触する。一方、自由を奪われたハルカは何とか独房を抜け出し、異様な世界であるラクリマ時空界の正体を突き止めようと地上を目指すが…。

ラクリマ時空界が未来の世界であることを知り、ショックを受けるハルカ。一方、カラスや、アイが大人に成長した姿のアマミクは、“龍のトルク”として連れてこられたハルカが、自分の知るハルカとあまりに似ていることに驚きを隠せない。そんな時、敵対するシャングリラ時空界の遊撃艇がラクリマ時空界に侵攻してきた！

カラスと共にラクリマ時空界から自分の世界へ戻ってきたハルカ。ところが、函館ではハルカがいなくなってから3時間しか経っていなかった。そんな中、ハルカがカラスと一緒にいるところに出くわしたユウ。彼は進学のことで母と激しく対立し、ついに家を飛び出す。行くあてのないユウは、ハルカの家へ向かい…。

ユウの母・美有樹は、ハルカの家へユウを捜しに来る。美有樹は、優秀だった亡き姉の姿をユウに重ねて、有名中学の受験をさせようとしているようだ。ハルカは、ユウの手をとって美有樹と直接話をしようとする。しかし、姉に対する美有樹の強い想いが時空を歪め、彼女は過去の世界に消えてしまい…。

カラスが家にいることを隠していたハルカとユウだったが、アイやミホ、イサミたちに詰め寄られ、カラスのことがばれてしまう。アトリは、“龍のトルク”を消すための作戦として、ユウに襲いかかる。そのピンチを救ったのはフクロウ。そして、フクロウの目的はあくまでもハルカ――“龍のトルク”の捕獲にあった…。

東京に戻り、絶対臨界阻止委員会の会議に出席していた内田と郡山は、そこで足止めをくらっていた。内田はハルカの父親が、内田たちの調査しているマジックサークル計画のプロジェクトリーダーだったことに目をつける。一方、中学受験をして東京へ行くと決めたユウの態度にイサミは苛立ち、ユウと言い争うが…。

ハルカの心配をよそに、カラスとフクロウは死力を尽くした戦いを展開する。懸命にカラスの行方を捜すハルカに、ユウは冷たい態度をとってしまう。カラスとフクロウとの戦いは、ほぼ互角。ようやく彼らの戦いの場にたどりついたハルカは、親友だった二人の争いを止めようと叫ぶのだが…。

ハルカは、重傷を負ったカラスを懸命に助けようとする。カラスたちが倒れたのは自分のせいだと悔やむハルカ。ユウからの連絡を受けて倉庫へ向かっていたイサミ達は、その途中でトビとアトリに出会う。レイズを大量に補充できればカラスを助けられるかもしれない、とトビに告げられたハルカ達は…。

ハルカの家に居候することになったトビ達。ひさびさに明るいムードが漂う中、ユウだけはハルカとカラスの仲の良さにうかない顔。そんなユウにカラスは言う。「強くなれ」と…。一方、ハルカは、階段下に置いてある、今はもう使われていない古い電話のベルを聞く。受話器をとったハルカは、そこで意外な人物の声を聞く。

ハルカは久々に父の拓也と会う。拓也は三ヶ月に一度、ハルカに会いに函館に来ているのだ。拓也と一緒に、思い出の公園に出かけるハルカ。一方、量子ポテンシャルの歪みを数値化するべく函館山にきた内田と郡山は、そこでカラスとトビに接触する。高まる緊張の中、カラスに銃を向ける郡山。同じ頃、家に戻ったハルカは…。

次元の狭間から時空転位したハルカ。その時空はユウが家出しようとしていた頃の近似値の過去の時空。ハルカはその時空に同化しその時を過ごすが、起こる出来事が全て一度経験したことに気づく。しかもそれは少しだけ違っていた。この時空ではハルカの前にカラスは出現しないのであった。

母親に頼まれ、納戸の整理を手伝っていたユウは、そこで父の買った古いビデオカメラを見つける。ユウは次第にそのカメラに夢中になる。内田と郡山は、篠原のマジックサークル計画が絶対臨界計画阻止委員会のOKを待たずに進行していることに気付く。一方、ハルカの周囲にはシャングリラ人が出現するようになっていた。

自分は本当にこの世界に存在していたのだろうか？　仮面の男・ノエインの謎めいた言葉で不安におちいったハルカは、棚から一本の８ミリビデオのテープを見つける。その中には、幼い頃のハルカの姿が写っているはず。ムキになってビデオを見ようと奔走するハルカ。だがその時、函館市街にノエインと遊撃艇が現れる。

ハルカは、東京に住んでいた頃の同級生を街角で見かける。しかし、彼女はハルカのことを覚えていなかった。同じ頃、ラクリマ時空界では、クイナがある計画を実行に移そうとしていた。それは、ラクリマ時空そのものを重大な危機にさらすことと引き換えに、龍のトルクを確実に捕獲するための計画だった。

ハルカは再びラクリマの地へ・・・。だが、時空間の転移はハルカではなく、ユウの身に致命的な影響をもたらしてしまう。同じ頃、ハルカとユウを取り戻すためにカラスたちは時空の転移を行おうと力を合わせていた。その中には、コサギの姿もあった。ユウの危機を救うため、ハルカはある決意をする。

シャングリラ時空界から抜け出すことのできないハルカ、ユウ、カラスの三人。トビたちもハルカらの存在する時空を特定できずに焦っていた。焦燥感が高まる中、シャングリラ時空界へ乗り込むべく、意外な人物が名乗りを上げた……。

自分の持つ力で、何とかアイやミホたちをもとの世界へ戻そうと努めるハルカ。しかし、どういうわけか龍のトルクは発動しない。失意のハルカにノエインは語る。「未来には、無限の不幸しかない」と。それを信じようとしないハルカにノエインは、アイやミホ、イサミの“未来の時空”を見せる。その未来は・・・。

ノエインに連れ去られたハルカは、シャングリラの真実を聞かされ、時 空の統合の為に力を貸せと請われるが…。一方、ハルカをノエインから救うためシャングリラの要塞都市を目指すカラスとユウ。その目の前にノエインが二人を阻止するために送り出した遊撃艇が現れる。

ハルカを救うべくノエインと対峙するユウ、しかしハルカは既にノエインの元へ引き込まれ、同化を始めようとしていた。その時ユウは…。カラスは遊撃艇との戦いの中、徐々に体力を消費して行く。ユウが発するハルカの危機を感じつつも遊撃艇の攻撃から逃れられない。その時一つの影が飛来し、カラスの目の前に現れた…。