北海道・函館。小学六年生のハルカは、幼馴染のユウが母親に中学受験を強要されてストレスを感じていることが気になって仕方がない。そんなハルカを尻目に、友人たちの間では幽霊の目撃談が盛んになっていた。そんな中、ハルカとユウの前に、謎の男・カラスが現れる。巨大な“ウロボロスの環”とともに…。

カラスたちが探していた“龍のトルク”はハルカだった。ハルカを巡って諍いを起こすカラスとその仲間アトリ。そして、青い光とともにカラスとアトリはハルカの前から姿を消した。翌日、ユウは塾をさぼったことを母親に責められていた。精一杯の反抗心から、寝袋を背負って日の暮れはじめた函館山へ向かったユウは…。

次元の狭間から時空転位したハルカ。その時空はユウが家出しようとしていた頃の近似値の過去の時空。ハルカはその時空に同化しその時を過ごすが、起こる出来事が全て一度経験したことに気づく。しかもそれは少しだけ違っていた。この時空ではハルカの前にカラスは出現しないのであった。

ハルカを救うべくノエインと対峙するユウ、しかしハルカは既にノエインの元へ引き込まれ、同化を始めようとしていた。その時ユウは…。カラスは遊撃艇との戦いの中、徐々に体力を消費して行く。ユウが発するハルカの危機を感じつつも遊撃艇の攻撃から逃れられない。その時一つの影が飛来し、カラスの目の前に現れた…。