中学受験へ向けて、ユウは母親に部屋へ閉じ込められてしまう。そんなユウのことを心配するハルカと友人たち。一方、ラクリマ時空から転移してきたカラスたち竜騎兵は、ハルカを巡って対立を深めていく。彼らの戦いに巻き込まれてしまうハルカ。ユウはハルカの危険を感じるが、駆けつけたユウが目にしたものは…。

東京に戻り、絶対臨界阻止委員会の会議に出席していた内田と郡山は、そこで足止めをくらっていた。内田はハルカの父親が、内田たちの調査しているマジックサークル計画のプロジェクトリーダーだったことに目をつける。一方、中学受験をして東京へ行くと決めたユウの態度にイサミは苛立ち、ユウと言い争うが…。

ハルカは久々に父の拓也と会う。拓也は三ヶ月に一度、ハルカに会いに函館に来ているのだ。拓也と一緒に、思い出の公園に出かけるハルカ。一方、量子ポテンシャルの歪みを数値化するべく函館山にきた内田と郡山は、そこでカラスとトビに接触する。高まる緊張の中、カラスに銃を向ける郡山。同じ頃、家に戻ったハルカは…。

ハルカは、東京に住んでいた頃の同級生を街角で見かける。しかし、彼女はハルカのことを覚えていなかった。同じ頃、ラクリマ時空界では、クイナがある計画を実行に移そうとしていた。それは、ラクリマ時空そのものを重大な危機にさらすことと引き換えに、龍のトルクを確実に捕獲するための計画だった。

ノエインに連れ去られたハルカは、シャングリラの真実を聞かされ、時 空の統合の為に力を貸せと請われるが…。一方、ハルカをノエインから救うためシャングリラの要塞都市を目指すカラスとユウ。その目の前にノエインが二人を阻止するために送り出した遊撃艇が現れる。

ハルカを救うべくノエインと対峙するユウ、しかしハルカは既にノエインの元へ引き込まれ、同化を始めようとしていた。その時ユウは…。カラスは遊撃艇との戦いの中、徐々に体力を消費して行く。ユウが発するハルカの危機を感じつつも遊撃艇の攻撃から逃れられない。その時一つの影が飛来し、カラスの目の前に現れた…。