갑자기 칼데아 대사관에 찾아온 길가메시 때문에 당황하는 후지마루 일행. 그곳에서 직접 내려진 새로운 왕명은 페르시아 만을 조사하는 것이었다. 가는 길은 삼여신에게 습격 받지 않은 영역 세다가 멀린과 아나는 통행증이 없어서 참가하지 않았다. 즉 이번 여행은 오랜만에 찾아온 마슈와 둘만의 여정──일 터였는데. 하지만, 그곳에는 시를 한 수 읊고는 고개를 젓는 거만한 왕의 모습이…… 옛날이야기로 이야기꽃을 피우며 후지마루 일행의 여행은 점점 더 활기가 넘친다.

후지마루 일행은 연락이 끊어진 성채도시 니푸르에 남겨진 사람들을 구하기 위해 그곳에서 기다리고 있던 가짜 엘키두와 전투를 시작한다. 포우의 도움으로 어떻게든 균형을 유지하지만 전투중 드디어 마수의 여신이 출현한다. 그 강대한 힘에는 멀리 조차 대항할 수단이 없었다. 그러던 중 마수의 여신을 두려워하지 않고 맞서면서 대격투를 벌이는 우시와카마루와 레오니다스 1세. 상처를 입히는 게 불가능한 상황을 타개하기 위해 죽음을 각오하고 두 서번트는 보구를 발동하는데.

무사히 이슈타르를 동료로 맞이한 후지마루 일행은 길가메시로부터 고르곤 타도 계획에서 핵심이 되는 남쪽의 밀림 에리두에 보관되어 있는 '마르두크의 손도끼'의 정보를 얻게 된다. 그리고 이슈타르에게 에리두를 거점으로 삼은 밀림의 여신의 진짜 이름이 밝혀진 그때 그 여신이 우루크를 습격한다. 웃으며 차례차례로 인간들을 공격하는 밀림의 여신에 대처하기 위해 달려온 후지마루 일행은 전투를 각오하지만 여신은 '어떤 정보'를 말하기 시작하는데.

너무나 쉽게 재규어맨을 동료로 맞이한 후지마루 일행은 에리두에 도착하기 전에 죽었다고 생각했던 우루크의 병사들과 재회한다. 그들이 무사한 것을 알고 케찰코아틀 타도의 활로를 찾은 일행. 그리고 드디어 에리두 태양 신전에 도착해서 삼여신동맹의 한 기둥인 케찰코아틀에게 도전한다. 태양의 제단을 부수기 위해서 맹공을 펼치던 중 후지마루는 이슈타르의 힘을 빌려 단신으로 케찰코아틀과의 영혼의 진검승부에 도전하는데.

라흐무에게 빼앗긴 성배의 힘으로 페르시아 만은 닿은 모든 것을 마수로 변하게 만드는 검은 진흙의 바다로 변한다. 검은 진흙이 점점 덮쳐 올 때 우루크를 구하기 위해 후지마루 일행은 모든 것의 근원인 티아마트를 물리칠 것을 결의한다. 페르시아 만의 중심에 자리 잡은 티아마트에게 후지마루는 영주를 써서 이슈타르와 함께 맹공을 퍼붓는데.

명계로 유도된 티아마트는 인류악 '비스트Ⅱ'로 변하지만 현현한 산의 노인 하산 사바흐의 힘에 의해 불사성을 빼앗긴다. 비스트Ⅱ를 이곳에서 소멸시켜야 한다는 후지마루의 부름에 응답하는 영령들이었지만 비스트Ⅱ는 공격을 피하면서 명계의 벽을 타고 올라간다. 다시 지상으로 돌아가려는 비스트Ⅱ의 앞에 나타난 것은.