La vida de Keichi es un desastre, la mala suerte lo persigue y problemas solo se cruzan en su camino. Pero una llamada accidental al cielo va a cambiar todo.

Una misteriosa y divina mujer se aparece ante Keichi, su nombre es Belldandy y le ofrece al desafortunado joven un deseo. Keichi cuestiona la aparición, a lo que Belldandy le responde las cualidades que el posee. Keichi queda conmovido y desea que una diosa como ella se quede con el por siempre. Belldandy cree que él se refiere a ella misma y le concede el deseo.

Belldandy accedió a quedarse por siempre con Keichi, pero esto trae serios problemas. Sin casa y sin dinero, Keichi se siente apenado por no poder ofrecerle algo a la diosa, pero Belldandy lo ayuda y consiguen asilo en un templo, tras descubrir el monje que lo cuidaba que Belldandy era una verdadera diosa.

por causa de la Fuerza Divina, Keichi y Belldandy deben mantenerse juntos todo el tiempo. Así que la diosa debe comportarse y verse como humana, además de acompañar a Keichi a la universidad. Lejos de pasar inadvertida, Belldandy llama la atención de todos con su divina belleza y con el hecho de estar con Keichi. Sayoko Mishima, la chica más popular de la universidad, ve a una rival en Belldandy y hará todo por desmoralizarla, incluso usando a Keichi para ello.

Keichi duda de sus sentimientos hacia Belldandy, y también duda si Belldandy esta con él por el contrato solamente o porque ella quiere realmente estar con él.

Megumi, la hermana menor de Keichi, viene a la ciudad a estudiar en la universidad, pero debe primero conseguir una casa. Su hermano y Belldandy la ayudan, y después de tanto buscar encuentran una, pero con la particularidad de que en ella vivía un espíritu. Tras una bienvenida no muy amigable, el espíritu revela que la casa interfirió con su fuente de energía. Belldandy lo ayuda a cambio de que el espíritu proteja a Megumi.

Belldandy, por sugerencia de Megumi, quiere regalarle a Keichi un chocolate de San Valentin, pero busca un consejo de la persona equivocada: Sayoko, la cual le dice que el indicado para esto es su primo Toshiyuki Aoshima. Luego de que este se intente propasar con ella, Belldandy recurre a Megumi, quien le aconseja que lo haga en un lugar que le guste a Keichi.

El sistema Yggdrasil comienza a tener fallas, y la convivencia entre Keichi y Belldandy está relacionada. Urd, híbrido Diosa-Demonio y hermana mayor de Belldandy se dirige a la Tierra a investigar. Con métodos poco ortodoxos e incluso eróticos, Urd quiere convencer a Keichi de que este bese a Belldandy supuestamente para que sus datos genéticos sean reconocidos por Yggdrasil.

Saoko y su primo Aoshima deciden investigar quien es Belldandy en realidad, pero son constantemente interrumpidos por Urd. Como medida extrema secuestran a Keichi, obligándolo a que revele el secreto o a que Belldandy lo rescate con sus poderes.

El Club de Automovilismo necesita nuevos reclutas, pero de repente aparece el misterioso club 4 Ruedas, liderado por Aoshima, que usa este club solo con el fin de derrotar a Keichi y quedarse con Belldandy. Aoshima reta al club de Keichi a un desafío de Rally, pero la que acepta el reto es Belldandy, quien sabe de las intenciones de este. Tras un sabotaje, el vehículo de Club de Automovilismo puede reconstruirse, pero con severas fallas que Belldandy repara con sus poderes durante la carrera, agotando su energía. Keichi se siente en deuda y gana por ella.

Los Sempais de Keichi se sienten misteriosamente atraídos por un CD, el cual al reproducirse abre un sello demoniaco que libera a la demonio Marller, la cual es tan poderosa como Belldandy y que busca vengarse de ella y sus hermanas por haberla sellado tiempo atrás, y porque la relación de Belldandy y Keichi interfiere con sus labores de demonio.

Marller y Sayoko se unen para derrotar de una vez a Belldandy. Mientras Sayoko le roba a Urd el CD con el sello demoniaco, Marller hechiza el corazón de Keichi para que vea a Sayoko más atractiva e interesante que Belldandy. Pero Urd se recupera y detiene a Marller.

La red Yggdrasil presenta importantes fallas y Skuld, hermana menor de Belldandy, descubre que es la inestabilidad emocional de esta última la que causa fallas. Skuld hace responsable a Keichi de esto y le exige que deje ir a su hermana. En el pasado, Skuld veía a su hermana Belldandy como lo que más quiere en el universo, y este sentimiento provoca que la pequeña siga a su hermana a donde vaya.

Skuld sigue molesta con Keichi y decide sabotear su moto, pero involuntariamente la mejora. Megumi se asombra de los dotes de Skuld pero diciéndole algunos detalles, la pequeña diosa se molesta y saca a relucir su orgullo de mejor mecánica del universo. Los Sempais de Keichi aprovechan la situación y organizan un duelo de robots entre Megumi y Skuld.

En su afán de colaborar y tener más tiempo con Belldandy, Skuld crea un robot llamado Banpei, el cual tiene como objetivo proteger a su hermana a toda costa, ¡incluso de Keichi, Urd y de... Skuld!

Marller toma posesión del cuerpo de Megumi para no ser detectada, convierte al espíritu protector de esta en un oso de peluche, e invoca a Sembei, el demonio del infortunio, para desmoralizar a Keichi. Pero sus planes fallan debido a que una ramita del te que estaba tomando Keichi quedó vertical (signo de buena suerte).

Megumi les ofrece a Keichi y Belldandy un viaje juntos a la playa, como excusa para que Keichi declare sus sentimientos, pero la interferencia de Urd y Skuld solo traerá problemas...

Urd decide preparar una medicina para que Keichi venza su cobardía y declare sus sentimientos, pero Skuld interviene y altera la fórmula. Y para peor, quien toma la medicina es Belldandy, haciendo que su comportamiento sea más atrevido...

Urd y Skuld deben volver al cielo a continuar con el mantenimiento de Yggdrasil, y por lo tanto, Keichi y Belldandy estarán solos una semana. Pero Skuld se aseguró de que ellos dos esten alejados con un postre, que al Keichi comerlo, lo transformó en mujer. Tratando de buscar un antidoto, un frasco del laboratorio de Urd se rompe y libera un virus que enferma a Belldandy. Keichi decide arriesgare a sí mismo con tal de salvar a su diosa.

Belldandy convoca a su Angel, Holy Bell, lo que provoca que Skuld desee uno. Sus hermanas le dicen que el método para controlar un angel es ser experta en magia. Mientras Skuld busca un método más fácil para controlar su magia, Urd siente nostalgia de su propio angel, World of Elegance, ya que la había rechazado en el pasado. En uno de sus experimentos Skuld pierde el control y la conciencia y la magia de Belldandy no es suficiente, y le pide a Urd que convoque a su angel. Al ver el deseo de Belldandy, Urd toma fuerza y convoca a World of Elegance.

Urd se siente molesta por haber perdido su licencia de angel y sus poderes. Y Marller encuentra una urna en donde se encuentra sellado el Señor del Terror. Al invocarlo, el alma de este seduce a Urd para que use sus poderes de demonio y se convierta en la nueva Señora del Terror. El poder de Urd es demasiado para Belldandy y Skuld, y Marller aprovecha la ocasión para sellar a Belldandy, pero Keichi se interpone y es capturado por la demonio. El mundo está en peligro, y Belldandy tendrá que usar todo su poder, incluso si tiene que desobedecer a Dios.

Urd, convertida en el Señor del Terror, causa estragos en todo el mundo usando el Programa de Destrucción, y Belldandy, con su poder desbloqueado le va a hacer frente. Skuld, camino a encontrarse con sus hermanas, recibe una llamada del Todopoderoso, el cual le entrega la Vacuna contra el Programa de destrucción. Belldandy daña el sello del Señor del terror pero sin efecto, porque él reside en Urd. Para potenciar el Programa, Urd le ordena a Marller sacrificarse para entregarle más poder, pero esta se niega y es atacada. Entonces es la misma Urd quien le da su energía al Programa, lo cual hace que su energía demoniaca se agote y que el programa mismo sea el Señor del Terror. Skuld le da a Belldandy la vacuna, aparentemente destruyendo al señor del terror, pero...

El Señor del Terror tomo la forma de Midgard, la vacuna contra el Programa de Destrucción, y se dispone a desbloquear la puerta al Infierno. Tras buscar una solución, Skuld le da a Belldandy el manual de Midgard, lo que les permitirá absorber la vacuna. Antes de ser absorbido, Midgard intenta atacar a Skuld, pero Keichi se interpone, siendo el nuevo huésped del Señor del Terror. Con Keichi poseído, las diosas son incapaces de atacarlo, sin embargo, Keichi puede resistirlo. Belldandy, desesperada, le pide al Señor del Terror que la posea y a Lind de que la elimine, pero la esencia de Belldandy es más poderosa y el demonio ya ha abandonado el cuerpo de Keichi. Skuld le lanza un disquete y el Señor del Terror lo posee, por su desgracia Skuld logra neuralizarlo borrando sus datos. Lind informa que por las fallas de Yggdrasil, los contratos y castigos son anulados. Las diosas entonces deciden quedarse con Keichi, en especial Belldandy, quien le demuestra sus sentimientos.