マナという能力を持つ貴族が、人類を守る責務を負う世界。能力者の養成校に通う貴族でありながら、マナを持たない特異な少女メリダ=アンジェル。彼女の才能を見出すため、家庭教師としてクーファ=ヴァンピールが派遣される。『彼女に才なき場合、暗殺せよ』という任務を背負い、クーファは残酷な決断を下そうとするのだが…。

遂にマナを開放したメリダ。クーファとの厳しいトレーニングを経て、聖フリーデスウィーデ女学院で行われる公開試合に参戦することに。そして、メリダを苛め続けてきた《闘士》ネルヴァ＝マルティーリョと対決の機会がついにコロシアムで訪れる…。

クーファ不在の中、週末開催のサークレット・ナイトに気分が高揚するメリダ。一方自分の意志とは違う衣装を着させられ落ち込むエリーゼ。そこに二人を誘拐すべくランカンスロープのテロ集団《黎明戯兵団》のウィリアム・ジンの魔の手が忍び寄る…。

誘拐事件後距離を縮めるメリダとエリーゼ。間もなく姉妹校の聖ドートリッシュ女学園との合同行事ルナ・リュミエール選抜戦が開催される。各校からの選抜生徒は優秀な上級生が恒例の中、聖フリーデスウィーデ女学院側からは思い掛けない代表者が告げられた…。

暗殺者ブラック＝マディアの侵入にルナ・リュミエール選抜戦の中止を申し出るクーファとロゼッティ。しかし、提案は却下され、メリダとエリーゼも仲を拗らせたまま選抜戦の期間が過ぎていく。そして、最終日。選抜者4組総当たり戦となるバトルロイヤルの試練が幕を開ける…。

ルナ・リュミュエール選抜戦には、裏・後夜祭があった。聖フリーデスウィーデ女学院と聖ドートリッシュ女学園の生徒が集まり、メリダやエリーゼも夜更かしを楽しむことに。ナイトパーティが進む中、ミュールが怪談「灰色の魔女」について話し始めると、突然会場が暗闇に包まれる。深紅の炎に照らされて現れたのは、例の「灰色の魔女」だった…。

聖フリーデスウィーデ女学院の研修旅行で、シャンガルタに向かうことになったメリダとクーファ。シャンガルタは、ロゼッティ の故郷。父親ブロサムも先んじて学院に来訪する。親からの婚約話を破談にすべく、嘘の結婚相手としてクーファを紹介するロゼッティ 。そんな中大広間で生徒が突然襲われてしまう…。

シャンガルタの教会にて、聖フリーデスウィーデ女学院で起きた事件と同様の手口で、子供達が襲われた。容疑を疑われるクーファの姿が見当たらない中、メリダとマディアは独自に調査を始める、そして街人から聞きだしたミステリースポット歪んだ家に向かったのだが…。

7年前、シャンガルタは建物が崩壊し、大火災に見舞われていた。教会では数多くの子供達が死亡し、大蜘蛛ナクアが子供達を主食としていた。惨劇の中ブロサムが泣きすがる一人の男の子が立ち上がる。徐々にその髪色は白く変わっていった…。

聖フリーデスウィーデ女学院に、ビブリアゴート司書官認定試験の季節がやってきた。資格のない1年生にも関わらず、メリダとエリーゼは参加を促される。一方、メリダを怪しく思うセルジュ＝シクザール一同は、彼女の出自について公表をしようと目論む。

ビブリアゴートを進むメリダとエリーゼは、ミュールとサラシャと同行することになる。認定試験は、本の《修繕》と《整頓》。書物を食い荒らす魔物《虫喰い》を蹴ちらしながら、ミュールの協力で整頓を進める一同。そして、ついに合格の証がもたらされたのだが…。

ウォールターの幻想譚では、セルジュ＝シクザールによるメリダ＝アンジェルの裁判が始まった。サムライの位階も暴かれ、マナ発現の原因を問い詰められながらも、アンジェル家の子供としての“プライド”を宣言するメリダ。そこに立ちはだかったのは…。