从异世界突然出现的异形敌人“塞壬”。本应团结起来击退外敌的人类，但由于理念的不同分裂成了两个阵营。其中之一，被分配到碧蓝航线新基地的拉菲和标枪，遇到了身披斗篷的神秘少女绫波。那是新战争的预兆。

　　逃出重樱基地的谢菲尔德与爱丁堡，与趁乱而来的明石一起躲在废墟岛上。企业和贝尔法斯特等碧蓝航线组织的救援部队也到达了，海域处于一触即发的状态。