春天。升上高中的木之幡米拉、下定決心要加入天文社，卻發現社團已經消失而大受打擊。米拉有個夢想。她在小時候與某個人定下約定，要「發現小行星」。聽說從今年開始「天文社」與「地質研」合併為「地科社」，她立刻決定入社。在社辦等著她的是三名個性迥異的前輩、還有另1人……。

今天在河岸辦新入社員歡迎烤肉！撿撿石頭、看看星空，盡情享受一整天後，開始製作會報「KiRA KiRA」。大家都決定好要寫的主題，就剩米菈遲遲寫不出文章。總算是統整出了些東西，卻被姊姊米沙直言「感覺不像米菈」。此時，米菈受藍委託畫藍的專欄插畫…。

米菈跟藍要補考，於是兩人跟鈴鈴以及米菈的姊姊米莎一起讀書會。總算通過補考的兩人，這次在鈴鈴家的烘焙坊體驗初次打工。拿到打工費的兩人一起「車站前約會」時，卻發現並肩走在路上的豬豬學姊與鈴鈴。這意外的組合讓兩人大吃一驚！連忙偷偷跟在她們後頭…。

夏季營隊！ 目的地是地質標本館跟JAXA等等。看到眾多礦物和化石，櫻難得的歡鬧了起來。豬豬則因為這樣的櫻而興奮。另一方面，夢露、米菈、藍則是因為人工衛星和火箭而情緒高漲。米拉和藍想獲得尋找小行星的線索而東尋西問，但卻一無所獲。一行人借住於遠藤老師的祖父母家，晚上享受了烤肉和觀星後、遠藤老師拿出了…。

接受鈴鈴的提案，米菈、藍、豬豬三人來到海邊遊玩。鈴鈴和藍卻賭上米菈摯友的寶座一決勝負！結果到底會如何…。另一天、米菈和櫻2人一起前往「礦物秀」。櫻在各種礦石面前相當興奮、但也透露出「無法專心讀升學考」。她正因為至今對未來仍然沒有具體的目標而煩惱。而在暑假結束時、校慶的準備也近在眼前…。

地科社社員們努力準備校慶。地質班的櫻與豬豬在操場進行正式的鑽探調查。另一方面，天文班的米菈、藍、夢露則在米菈家製作太陽系行星模型。校慶終於開始。在鈴鈴的協助下，地科社的地質咖啡廳也順利開張。地科社社員換上成套的女僕裝……。

夢露和櫻引退，米菈、藍、豬豬三人的新生地科社正式起步。為了讓身為社長的豬豬更有自信而接下了兒童會的天體觀測會講師。米菈們努力想使個性迥異的孩子們對天文感興趣。然而，觀測了獵戶座流星群的隔天，藍向學校請假了。米菈和豬豬相當擔心，決定去找藍探病･･･。

豬豬向「地科奧林匹亞」進行挑戰。也是她作為社長獨立的第一步。第二學期也將結束，地科社舉辦了聖誕節餐會。用火鍋溫暖身心後是慣例的觀星。談著天觀測冬季鑽石時，藍突然留下了淚水。雖然藍說沒關係･･･

藍和米菈分別嘗試說服自己的親人，好讓藍不需搬家而與米菈同居。情人節近在眼前，櫻請鈴鈴教她製作人生第一次的手工巧克力，並將它送給地科社社員。得知米莎將去遠方大學的鈴鈴則是･･･

藍也獲得旁聽許可，明星挑戰終於正式開始！天文台參觀等行程結束，時間來到夜晚。兩人與同組的友利及蒔田一起，在天文台進行小行星探索。但是，空中的雲卻越來越多･･･

明星挑戰第二天。萬里無雲正適合觀測。在確認攝影資料時，發現了疑似未知小行星的星體。眾人不禁緊張了起來。在最後關頭時決定再次進行攝影。米菈、藍、以及同班的友利與蒔田一起確認照片…