艾克斯和捷德在某颗行星和黑暗捷德和黑暗艾克斯决战，反被对方的技能打败。另一边，格丽乔在地球上，赛罗奥特曼阻止奥特黑暗杀手来到地球，奥特黑暗杀手一击将两人送走。在光之国，罗索和布鲁忽然被召唤到M78星云光之国。

赛罗和格丽乔被关在黑暗杀手空间，泰罗向罗索和布鲁说明情况后，罗索和布鲁一时冲动去救人，离开光之国。另一边在O-50行星，欧布被黑暗艾克斯和黑暗捷德袭击，随后产生决斗。

罗索和布鲁在行动时，被人袭击。利布特在击败怪兽后，接受到泰罗发来的任务出动。在O-50行星上，欧布被黑暗艾克斯和黑暗捷德击败，光之能量也被吸收，维克特利及时赶到，支援欧布。

罗索和布鲁在岩之行星和艾塔尔加交战，之后利布特及时赶到，罗索和布鲁在利布特的帮助下撤退。在O-50行星，维克特利和欧布及时撤退。另一边，艾克斯和捷德准备离开夕阳行星，黑暗路基艾尔出现。银河及时赶到，阻止黑暗路基艾尔。

银河同黑暗路基艾尔交战，艾克斯与捷德趁机发射光线击伤路基艾尔，三人回到光之国，同其他新世代英雄与泰罗会合。被困在黑暗杀手空间内的赛罗向格丽乔输送能量，泰罗则向新世代英雄们讲述了当年与黑暗杀手决战的故事

隐藏在特内布里斯行星的黑暗杀手利用杀手等离子和欧布的光之能量制造出黑暗欧布，路基艾尔和艾塔尔加分别提出要对付银河与维克特利，突然出现的神秘蓝色巨人要求黑暗杀手制造出银河、维克特利、布鲁、罗索等人的黑暗分身。黑暗杀手以赛罗和格丽乔作为人质要挟光之国，为了救出两人，银河带领着新世代英雄们向特内布里斯行星进发。

新世代英雄们同黑暗军团展开大战：艾克斯、欧布、捷德对战各自的黑暗分身体；银河与维克特利分别迎战路基艾尔和艾塔尔加；罗索和布鲁则直面黑暗杀手，但因为黑暗杀手空间的影响，两人的能量很快进入了流失状态。

新世代英雄们的攻击不断地被各自的敌人之所反击，与黑暗杀手交战的罗索和布鲁也遭受重创而倒下，黑暗杀手却在这时利用赛罗的光之能量与杀手等离子制造出了黑暗赛罗。

黑暗赛罗向赛罗和格丽乔发动了攻击，罗索和布鲁也被黑暗杀手擒住并夺取了光之能量。另一边，利布特在魔法空间内找到了蓝色巨人——托雷基亚奥特曼，并与其交手。新世代英雄们遭受重创节节败退，关键时刻，众人想起了赛罗赐予他们的力量，银河维克特利、艾克斯 究级赛罗装甲、欧布 艾梅利姆头镖，捷德 崇高登场。

在魔法空间内的托雷基亚利用黑暗能量将黑暗杀手与黑暗赛罗复活，黑暗杀手则在怨念之力下巨大化，并袭击了新世代英雄们，托雷基亚趁机离开，并放出两只雷德王牵制住利布特。赛罗主动提出对付黑暗赛罗，捷德则制作出新世代胶囊帮助赛罗变身成了超限形态（银河闪耀），与黑暗赛罗交手。泰罗亲临战场，并再次将力量借给银河，银河斯特里姆登场。在银河的指示下，维克特利骑士、艾克斯贝塔火花装甲、欧布三位一体、捷德究极最终、格罗布五大究极战士集结。最终决战，一触即发。

利布特利用远程切割独自解决了两只雷德王。新世代英雄们用各自的必杀技重创了黑暗杀手，赛罗也用双重究极必杀剑解决了黑暗赛罗。在承受了新世代究极光线大合击之后，在易怒的黑暗杀手召唤了四只黑暗分身，并将其吸收后超巨大化。泰罗再次出现，指示众人将自己的能量输进斯特里姆手镯之中。银河斯特里姆利用新世代之力使出了最强必杀技——新世代炸弹，向黑暗杀手发动了最后一击。

在新世代炸弹的巨大威力下，黑暗杀手连同黑暗宫殿一同在熊熊烈火中发生了大爆炸。银河带着众人及时撤了出来，并表示黑暗杀手已被彻底消灭，再也无法复活了。赛罗向众人透露有幕后黑手绑架格丽乔，这时托雷基亚出现挑衅众人，并扬言要消灭泰罗与光之国后离开。最后赛罗护送格丽乔回到了原本的时空，银河则带领新世代英雄们前去追击托雷基亚。