かつてはドラゴン種族が棲息し、現在は人間種族が繁栄する地、キエサルヒマ大陸。魔術士養成機関≪牙の塔≫で暮らしていた少年・キリランシェロは、異形の姿となって失踪した義姉・アザリーを探すために旅に出る。それから五年。男はオーフェンと名乗り、モグリの金貸し業を営んでいた。ある日オーフェンは、地人種族のボルカン、ドーチンとともに、エバーラスティン家の令嬢への結婚詐欺をするはめになる。

異形の姿のアザリーとついに再会するが、逃げられるオーフェン。オーフェンはかつての師・チャイルドマンから、五年前にアザリーが異形と化した原因を知らされる。それは、古代遺産・バルトアンデルスの剣を使った魔術実験の失敗によるものだった。アザリーを抹殺すべく行方を追うチャイルドマン達に、オーフェンは同行する。命を懸けてもアザリーを守るという決意を胸に秘めて。

チャイルドマン率いるアザリー討伐隊とオーフェンは、異形の姿のアザリーを見つけ出す。襲い来るアザリーにオーフェンの声は届かず、討伐隊は次々に殺されてゆく。対決するチャイルドマンとアザリー、その双方の魔術を防ぎながら、アザリーを救うために説得を続けるオーフェン。しかし、チャイルドマンはとうとうアザリーを倒す。死にゆく怪物を見取るオーフェンは、ある違和感を覚えて……。

五年前、オーフェンがキリランシェロという名で≪牙の塔≫にいた頃。≪牙の塔≫の教師・チャイルドマンが指導するチャイルドマン教室には、キリランシェロ、ハーティア、コミクロン、アザリー、レティシャ、フォルテ、コルゴンの七人の生徒が在籍していた。ある日、キリランシェロとアザリーは墓参りのために廃村を訪れる。そこに突然現れた襲撃者が、アザリーをさらったと告げてくる。

オーフェンはおしかけ同行者のクリーオウ、マジクと共に、≪牙の塔≫のあるタフレム市を目指して旅を続ける。一行は道中、フェンリルの森と呼ばれる大森林の中を通る。食糧を探すマジクは、そこで巫女フィエナと出会う。近くにはドラゴン信仰者の隠れ里「偉大なる心臓」があり、マジクは住人達に捕まってしまう。マジクを助けに向かったオーフェンは、教祖マクドガルと対峙し、追いつめられるが……。

マクドガルと対峙するオーフェンの前に、突如現れるディープ・ドラゴン。オーフェンはディープ・ドラゴンの魔術を受けるが、フィエナの癒しの力で命拾いする。明日はマクドガルがドラゴンの聖域に向かう日で、その目的のためにフィエナは犠牲になろうとしていた。フィエナを助けたいマジク。フィエナはオーフェン達に、このまま里から逃げるように告げるが……。

オーフェンはフィエナを助けるために、マクドガルに戦いを挑む。その戦いの中、オーフェンはマクドガルがキムラック教会で見たある出来事のために、ドラゴンの聖域で強力な力を得ようとしていたことを知る。マクドガルの意思を継ぎ、ドラゴンの聖域で強力な力を得ようと意気込む村人たち…。その時、マクドガルや村人達がドラゴンの聖域に入ろうとするという禁忌を犯したことにより、ディープ・ドラゴンが村を滅ぼしにオーフェンたちの目の前に現れる。

ディープ・ドラゴンの子供であるレキを加えたオーフェン一行。道中、一行は謎の暗殺者に襲われる。暗殺者の顔は昔のオーフェン、キリランシェロにそっくりだった。オーフェンは義姉レティシャと再会し、一行は≪牙の塔≫のある街タフレム市に着く。街では≪牙の塔≫の長老達が暗殺される事件が起きていた。オーフェン達がレティシャ邸に泊まったその晩、オーフェンの前に現れた暗殺者は、自らをキリランシェロと名乗る。

レティシャはキリランシェロ達との、≪牙の塔≫時代のことを思い起こす。レティシャはキリランシェロとアザリーがいなくなってからの五年間、ずっと帰りを待っていた。レティシャはその思いをオーフェンに吐露する。そこに、クリーオウがさらわれたとの知らせが入る。オーフェンはクリーオウを助けるため、暗殺者の待つチャイルドマン邸に向かう。

チャイルドマン邸に乗り込んだオーフェンは、暗殺者との戦闘を開始する。そして暗殺者はその正体を明かす。暗殺者は天人種族の遺産である殺人人形を、アザリーが自分の理想の通りの暗殺者に変化させた物だった。アザリーはキリランシェロそっくりの人形とオーフェンを戦わせることで、オーフェンを昔のようなキリランシェロに戻そうとしていたのだった。オーフェンは人形を通して、過去の自分と向き合うことになる。

チャイルドマン邸での戦闘で負傷したオーフェンは、レティシャ邸で休んでいた。その夜、屋敷に侵入してきた暗殺者《スタッバー》に襲われる。翌日、少しでもオーフェンの力になりたいと願うマジクと魔術士学校へ向かう道中で、過去、オーフェンと因縁があった最高執行部ハイドラントが現れる。さらに、オーフェンの≪牙の塔≫でのかつての師であり、≪牙の塔≫の実権を握ろうと目論むウオール・カーレンが現れる…。

マジクは≪牙の塔≫への入門申請を済ませる。オーフェン達がレティシャ邸に戻ると、クリーオウが何者かに襲われていた。襲撃者を追ったレティシャは返り討ちに遭ってしまう。その夜、オーフェンの前にアザリーが現れ、ウオール一派はチャイルドマンが持っているはずの「世界書」を探しており、チャイルドマン教室の者達を狙っていると伝える。それを知ったオーフェンは自らウオール・カーレン達のいる≪牙の塔≫に向かう。

≪牙の塔≫に潜入したオーフェン達は、待ち構えていたウオール・カーレンの部下達と戦闘になる。敵を制したオーフェンは、ウオール・カーレンと対峙する。そこにフォルテとアザリーの加勢により、ウオール一派を捕らえ、罪を糾弾することに成功した。

アザリーはチャイルドマンが持っていたはずの「世界書」を手に入れ、次はキムラック教の総本山であるキムラック市に行くとオーフェンに告げる…。

アザリーは、チャイルドマンが何をしようとしていたかを突き止めるべく、バルトアンデルスの剣と「世界書」を携え、キムラックへ出発していた。一方、アザリーとの決着をつけるために、一人でキムラックへ向かおうとするオーフェンだったが、クリーオウ、マジクと供にキムラックへ向かうことになり、レティシャ邸を後にする。はたして、オーフェンたちの旅の行く末は…。

アザリーを追い、キムラック市へ旅を続けるオーフェン一行。道中、怪物に襲われていた盗賊団の男達と遭遇する。オーフェン達も怪物に囲まれ、なんとか劇場内に逃げ込むと目の前に現れたのは盗賊団の首領女・剣士メッチェン。彼女は魔術士と敵対するキムラック市への進入を手助けする交換条件として、遺跡探索の協力をオーフェンに持ちかける…。

メッチェンと共にカミスンダ劇場の探索を続ける事になったオーフェン一行。ところが地下で待ち受けていた殺人キリング人形ドールの襲撃を受け、クリーオウ、マジク、メッチェンが連れ去られてしまう。仲間を救出する為に奥へと進むオーフェンの前に、再び立ち塞がる殺人キリング人形ドールが語り始めた衝撃の事実とは⁉

キムラック行きの準備を整えるオーフェン一行だったが、クリーオウとマジクを危険に晒さない為に、オーフェンはメッチェンと二人きりでキムラックへ出発する。その道中、メッチェンの目的は不満が蔓延する現体制を改革し、〈死の教師〉のリーダーであるクオの暗殺を企んでいることを知る。同じ頃、キムラックへ到着したアザリーも神殿街への潜入を試みていた…。

街で騒ぎを起こしたオーフェン達は、ラニオットという男に助けられ隠れ家に匿われていた。彼は自分を王都から派遣されたスパイだと告げ、オーフェンに協力を申し出る。秘密の地下道からキムラック神殿街への潜入を図るオーフェン一行とラニオット。一方、アザリーは「世界書」を読み、世界の秘密に触れてゆく…。

キムラック神殿街を目指し地下道を進むオーフェン一行。途中、不意の鉄砲水に襲われ、離れ離れになってしまうオーフェンとクリーオウ、マジク…。一人になったオーフェンの前に現れたラニオットは、自らを「死の教師ネイム」だと明かし、オーフェンに襲いかかり、狂信的な強さでオーフェンを圧倒する。一方マジクは、追って来た教会の神官兵に囲まれ、追いつめられるままに魔術を乱発してしまう。

オーフェンは初めておかした殺人に激しく取り乱す。その顛末を知ったキムラック教・教主ラモニロックは最強の暗殺者クオにオーフェン抹殺の指令を出す。その頃、アザリーは読み終えた世界書を燃やすと、一人でキムラック教会の神殿に向かっていた…。

マジクが魔術を制御できない事を見抜いたオーフェンは、魔術の使用を禁じる。しかしマジクは自分を半人前扱いするオーフェンにイラ立ちを募らせてゆく。一行が地下道を出るとそこは牢屋で、サルアが捕まっていた。サルアと共に牢を破ると、追手がすぐ背後に迫る。すかさず魔術を構成するオーフェンだったが、その魔術は…。

オーフェン達とサルアが地下牢をぬけた先は神殿の地下にある「詩聖の間」。そこにはクオと教会の兵達が待ち構えていた。マジクは魔術が使えないオーフェンの代わりに懸命に戦うが、クオの力の前に圧倒される。激闘の中で、「詩聖の間」への扉が崩れ、オーフェン達はその中に異様な光景を目撃するのだった。

銃で撃たれ、地底湖に沈むオーフェンは意識下でイスターシバと名乗る女性とある男性、2人の光景を目にする。アザリーは転移装置を渡してクリーオウ達を逃がすと、オーフェンを追って地底湖に飛び込む。クリーオウ達はサルアの兄ラポワントの屋敷に逃げ込み、メッチェンと再開する。だがそこにはカーロッタの魔の手が迫る。その頃、クオは女神の意志にそぐわないラモニロックに、刃を向けていた…。

「詩聖の間」でラモニロック、クオと対峙するオーフェン、アザリー。ラモニロックの真の目的は、女神が世界を滅ぼす前に、その怒りの対象である人間の魔術士を根絶することだった。そしてついにラモニロックの口から隠されていた世界の真実が語られる。戦いはさらに過熱、クオの刃がアザリーを切り裂く…。

イスターシバの予言した大陸に迫る破滅の危機とは、女神の襲来だった。

自分を取り戻したオーフェンは再び魔術を使えるようになり、アザリーと共にクオと戦う。そこにクリーオウ、マジクたちも駆け付ける。追い詰められたクオは女神の教義を全うする為、女神を食い止めるオーリオウルの頭を貫く。そして、ついに女神が結界を越える…。

キムラック教会総本山での戦いを終えたオーフェン一行は、骨休めのためレジボーン温泉郷を訪れる。しかし道中、全財産の入った荷物を失くしてしまい、少女エリスとその母親シーナの宿屋に下働きとして泊まらせてもらうことに。そしてオーフェン達は温泉街の暗部に触れてゆく。温泉の秘密。街の権力者ロッツの嫌がらせ。さらには観光客が行方不明になる事件が起きていた。

森をさまよっていたボルカンは謎の怪物に首を跳ね飛ばされる。ボルカンが殺されたと騒ぐドーチンと共にオーフェンが森を散策すると、そこには天人種族の遺跡があった。

その頃、宿ではエリスとシーナが行方不明になっていた。クリーオウは商売敵であるロッツの仕業と判断し、ロッツのホテルに殴り込む。

そして明らかになる温泉街に隠された謎。幼い頃の記憶がないエリスの秘密とは。

アザリーを探す手がかりもないまま、オーフェン一行はナッシュウォータの街に留まっていた。そんなある日、クリーオウは剣士たちの喧嘩に首を突っ込む。クリーオウは剣士たちのリーダーの男エドに追いつめられるが、全身タイツ姿の男ライアンが割って入り、事なきを得る。

ライアンは語る、自分たちの剣術道場とエドの剣術道場は抗争中なのだと。そしてクリーオウはライアンの案内で、道場主の少女ロッテーシャと出会う……。

クリーオウの頼みで、オーフェンはロッテーシャとエド、街の二つの剣術道場が抗争する事情を探る。それはロッテーシャの亡き父親で先代の道場主ビードゥーが遺した魔剣「フリークダイヤモンド」を巡っての、ロッテーシャとかつてビードゥーの弟子だったエドの争いだった。

街で調べていたオーフェンの元に、早くも刺客が襲ってくる。オーフェンは刺客を倒すと、エドの道場に殴り込もうと決めるが……。

エドの道場に現れたレッド・ドラゴン種族の暗殺者ヘルパートは、ロッテーシャの道場が襲われるとオーフェンに告げて去る。

その頃、ロッテーシャの道場にエドが訪れ、ロッテーシャと対峙する。クリーオウの前ではライアンが本性を現して、魔剣「フリークダイヤモンド」を奪おうとする。ぶつかり合うそれぞれの意思。急ぎ駆け付けようとするオーフェンだが……。

ロッテーシャの因縁の相手であるエドは、オーフェンの≪牙の塔≫時代の兄弟子コルゴンだと分かり、共にエドを追うことに。道中で女旅人ウィノナを加えて、一行は大都市アーバンラマに到着する。

その夜、ロッテーシャはクリーオウの剣を持ち出して姿を消す。ロッテーシャが同行した目的はただ一つ、エドへの復讐。オーフェンたちはロッテーシャを止めるため、街を奔走するが……。

宿に戻ったクリーオウとマジクは、ライアンとヘルパートの襲撃を受ける。ライアンはクリーオウを捕らえ、ヘルパートは魔剣「フリークダイヤモンド」の力を発動してマジクを圧倒する。

一方、オーフェンは夜の街でロッテーシャを発見して後を追うが、それは罠だった。ロッテーシャはオーフェンを人気のない場所に誘い込むと、不意を突いて襲いかかる……！

クリーオウに惹かれるライアンは、身に纏った天人種族の遺産「緑宝石の鎧（スネークグリーン）」により彼女の意識を盗み見るが、レキの攻撃を受けて逃走。エドは敵の本拠地を突き止めるべくライアンを追跡。倒れたマジクは謎の男が連れ去る。ようやく宿に戻ったオーフェンを待っていたヘルパートは、アーバンラマの街が滅びると宣言して去る。その場には意識を閉ざしたままのクリーオウが残されて……。

倒れたオーフェンはウィノナに助けられ療養していた。ウィノナはエドと同じく≪最接近領≫の領主の命令で動いていて、事態が解決したら領主に会ってほしいと話す。だが今は眠ったままのクリーオウを助ける方が先。外では巨大なディープ・ドラゴンが出現し、アーバンラマの街に異変が起きていた。

その頃、レティシャはオーフェンに会うため、蒸気船でアーバンラマに向かっていて……。

アーバンラマの街に出現した巨大なディープ・ドラゴンはレキで、クリーオウが眠ったままなのもレキのせいなのだとウィノナはオーフェンに語る。そこに襲撃してくるヘルパート、それはライアンが目的を果たすまで手出しをさせないためだった。

ライアンはレキと戦うため、自身の纏う「緑宝石の鎧（スネークグリーン）」から木を生やして森と化す。森は街を飲み込みながらレキへと迫る……！

ヘルパートは語る。「ドッペル・イクス」は天人種族の遺産の回収だけでなく、≪聖域≫外にいるディープ・ドラゴンであるレキの回収が一番の目的なのだと。オーフェンはヘルパートとの死闘をからくも制するが重傷を負う。そこにウィノナの仲間の白魔術士ダミアンが現れ、オーフェンを癒す。ダミアンはオーフェンに、クリーオウを助けることのリスクを告げるが……。

ライアンはレキを殺すべく、街中に樹海を広げてゆく。対するレキの中には、実はクリーオウの精神があった。≪聖域≫の同胞ゆえにレキはライアンと敵対できず、だからクリーオウはレキの体と魔術の力を借りて自分が戦うことにしたのだ。レキの力によってライアンの力の秘密やその苦しみを知ったクリーオウは、彼を助けたいと考えるが……！

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アザリーの行方を知るため、ウィノナの案内で領主の待つ≪最接近領≫に向けて旅をするオーフェン一行。道中、オーフェンを追って来た義姉レティシャやボルカン、ドーチンと再会。さらに≪最接近領≫の調査のため王都メベレンストから派遣された魔術士集団≪十三使徒≫のイールギット、シーク、カコルキストと遭遇。そして一同は、謎の地人種族の軍勢に襲撃される。軍勢の長は地人種族の伝説、銀月姫！

銀月姫の軍勢を撤退させるオーフェンたちと≪十三使徒≫の三人。そしてオーフェンはこの土地で起きている異変の正体を察する。それは大陸に蓄積された過去の記憶が具現化する、ゴーストと呼ばれる現象だった。一同は現象の発生する核心を探すため、二手に分かれて軍勢と対することに。古代の戦場跡を舞台に、現代の魔術士と蘇った伝説の軍勢の戦いが始まった！

ついに≪最接近領≫に辿り着くオーフェン。しかしクリーオウ、マジクとウィノナは姿を消した。別行動になった≪十三使徒≫のシーク、カコルキストの真の目的は領主アルマゲストの暗殺だった。さらには恐るべき謎の暗殺者が潜入していた。それぞれの持つ役割が交錯し、領主の館の庭園は凄惨な戦場と化す。領主は予言する、六人が死ぬと……。

夜の庭園で展開する死闘。イールギットが、レティシャが、混戦の末に倒れてゆく。オーフェンが領主の部屋に向かうと、そこには領主の死体が転がっていて、傍らに巨体の聖服の男が立っていた。男は「ドッペル・イクス」の一人、ジャック・フリズビー。密かに侵入し、闇に紛れて邪魔者を狩っていたのだ。オーフェンはかつてない強敵と対峙する……！

≪最接近領≫の凄惨な戦闘から一夜が明けた。だが領主の館では、昨夜ジャックに殺されたはずの領主アルマゲストが平然と生きていた。クリーオウとマジクは無事だったが、まるで洗脳されているかのように領主に付き従う。領主とダミアンの言動には不信感しかなく、不明瞭な状況にオーフェンは苛立ちを隠せない。そこに新たな襲撃者が迫り……。

領主アルマゲストは、レキと盟約を結んだことで≪最接近領≫と≪聖域≫の力関係が変わると語り、それまでオーフェンたちは館で待つことに。

だが侵入者によってウィノナが重傷を負う。そしてロッテーシャの前に現れる侵入者、それはエドだった。エドは≪聖域≫に行ったことでロッテーシャの謎が解けたと告げ、彼女を≪聖域≫に連れてゆこうとする。そこにダミアンが現れ、裏切り者となったエドと対決する……！

領主アルマゲストは語る。予言された大災厄は十三日後。かつてアザリーが結界の外に押し出した女神が、≪聖域≫に降臨してキエサルヒマ大陸を滅ぼす日が迫っていると。その時、ディープ・ドラゴン種族の群れが≪最接近領≫に集結する。領主とレキの盟約では、レキが新たな長となりディープ・ドラゴン種族を率いて≪最接近領≫に味方することで、≪聖域≫を圧倒するはずだったが……。

オーフェン一行は道中、プルートー率いる≪十三使徒≫と遭遇し、共に≪聖域≫を目指すことに。一方、ロッテーシャを連れて≪聖域≫に戻ったエドは、女神を殺せるといわれる魔王スウェーデンボリーを召喚する「第二世界図塔」を起動させようとしていた。起動は領主でなくロッテーシャでも可能と知って、エドは≪最接近領≫を裏切ったのだ。そしてアザリーの導きで、レティシャとハーティアも≪聖域≫に進入する……。

オーフェン一行と≪十三使徒≫は≪聖域≫を目前にしながら、≪聖域≫の魔術によって行く手を阻まれる。一方、≪聖域≫内では管理者である司祭と、レティシャとアザリーが交渉していた。アザリーは「イスターシバの盟約」を持ち出す。それは二百年前、≪聖域≫の司祭イスターシバとチャイルドマンの間で交わされた、女神に対抗できる「後継者」を見いだして大陸の命運を委ねるという盟約だった……。

プルートーは≪十三使徒≫の一部隊とクリーオウ、レキ、領主を引き連れて≪聖域≫内に攻め込む。クリーオウは悩みを抱えながらも何も言わずに行ってしまった。残されたオーフェンたちはレッド・ドラゴン種族の襲撃を受ける。敵の中にジャックの気配を感じ取ったオーフェンは、最強の敵に単身で決戦に挑む！一方、エドは「第二世界図塔」を制圧し、魔王召喚の準備を進めつつあった……。

迫る大災厄の刻限。≪聖域≫上空には今にも侵入しようとする女神の姿。「第二世界図塔」を起動できる術者であるロッテーシャ、領主アルマゲスト、アザリーが集い、魔王召喚の準備が整う。だが領主はエドに、魔王の力を得るに相応しい唯一の者である証明をするよう要求。エドとオーフェンは「後継者」の座を賭けて対峙する！キエサルヒマ大陸の命運を賭けた、オーフェンの選ぶ結末とは――。

結界の消滅から一年……。キエサルヒマ大陸を統治していた貴族連盟は大陸魔術士同盟と対立、これに端を発して大陸各地は混乱の一途を辿っていた。オーフェンは騒乱をもたらした重罪人として指名手配されていた。マジクはイザベラに師事している。エドは姿をくらました。そして、クリーオウはレティシャの下で一年間の修業を終え、秘めた想いを胸に旅立つ――。