曾经有龙族栖息，现在是人族繁衍之地的西耶萨西马大陆。 在魔术士培养机关“牙之塔”生活的少年·奇利男谢洛，为了寻找变身龙形怪物并失踪如姐姐般的·阿莎莉，而踏上了旅程。自那之后过了五年，男子改名为欧菲，做着非法放贷的营生。 有一天，欧菲与地人族博鲁坎，一同对艾巴拉斯汀家大小姐实施结婚欺诈。

　　欧菲终于与化身龙形怪物的阿莎莉见面，然而却让她逃走了。欧菲从曾经的师父·查尔德曼处得知五年前阿莎莉变身龙形怪物的原因。是因为使用了古代遗产·巴鲁多安德鲁斯之剑的魔术实验遭遇失败而起。为了消灭阿莎莉而前往追踪的查尔德曼等人，与欧菲同行。欧菲下定决心，就算拼上性命，也要保护阿莎莉。

　　查尔德曼率领的阿莎莉讨伐队和欧菲，找到了化身龙形怪物的阿莎莉。面对来袭的阿莎莉，欧菲的声音无法传达，讨伐队成员被逐个杀死。查尔德曼与阿莎莉展开对峙，欧菲一边防御着双方的魔术，一边为了拯救阿莎莉说服查尔德曼。然而，查尔德曼最终打倒了阿莎莉。眼见怪物死去的欧菲，察觉到了一丝违和感……

　　五年前，欧菲以奇利男谢洛之名，在“牙之塔”修行。牙之塔的教师·查尔德曼指导的查尔德曼教室里，有7名学生。奇利男谢洛、哈帝亚、科米库隆、阿莎莉、蕾蒂莎、伏尔特、克尔根七人。有一天，奇利男谢洛和阿莎莉去一处废村扫墓。突然出现的袭击者，宣称自己劫走了阿莎莉。

　　欧菲和中途加入的同行者克丽奥、马吉克一起，向着牙之塔所在的塔弗雷姆市前进。一行人在途中，穿过大森林芬利尔之森。为了寻找食物，马吉克在此遇到了巫女菲耶娜。附近有龙族信仰者的隐乡“伟大的心脏”，马吉克被居民们抓住了。为了救助马吉克，欧菲与教祖麦克杜加尔对峙，并被逼入绝境……

　　与麦克杜加尔对峙的欧菲面前，突然出现了深渊龙族。欧菲被深渊龙族的魔术击中，但在菲耶娜的治愈之力下得救。明天，麦克杜加尔就要前往龙族的圣域，为了这个目的，他要牺牲菲耶娜。马吉克想要拯救菲耶娜。菲耶娜告知欧菲等人，让他们逃离隐乡……

　　欧菲为了拯救菲耶娜，要打倒麦克杜加尔。麦克杜加尔因为在基姆拉克教会发生的意外，要去龙族圣域获得力量。深渊龙族的大群逼向隐乡。因为麦克杜加尔和村民们触犯了进入深渊龙族圣域的禁忌，深渊龙族要消灭他们。于是欧菲便打算阻止深渊龙族……

　　深渊龙族之子雷奇加入了欧菲一行人。途中，一行人遭遇神秘暗杀者袭击。暗杀者的脸，和过去的欧菲，奇利男谢洛一模一样。欧菲和义姐蕾蒂莎再会，一行人到达了牙之塔所在的塔弗雷姆市。城中发生了牙之塔长老们被暗杀的事件。欧菲等人入住蕾蒂莎宅邸的当晚，在欧菲面前出现的暗杀者，竟自称为奇利男谢洛。

　　蕾蒂莎回忆起了和奇利男谢洛等人，在牙之塔时代的过去。奇利男谢洛和阿莎莉消失后的五年间，蕾蒂莎一直在等待他们归来。蕾蒂莎将自己的心声告诉欧菲。这时，收到了克丽奥被劫走的消息。欧菲为了救克丽奥，前往暗杀者所在的查尔德曼宅邸。

　　潜入查尔德曼宅邸的欧菲，开始与暗杀者的战斗。这时，暗杀者的身份终于揭开，他是天人族的遗产，杀人人形，是阿莎莉为了完成自己理想中的暗杀者，将其变化的产物。阿莎莉通过让欧菲与和奇利男谢洛相似的人形战斗，企图让他变回原来的奇利男谢洛。欧菲通过人形，开始面对过去的自己。

　　在查尔德曼宅邸的战斗中负伤的欧菲，回到蕾蒂莎宅邸休憩。夜里，欧菲被入侵宅邸的不明人物袭击。想要变强的马吉克，决定加入牙之塔。在牙之塔中，欧菲与曾经的师父，掌握牙之塔实权暗中行动的教师沃尔再会。欧菲告诫他不要对自己的伙伴下手……

　　马吉克完成了入门牙之塔的申请。欧菲等人回到了蕾蒂莎宅邸，克丽奥却被不明人物袭击。追踪袭击者的蕾蒂莎，遭遇了暗算。当晚，阿莎莉出现在欧菲面前，告诉他沃尔一派正在寻找本应在查尔德曼手中的“世界书”，查尔德曼教室的成员都被盯上了。欧菲为了主动出击，前往了沃尔等人所在的牙之塔。

　　潜入牙之塔的欧菲等人，与等候已久的沃尔·卡连的部下们展开战斗。战胜了敌人的欧菲与沃尔·卡连对峙。而后在伏尔特和阿莎莉的帮助，逮捕了沃尔一派，成功让他接受审判。阿莎莉得到了原本在查尔德曼手上的“世界书”，并告诉欧菲接下来要去基姆拉克教的总部所在的基姆拉克市……

追随阿莎莉，继续基姆拉克市之旅的欧菲一行人。在途中遭遇被怪物袭击的盗贼团男子们。欧菲等人也被怪物包围，逃入剧场内，见到了盗贼团的首领女子·剑士梅倩。她以帮助欧菲进入与魔术士敌对的基姆拉克市为条件，要求欧菲帮助她进行遗迹的探索…。

欧菲一行人决定与梅倩一同继续探索卡米斯达剧场。然而在地下却遭遇杀戮人偶的袭击，克丽奥、马吉克、梅倩被掳走。为了救出同伴，欧菲向深处前进，再次在他面前出现的杀戮人偶道出的惊人真相究竟是！？

欧菲一行人准备好前往基姆拉克，但为了防止克丽奥和马吉克遇到危险，欧菲和梅倩独自前往基姆拉克。途中得知，梅倩的目的是改革如今令人不满的体制，以及暗杀死之教师领导·科奥。与此同时，到达基姆拉克的阿莎莉也开始尝试潜入神殿街…

在城中引发骚动的欧菲等人，被一个叫拉尼欧特的男子协助，藏在了他家里。他坦白自己是王都派来的间谍，提出要帮助欧菲他们。欧菲一行和拉尼欧特打算从秘密地下通道进入基姆拉克神殿街。另一边，阿莎莉阅读了世界书，接触到世界的秘密…。

欧菲一行人从地下通道前往基姆拉克神殿街。途中意外遭遇暴洪，欧菲和克丽奥、马吉克走散…。在独自一人的欧菲面前出现的拉尼欧特，表明自己就是“死之教师内姆”，袭击了欧菲，并用狂热信徒的力量压倒了欧菲。另一边马吉克则被追来的教会神官兵包围，情急之下，慌忙发动魔法。

欧菲因第一次杀人而陷入混乱。得知经过的基姆拉克教·教主拉莫罗尼克派出了最强暗杀者科奥前往消灭欧菲。就在这时，阿莎莉烧毁了读完的世界书，独自前往基姆拉克教会神殿…。

欧菲发现马吉克无法控制魔术，就禁止他再使用魔术。然而马吉克对于始终将自己视为半吊子的欧菲，愈发不满。一行人离开地下通道，找到监牢，在那发现了被囚禁的沙鲁亚。和沙鲁亚一同突破监牢，遭遇追兵。欧菲立刻开始构成魔术，然而那个魔术…。

欧菲等人与沙鲁亚逃出地下监牢，来到神殿地下的“诗圣之间”。科奥和教会的士兵已在那埋伏。马吉克欲代替无法使用魔术的欧菲战斗，然而还是被科奥击倒。在激斗之中，诗圣之间的大门被摧毁，欧菲等人看到其中异样的景象。

被枪击中，沉到地底湖中的欧菲，在自己的意识中见到了自称伊斯特西瓦的女性和一位男性对峙的情景。阿莎莉将传送装置交给克丽奥，让他们逃走，自己跳入地底湖寻找欧菲。克丽奥逃到沙鲁亚的哥哥拉波万特家中，再遇梅倩。然而卡罗塔的魔爪已经逼近。就在这时，科奥面对违背女神意志的拉莫尼罗克，露出杀意…。

「诗圣之间」欧菲和阿莎莉与拉莫尼罗克、科奥对峙。拉莫尼罗克的真正目的，是在女神毁灭世界之前，将女神愤怒的对象·人类魔术士赶尽杀绝。拉莫尼罗克终于道出隐藏的世界真相。战斗进一步白热化，科奥的刀刃刺穿阿莎莉的身体…。

伊斯特西瓦预言的，向大陆袭来的毁灭危机，正是女神的来袭。找回自我的欧菲恢复了使用魔术的能力，与阿莎莉一同，对抗科奥。此时克丽奥、马吉克等人也赶到。被逼入绝境的科奥为了完成女神的教义，刺穿了阻挡女神的欧利欧卢的头部。之后，女神终于穿越结界…。