曾經有龍族棲息，現在是人族繁衍之地的西耶薩西馬大陸。在魔術士培養機關“牙之塔”生活的少年·奇利男謝洛，為了尋找變身龍形怪物並失踪如姐姐般的·阿莎莉，而踏上了旅程。自那之後過了五年，男子改名為歐菲，做著非法放貸的營生。有一天，歐菲與地人族博魯坎，一同對艾巴拉斯汀家大小姐實施結婚欺詐。

歐菲終於與化身龍形怪物的阿莎莉見面，然而卻讓她逃走了。歐菲從曾經的師父·查爾德曼處得知五年前阿莎莉變身龍形怪物的原因。是因為使用了古代遺產·巴魯多安德魯斯之劍的魔術實驗遭遇失敗而起。為了消滅阿莎莉而前往追踪的查爾德曼等人，與歐菲同行。歐菲下定決心，就算拼上性命，也要保護阿莎莉。

查爾德曼率領的阿莎莉討伐隊和歐菲，找到了化身龍形怪物的阿莎莉。面對來襲的阿莎莉，歐菲的聲音無法傳達，討伐隊成員被逐個殺死。查爾德曼與阿莎莉展開對峙，歐菲一邊防禦著雙方的魔術，一邊為了拯救阿莎莉說服查爾德曼。然而，查爾德曼最終打倒了阿莎莉。眼見怪物死去的歐菲，察覺到了一絲違和感……

五年前，歐菲以奇利男謝洛之名，在“牙之塔”修行。牙之塔的教師·查爾德曼指導的查爾德曼教室裡，有7名學生。奇利男謝洛、哈帝亞、科米庫隆、阿莎莉、蕾蒂莎、伏爾特、克爾根七人。有一天，奇利男謝洛和阿莎莉去一處廢村掃墓。突然出現的襲擊者，宣稱自己劫走了阿莎莉。

歐菲和中途加入的同行者克麗奧、馬吉克一起，向著牙之塔所在的塔弗雷姆市前進。一行人在途中，穿過大森林芬利爾之森。為了尋找食物，馬吉克在此遇到了巫女菲耶娜。附近有龍族信仰者的隱鄉“偉大的心臟”，馬吉克被居民們抓住了。為了救助馬吉克，歐菲與教祖麥克杜加爾對峙，並被逼入絕境……

與麥克杜加爾對峙的歐菲面前，突然出現了深淵龍族。歐菲被深淵龍族的魔術擊中，但在菲耶娜的治愈之力下得救。明天，麥克杜加爾就要前往龍族的聖域，為了這個目的，他要犧牲菲耶娜。馬吉克想要拯救菲耶娜。菲耶娜告知歐菲等人，讓他們逃離隱鄉……

歐菲為了拯救菲耶娜，要打倒麥克杜加爾。麥克杜加爾因為在基姆拉克教會發生的意外，要去龍族聖域獲得力量。深淵龍族的大群逼向隱鄉。因為麥克杜加爾和村民們觸犯了進入深淵龍族聖域的禁忌，深淵龍族要消滅他們。於是歐菲便打算阻止深淵龍族……

深淵龍族之子雷奇加入了歐菲一行人。途中，一行人遭遇神秘暗殺者襲擊。暗殺者的臉，和過去的歐菲，奇利男謝洛一模一樣。歐菲和義姐蕾蒂莎再會，一行人到達了牙之塔所在的塔弗雷姆市。城中發生了牙之塔長老們被暗殺的事件。歐菲等人入住蕾蒂莎宅邸的當晚，在歐菲面前出現的暗殺者，竟自稱為奇利男謝洛。

蕾蒂莎回憶起了和奇利男謝洛等人，在牙之塔時代的過去。奇利男謝洛和阿莎莉消失後的五年間，蕾蒂莎一直在等待他們歸來。蕾蒂莎將自己的心聲告訴歐菲。這時，收到了克麗奧被劫走的消息。歐菲為了救克麗奧，前往暗殺者所在的查爾德曼宅邸。

潛入查爾德曼宅邸的歐菲，開始與暗殺者的戰鬥。這時，暗殺者的身份終於揭開，他是天人族的遺產，殺人人形，是阿莎莉為了完成自己理想中的暗殺者，將其變化的產物。阿莎莉通過讓歐菲與和奇利男謝洛相似的人形戰鬥，企圖讓他變回原來的奇利男謝洛。歐菲通過人形，開始面對過去的自己。

在查爾德曼宅邸的戰鬥中負傷的歐菲，回到蕾蒂莎宅邸休憩。夜裡，歐菲被入侵宅邸的不明人物襲擊。想要變強的馬吉克，決定加入牙之塔。在牙之塔中，歐菲與曾經的師父，掌握牙之塔實權暗中行動的教師沃爾再會。歐菲告誡他不要對自己的伙伴下手……

馬吉克完成了入門牙之塔的申請。歐菲等人回到了蕾蒂莎宅邸，克麗奧卻被不明人物襲擊。追踪襲擊者的蕾蒂莎，遭遇了暗算。當晚，阿莎莉出現在歐菲面前，告訴他沃爾一派正在尋找本應在查爾德曼手中的“世界書”，查爾德曼教室的成員都被盯上了。歐菲為了主動出擊，前往了沃爾等人所在的牙之塔。

潛入牙之塔的歐菲等人，與等候已久的沃爾·卡連的部下們展開戰鬥。戰勝了敵人的歐菲與沃爾·卡連對峙。而後在伏爾特和阿莎莉的幫助，逮捕了沃爾一派，成功讓他接受審判。阿莎莉得到了原本在查爾德曼手上的“世界書”，並告訴歐菲接下來要去基姆拉克教的總部所在的基姆拉克市……

追隨阿莎莉，繼續基姆拉克市之旅的歐菲一行人。在途中遭遇被怪物襲擊的盜賊團男子們。歐菲等人也被怪物包圍，逃入劇場內，見到了盜賊團的首領女子·劍士梅倩。她以幫助歐菲進入與魔術士敵對的基姆拉克市為條件，要求歐菲幫助她進行遺蹟的探索…。

歐菲一行人決定與梅倩一同繼續探索卡米斯達劇場。然而在地下卻遭遇殺戮人偶的襲擊，克麗奧、馬吉克、梅倩被擄走。為了救出同伴，歐菲向深處前進，再次在他面前出現的殺戮人偶道出的驚人真相究竟是！？

歐菲一行人準備好前往基姆拉克，但為了防止克麗奧和馬吉克遇到危險，歐菲和梅倩獨自前往基姆拉克。途中得知，梅倩的目的是改革如今令人不滿的體制，以及暗殺死之教師領導·科奧。與此同時，到達基姆拉克的阿莎莉也開始嘗試潛入神殿街…

在城中引發騷動的歐菲等人，被一個叫拉尼歐特的男子協助，藏在了他家裡。他坦白自己是王都派來的間諜，提出要幫助歐菲他們。歐菲一行和拉尼歐特打算從秘密地下通道進入基姆拉克神殿街。另一邊，阿莎莉閱讀了世界書，接觸到世界的秘密…。

歐菲一行人從地下通道前往基姆拉克神殿街。途中意外遭遇暴洪，歐菲和克麗奧、馬吉克走散…。在獨自一人的歐菲面前出現的拉尼歐特，表明自己就是“死之教師內姆”，襲擊了歐菲，並用狂熱信徒的力量壓倒了歐菲。另一邊馬吉克則被追來的教會神官兵包圍，情急之下，慌忙發動魔法。

歐菲因第一次殺人而陷入混亂。得知經過的基姆拉克教·教主拉莫羅尼克派出了最強暗殺者科奧前往消滅歐菲。就在這時，阿莎莉燒毀了讀完的世界書，獨自前往基姆拉克教會神殿…。

歐菲發現馬吉克無法控制魔術，就禁止他再使用魔術。然而馬吉克對於始終將自己視為半吊子的歐菲，愈發不滿。一行人離開地下通道，找到監牢，在那發現了被囚禁的沙魯亞。和沙魯亞一同突破監牢，遭遇追兵。歐菲立刻開始構成魔術，然而那個魔術…。

歐菲等人與沙魯亞逃出地下監牢，來到神殿地下的“詩聖之間”。科奧和教會的士兵已在那埋伏。馬吉克欲代替無法使用魔術的歐菲戰鬥，然而還是被科奧擊倒。在激鬥之中，詩聖之間的大門被摧毀，歐菲等人看到其中異樣的景象。

被槍擊中，沉到地底湖中的歐菲，在自己的意識中見到了自稱伊斯特西瓦的女性和一位男性對峙的情景。阿莎莉將傳送裝置交給克麗奧，讓他們逃走，自己跳入地底湖尋找歐菲。克麗奧逃到沙魯亞的哥哥拉波萬特家中，再遇梅倩。然而卡羅塔的魔爪已經逼近。就在這時，科奧面對違背女神意志的拉莫尼羅克，露出殺意…。

「詩聖之間」歐菲和阿莎莉與拉莫尼羅克、科奧對峙。拉莫尼羅克的真正目的，是在女神毀滅世界之前，將女神憤怒的對象·人類魔術士趕盡殺絕。拉莫尼羅克終於道出隱藏的世界真相。戰鬥進一步白熱化，科奧的刀刃刺穿阿莎莉的身體…。

伊斯特西瓦預言的，向大陸襲來的毀滅危機，正是女神的來襲。找回自我的歐菲恢復了使用魔術的能力，與阿莎莉一同，對抗科奧。此時克麗奧、馬吉克等人也趕到。被逼入絕境的科奧為了完成女神的教義，刺穿了阻擋女神的歐利歐盧的頭部。之後，女神終於穿越結界…。