데와노스케 사건 이후 부란도는 실패를 거듭한다. 그는 결국 하바키에 의해 독방에 감금되고, 정신이 나가버린다. 하지만 그 광기의 결과, 부란도는 불멸 실험에서 중요한 것을 얻게 된다. 즉, 사람은 기본적으로 수달이라는 것이다. 한편, 린과 도우아는 붙잡힌 만지와 이사쿠를 구출하기 위해 에도 성에 잠입하기로 결의한다.

하바키는 에도 성에서 저지른 실수로 인해 관료장의 자리에서 해임된다. 그래도 그는 일도류를 괴멸하기 위해 록키단을 이끌고 토벌에 나선다. 그러나 관료장의 자리를 이어받은 우겐은 일도류가 에도를 얌전히 떠난다면 토벌하지 않겠다고 한다. 또한 합의가 무산되지 않도록 하바키의 처자식을 인질로 잡게 된다.

린과 만지는 카게히사를 쫓지만, 시라의 습격으로 린이 납치된다. 린을 구출하러 간 만지는 거기서 시라뿐만 아니라 렌조와도 재회한다. 만지는 린을 구하기 위해 시라와 대결한다. 그러나 놀랍게도 만지를 벤 것은 잃어버린 것이 확실했던 시라의 왼팔이었다.

록키단의 아라시노, 핫슈, 무라사키가 선봉으로 일도류와 격돌한다. 주요 인물인 아바야마는 제자들의 도움으로 달아난다. 한편, 아바야마는 하바키에게 힘을 보태기 위해 쫓아온 기이치, 하쿠린과 맞선다.

마치 무엇에 이끌리기라도 한 듯 일도류, 록키단, 그리고 만지와 린은 나카미나토에 집결한다. 모두 각각의 의도를 찰나의 검에 실어 최후의 사생결단을 시작한다. 혼돈 속에서 속이고 압도하고 춤춘다. 최강끼리의 불꽃 튀는 최종 결전. 마지막에 웃는 것은…

집결한 사람들의 목숨이 차례로 스러진다. 남은 이들도 만신창이가 됐지만 그래도 검을 들고 자신의 신념을 위해 서로 맞붙는다. 마지막까지 남는 자는... 그리고 복수의 행방은… 무한을 사는 남자와 한정된 목숨을 불사르는 살아 있는 사람들의 이야기가 여기서 막을 내린다.