江户时代。凛身为町道场的女儿，为了替被杀的父母讨回公道展开寻仇之旅。凛找来别名是百人斩，身为不死之身的万次当她沿路的保镳。她锁定的寻仇对象是她极为憎恨的逸刀流统主天津影久。于是这场永生的男子和决定为报复而活的少女的旅程就此展开。

凛宣告在寻仇之旅上要去见父亲的画师朋友宗理。宗理表示无法帮上忙，但提供了资金给她。预算充足但是没有线索的凛，在附近的铁匠那里发现父亲被偷的剑。可是那把剑的持有者是逸刀流的剑客〝凶戴斗〞。

万次在等待凛时，一名卖笑女上前攀谈。万次当下就识破她的圈套，不过仍配合她。但这个自称为逸刀流剑客的女子乙橘槙绘实力似乎太弱。但在万次放过她一马后，槙绘再次现身时头发和眼睛都改变了。

凛想增强自己的实力，于是拜托万次训练她，不过她的实力仍远远比不上万次，更别提要与逸刀流较量。心情低落的凛被声音吸引，发现一个独自在训练的男子。凛心想〝总有一天也要变得像他一样〞，凛看到那个男子的脸后大为吃惊。他正是宿敌逸刀流的统主，天津影久。

凛与影久邂逅不禁腿软。凛左思右想理不清头绪，此时一名和尚现身接近她和保镳万次。这名和尚自称是逸刀流的〝闲马永空〞。他与万次比武，不过很快地就被万次杀死。可是明明已死的闲马竟然再次站了起来，伤口也已修复。原来闲马与万次同为不死之身。

凛前往观赏祭典，遇到意气风发的少年练造。万次在面具屋与新夜发生冲突，剑拔弩张，此时新夜的儿子练造前来化解彼此的杀气，随后新夜和练造便离去了。凛在万次背后观看，不知为何用惊愕和憎恶的眼神持续关注新夜的身姿。

逸刀流被委托在幕府的讲剑所任教，而商讨该派谁出任指导师傅。他们的目标是使逸刀流的剑享誉世间。凶戴斗发誓要实现那个愿景，不过他决定离开天津影久的身边。与此同时，各地的逸刀流干部开始被锁定，连凶也不例外。

万次和凛为了暗杀天津影久，找来四个无骸流的人，他们自称有影久的情报。凛握有独家情报，在远离江户的街道埋伏，她和尸良在影久逃亡时围攻他。

伪一告诉凛影久的住处，不过凛和万次成为无差别凶杀案的嫌犯。碍于嫌犯不能通过关口，可是多亏凛从前认识的女佣大展手段，她独自前往一个村子，协助从关口偷渡。

万次想追上凛，不过没有路条。此时宗理和凶出现在万次面前。宗理告诉万次他有办法拿到无限多的路条，可是有一个条件。另一方面，百琳和真理路再次推敲暗杀影久的计划时，白发独臂的尸良现身。

万次和凶因为彼此的目的不谋而合顺势同行，遭到秃头的男人们袭击。万次因疼痛呻吟着，此时尸良从背后出现，砍下他的手臂。尸良对身体进行一番改造，期盼与万次再次决斗。可是凶挡在尸良眼前，因为尸良曾杀死对凶而言很重要的女人。

凛为了追捕影久前往加贺，碰巧被影久拯救。被心形唐流追杀的影久和凛一起行动，凛在途中开始对死敌影久另眼相看。

政府虐杀了逸刀流的成员。影久秘密聚集了剩下的逸刀流成员，发誓向政府报复。伪一邀请万次加入无骸流，不过被他婉拒，双方因而挥剑相杀。由于伪一武器坏掉而停战，不过万次决定去见无骸流的首领吐。

吐出招让万次被关在地牢。吐找来医师绫目步兰人，打算解开不死的谜。步兰人以医术发展之名对万次的身体动刀。此时，凛在等万次回来之际被卷入瞳阿和夷作奇怪的共同生活，他们在找住宿的地方。

步兰人在人体实验中将万次的左腕成功移植到实验对象出羽介身上。在此之后的实验接连成功。可是吐对步兰人施加压力，想看到更多成果。吐使出刀刃逼近还未完成不死化的出羽介。凛在寻找万次的途中遇到瞳阿和夷作。此时瞳阿撞倒的的官员上前。

在出羽介的事件后步兰人接连失败。最终被吐单独监禁在禁闭室而发狂。但是因为那样发狂错乱，步兰人从不死实验中获得重要的大事。人类基本上如同水獭。另一方面，凛和瞳阿为了救出被包围的万次救和夷作，决心侵入江户城。

万次和凛终于再次相会。可是以吐为首的强敌在地牢阻止凛和万次逃出。此时瞳阿与原先认定已死的夷作现身帮忙。地牢开始崩坏。眼看就要逃出之际，意外的人物出现在凛和万次面前。并且，步兰人从实验结果得到的解答。

吐因为江户城的失败而失去首领地位。尽管如此，为了歼灭逸刀流，他带领六鬼团加以讨伐。可是新首领英，认为逸刀流因为已放逐江户，决定不加以责难。反之，为了确保吐不违反规定，选择让吐的妻小成为人质。

吐率领六鬼团追杀逸刀流。凛和万次听闻后决定加入追杀逸刀流的行列。不论谁离开江户，追杀逸刀流，以天津影久为首的四人干部都不见踪影。然后在深夜时分，影久等四人站在江户城的大手门前。

凛和万次追赶着影久，不过他们被尸良袭击，凛被掳走。万次为了救她，不仅见到尸良，还与练造再次相见。万次为了帮助凛与尸良搏斗。可是不可思议的是划伤万次的竟然是尸良应该已不见的左腕。

万次与尸良在生死搏斗后负伤入睡。练造拿刀打算趁机杀了万次，不过被凛等人劝退。与此同时，吐知道江户城遇袭后大为愤怒。在缺乏领导者下，吐仍持续追杀逸刀流。结果逸刀流的一员进入山中的村落。吐的女儿燎为了帮助父亲，试图征服他。

六鬼团的荒筱、八宗、丛笑作为先锋与逸刀流发生剧烈冲突。不过重要的阿叶山被门生们被放跑。另一方面，硬被放跑的阿叶山与替吐效力的伪一、百琳对峙。

逸刀流、六鬼团，以及万次和凛仿佛被引导般地集结在那珂凑。各方将动机施加在剑上，开始最后的相互扼杀。欺骗、镇压、乱舞。顶尖高手间的最后决战火花四射。最后获胜的是……