에도 시대. 무술 도장의 딸인 린은 살해된 부모의 원수를 갚기 위해 여행을 떠난다. 여행의 호위 역으로 선택한 것은 '100인 살해'라는 별명을 가진 불사신, 만지였다. 린이 노리는 것은 증오해 마지않는 일도류의 수장, 아노츠 카게히사다. 무한의 시간을 사는 남자와 복수를 위해 살기로 한 소녀가 함께하는 여행의 막이 오른다.

린은 복수의 여행 중에 아버지의 친구였던 소우리라는 화가를 만나러 가겠다고 한다. 소우리는 린에게 힘을 보태지 못하는 대신 자금을 제공해준다. 이제 주머니가 두둑해졌지만 실마리가 부족했던 린은 도난당한 것이 분명한 아버지의 검을 대장간에서 찾게 되는데, 그 주인은 일도류의 검사인 마가츠 타이토였다.

린을 기다리던 만지에게 한 매춘부가 접근한다. 만지는 매춘부의 속셈을 간파하지만 그 여자의 초대를 받아들인다. 하지만 일도류의 검사를 자처한 오토노타치바나 마키에는 일도류라고 생각할 수 없을 만큼 약한 모습이다. 목숨을 부지한 마키에는 후에 눈과 머리를 바꾸고 만지 앞에 다시 나타난다.

린은 자신도 강해지고 싶다며 만지에게 훈련을 받지만, 그 실력은 일도류는커녕 만지에게도 훨씬 못 미친다. 침울해진 린은 어떤 소리에 이끌려 갔다가 혼자 연습하는 남자를 보게 된다. '언젠가는 나도 저렇게 돼야지' 하고 생각한 린은 남자의 얼굴을 보고 경악한다. 그 남자는 자신의 원수인 일도류의 수장, 아노츠 카게히사였다.

카게히사를 본 후, 린은 무릎에서 힘이 쭉 빠져버린다. 자신의 상황을 두고 생각에 빠진 린과 그 모습을 지켜보는 만차 앞에 한 승려가 나타난다. 그 승려는 일도류의 시즈마 에이쿠였고 만지와 검을 겨루지만 금세 베어지고 만다. 그러나 치명상이 확실함에도 시즈마는 다시 일어서고 그의 상처는 저절로 치유된다. 시즈마는 만지와 같이 '불멸'의 신체를 가진 사람이었다.

축제를 보러 온 린은 렌조라는 건방진 소년과 만난다. 가면 가게에서 만지와 아라야 사이에 험악한 분위기가 조성되지만, 아라야의 아들인 렌조가 나타나자 적대감이 누그러진다. 아라야와 렌조는 떠나가고, 만지 뒤에서 그것을 지켜보던 린은 경악과 증오에 찬 눈으로 아라야를 계속 노려본다.

일도류를 막부의 검술 사범으로 임명하자는 논의가 시작된다. 일도류의 검을 세상에 알리도록 하는 것이다. 마가츠 타이토는 그 비원을 실현하기로 맹세하지만, 아노츠 카게히사의 곁을 떠나기로 한다. 그리고 같은 시기, 각지에서 일도류의 간부들이 표적이 되기 시작한다. 그 칼끝은 마가츠에게도 향하고 있다.

만지와 린은 아노츠 카게히사를 암살하기 위해, 카게히사의 정보를 가진, 자칭 무해류라는 네 사람과 손잡게 된다. 에도에서 나오는 길목에 매복해서, 린밖에 모르는 정보를 바탕으로, 시라와 린은 달아나는 카게히사에게 육박한다.

린은 기이치로부터 카게히사의 행방을 알게 되지만, 만지와 함께 무차별 살해 혐의를 받게 된다. 용의자는 검문소를 통과할 수 없다. 그러나 린은 아는 여인숙의 하녀 덕분에 대응책을 강구하고, 검문소를 통과하는 데 도움을 얻을 수 있는 마을로 혼자 향한다.

린은 기이치로부터 카게히사의 행방을 알게 되지만, 만지와 함께 무차별 살해 혐의를 받게 된다. 용의자는 검문소를 통과할 수 없다. 그러나 린은 아는 여인숙의 하녀 덕분에 대응책을 강구하고, 검문소를 통과하는 데 도움을 얻을 수 있는 마을로 혼자 향한다.

각자의 목적을 위해 여행의 동반자가 된 만지와 마가츠는 한 무리의 대머리 남자들에게 습격당한다. 고통에 신음하는 만지의 뒤로 다가간 시라에 의해 만지의 팔이 떨어진다. 시라는 자신의 육체를 개조하고 만지와 재대결하기를 원했다. 그러나 시라의 손에 소중한 여자를 잃은 마가츠가 시라를 가로막는다.

카게히사를 쫓아 가가로 향하다가 쓰러진 린은 다른 누구도 아닌 카게히사에게 구해진다. 그리고 심형당류에게 쫓기는 카게히사와 행동을 같이하게 된다. 그러면서 린은 원수인 카게히사를 한 사람의 인간으로서 마주한다.

카게히사를 쫓아 가가로 향하다가 쓰러진 린은 다른 누구도 아닌 카게히사에게 구해진다. 그리고 심형당류에게 쫓기는 카게히사와 행동을 같이하게 된다. 그러면서 린은 원수인 카게히사를 한 사람의 인간으로서 마주한다.

하바키의 계략으로 만지는 지하 감옥에 갇힌다. 하바키는 의사인 아야메 부란도를 이용해서 불멸의 수수께끼를 풀고자 한다. 의술의 발전을 위해 부란도는 만지의 몸에 칼을 댄다. 그 당시 만지의 귀가를 기다리던 린은 숙소를 찾고 있던 도우아와 이사쿠에게 휘말려 이상한 공동생활을 하게 된다.

부란도는 만지의 왼팔을 실험체인 데와노스케에게 이식하는 데 성공한다. 그것을 시작으로 실험은 계속해서 성공하지만 하바키는 부란도를 몰아붙이며 결과를 재촉한다. 그리고 불완전하게 불사의 몸이 된 데와노스케에게 하바키의 검이 다가온다. 만지를 찾던 린은 거리에서 도우아, 이사쿠와 합류한다. 거기에 도우아가 예전에 때려눕힌 관료가 접근한다.

데와노스케 사건 이후 부란도는 실패를 거듭한다. 그는 결국 하바키에 의해 독방에 감금되고, 정신이 나가버린다. 하지만 그 광기의 결과, 부란도는 불멸 실험에서 중요한 것을 얻게 된다. 즉, 사람은 기본적으로 수달이라는 것이다. 한편, 린과 도우아는 붙잡힌 만지와 이사쿠를 구출하기 위해 에도 성에 잠입하기로 결의한다.

만지와 린은 마침내 재회한다. 그러나 지하 감옥에는 하바키라는 강적이 있었고, 도우아와 함께 린과 만지의 탈출을 막기 위해 지원군으로 나타난 것은 죽은 줄로만 알았던 이사쿠였다. 붕괴하기 시작한 지하 감옥에서 탈출이 가까워졌을 때 의외의 인물이 린과 만지 앞에 나타난다. 그리고 정신 나간 실험 끝에 부란도가 도달한 해답은…

하바키는 에도 성에서 저지른 실수로 인해 관료장의 자리에서 해임된다. 그래도 그는 일도류를 괴멸하기 위해 록키단을 이끌고 토벌에 나선다. 그러나 관료장의 자리를 이어받은 우겐은 일도류가 에도를 얌전히 떠난다면 토벌하지 않겠다고 한다. 또한 합의가 무산되지 않도록 하바키의 처자식을 인질로 잡게 된다.

일도류는 하바키가 이끄는 록키단에게 쫓긴다. 그 이야기를 듣고 린과 만지는 일도류를 쫓기로 한다. 모두 에도를 떠나 일도류를 쫓는 가운데, 아노츠 카게히사를 포함한 간부 네 명의 모습은 보이지 않는다. 그리고 늦은 밤, 카게히사와 다른 세 명은 에도 성의 성문 앞에 서 있다.

린과 만지는 카게히사를 쫓지만, 시라의 습격으로 린이 납치된다. 린을 구출하러 간 만지는 거기서 시라뿐만 아니라 렌조와도 재회한다. 만지는 린을 구하기 위해 시라와 대결한다. 그러나 놀랍게도 만지를 벤 것은 잃어버린 것이 확실했던 시라의 왼팔이었다.

만지는 시라와의 사투로 쓰러진다. 거기서 렌조가 칼을 들고 만지를 죽이려 하지만 린 일행이 설득한다. 그 무렵, 하바키는 에도 성 습격을 알고는 분개한다. 하바키는 수장이 빠진 일도류를 계속 추격하려 한다. 그런 가운데, 일도류 한 사람이 산마을로 들어간다. 하바키의 딸, 료는 그를 제압해서 아버지를 도우려 한다.

록키단의 아라시노, 핫슈, 무라사키가 선봉으로 일도류와 격돌한다. 주요 인물인 아바야마는 제자들의 도움으로 달아난다. 한편, 아바야마는 하바키에게 힘을 보태기 위해 쫓아온 기이치, 하쿠린과 맞선다.

마치 무엇에 이끌리기라도 한 듯 일도류, 록키단, 그리고 만지와 린은 나카미나토에 집결한다. 모두 각각의 의도를 찰나의 검에 실어 최후의 사생결단을 시작한다. 혼돈 속에서 속이고 압도하고 춤춘다. 최강끼리의 불꽃 튀는 최종 결전. 마지막에 웃는 것은…

집결한 사람들의 목숨이 차례로 스러진다. 남은 이들도 만신창이가 됐지만 그래도 검을 들고 자신의 신념을 위해 서로 맞붙는다. 마지막까지 남는 자는... 그리고 복수의 행방은… 무한을 사는 남자와 한정된 목숨을 불사르는 살아 있는 사람들의 이야기가 여기서 막을 내린다.