2014년의 도쿄. 지극히 평범한 고교생, 나츠메 아키라는 어느날, 교통사고를 당하고 만다.눈을 떠보니 그곳은 2030년 도쿄만에 떠 있는 밀수조직의 배 안에서 뇌만의 모습이 되어 있었다.혼란스러운 아키라였지만, 경찰관 우에조노 미와 안드로이드의 아르마와 함께, 수수께끼의 병기 「EX-ARM」을 노리는 적의 공격을 받아 대위기!

사아에 의해 거의 강제로 경시청 엑스암 대책과에 들어가 버린 아키라.당황하면서도 도내에서 자폭 테러 사건이 차례차례로 발생해, 아키라도 그 원인을 찾게 된다.그런 가운데, 폭파 테러 현장의 옆에서 코하루라고 하는 소녀와 만나, 코하루도 테러의 희생이 될 것 같이! 아키라는 대책과의 멤버와 제휴하고, 범인을 찾는 것이었다.

아키라들 대책과 일동은 일본에 망명 중인 무안지공화국 전 대통령 제이슨 모라우가 갖고 있는 엑스팔을 회수하기 위해 모라우의 저택이 있는 경제특구로 향한다.

그러나 모라우의 안드로이드 엘미라가 2각 전차를 타고 나타나 엑스암으로 보이는 능력으로 그 앞길을 가로막는다.대상물을 소실시키는 엘미라의 공격에 맞설 수 없는 대책과, 싸울 길도 없는 아키라.거기에 사아가 보낸 추가 장비가 도착한다.

이리타니 중공이 개발한 전투용 보디, 오거에 접속한 아키라.처음으로 접속함에도 불구하고, 자유자재로 오거가를 제어해, 엘미라의 2각전차에 반격을 개시한다.

싸우는 것만이 존재의미라는 엘미라의 말에 잃었던 기억을 되살린 아키라는 오가 그대로 폭주하며 경이적인 힘으로 엘미라와 모라우를 쓰러뜨린다.그런데도 폭주가 가라앉지 않는 아키라를, 미와와 알마가 제정신으로 되돌리는 것이었다.

동급생의 미나미나 전학생의 아루마, 대책과의 면면과 펼쳐지는 청춘 학원 드라마--그것은 아키라의 의식이 만들어 낸 가상 공간. 아키라의 기억을 되살리려고, 가상 공간에 숨어들어 아키라의 잠재의식에 다가서는 대책과 일동, 그리고 몰래 개입하는 「유구」.

거기서 아키라는 과거 도쿄를 무너뜨렸던 엑스암 넘버 일레븐을 단 자신을 쏙 빼닮은 베타와 대치한다.아키라는 베타야말로 모든 재앙의 뿌리임을 강하게 느낀다.

옥쇼니아라고 자칭하는 수수께끼의 인물에 의해서, 엑스 암의 옥션이 개최된다.회장의 메가 플로트에는, 넘버 일레븐을 포함한 익스암을 요구해 온 세계로부터 어둠의 조직이 차례차례 모여 온다.

아키라들 대책과는 정부의 요청으로 일본 어둠사회의 돈, 인국사를 호위하며 잠입수사에 나서지만, 인국사는 벌써부터 조직간 패싸움에 휘말린다.전투 중 의식을 잃은 아키라가 깨어나자 그곳에는 옥쇼니아가 있다.

미나미는, 가족을 잃은 사건에 니코쿠사가 관련되어 있는 것을 알고, 진상을 요구해 알자드에게.알자드 역시 인국사에 가족을 빼앗겨 복수의 기회를 노리고 있었다.니코쿠샤를 호위하는 입장의 미나미는 알자드와 적대하지만, 알자드의 휘하에는 인공지능을 고쳐 쓴 알마, 심지어는 죽었을 동생 창진이 있었다.

한편, 곤도나 실체화한 유구들 역시 전투 중.각지 혼란한 가운데, 「베타」의 아나운스가 울려퍼진다.

니코쿠사를 인질로 잡은 베타의 권유로 스타디움에 모인 대책과, 알자드, 무기상 응우옌, 그리고 일레븐을 장착한 오크셔니어.

각자의 생각이 엇갈리는 가운데 아키라는 베타의 네트워크에 침입해 베타가 자신과 같은 엑스암00임을 알게 된다.니코쿠사를 해방한 아키라는 다시 경기장으로 돌아오지만 일본 국방군의 다전차가 투하돼 대책과도 모두 지우려는 공격을 퍼붓는다.

복수심에 사로잡혀 있던 알자드이지만, 최후에는 몸을 나타내며 미파를 지켜 숨이 끊어진다.

아르마도 원래대로 돌아와, 안심한 것도 잠시, 익스암 보유자로 아직도 복수심에 사로잡혀 있는 소마, 다각전차까지 납치한 베타가 아키라들의 앞을 가로막고, 절망적인 국면에. 거기에, 기다리고 있던 오가 투입된다.

모두의 협력으로 싸울 힘을 얻은 아키라는 소중한 사람들을 지키기 위해 싸울 결의를 다진다.

압도적인 힘을 보이는 오거지만, 베타는 모든 기계를 수중에 넣어 거대화 해, 대항한다.한편 알마는, 소마와의 전쟁 속에서, 안드로이드의 범주를 넘은 의지를 내비친다.그 무렵 콘도들은 니코쿠샤를 데리고 섬 밖으로 도망쳐 있었다.

점점 치열해지는 오거와 베타의 싸움에서 오크셔니아는 아키라의 오빠임을 밝히고, 스스로도 관련된 α와 β가 태어난 과거를 말한다.

The only way to beat the giant Beta is via direct attack to the brain, forcing Ogre into a very perilous situation. Auctioneer risks his life to locate the brain, and Ogre uses Number 11 to take it out and defeat Beta. He reunites with the Squad and celebrates, but his joy would be short-lived.

Akira has returned alive after defeating Beta, but soon Tokyo is targeted by a large-scale hacking attack. He dives into the network along with Ygg’s clones to figure out the cause, and fights the enemies within, but in the meantime the hacking spreads to the entire world. It takes over military bases and fires a volley of ICBMs, seeking to destroy the entire world. In order to save humanity, Akira makes a decision born of love.