浅草は校内であやしげなロボットの痕跡を発見し、追跡を開始する。たどり着いた先にいたのは何やらロボットの作動テストが行う生徒たち。その中にはなぜか金森と水崎の姿もあった。実はロボット研究部から、文化祭で上映するロボットアニメを作ってほしいという依頼があったのだという。テーマは「ロボット対怪獣」だ。映像研の３人は作品のヒントを探して、芝浜高校創立前から存在するという不気味な地下空間にロケハンに向かう。