適逢德川家康利用忍者決定將軍的繼承人選，家康決定讓本是宿敵的兩大忍術宗家－甲賀流和伊賀流，分別派出10名最優秀忍者，進行一場生死對決，最後的生還者可享千年榮祿，所支持的一方繼承人也將繼承將軍的名號。然而殊不知，兩家首領為了雙方孫兒們的戀情早有和解之意，然而宿命終歸不是人能掌握。

就在分別身為甲賀流和伊賀流之人的弦之介與朧約會之際，前來尋找朧的伊賀眾人欲勸朧回去，就在此時，眾人遇到爭鬥不休的丈助和臘齋老，伊賀眾人在從丈助那裡的首領捲軸中得知兩家已經解除不戰之約，而後伊賀眾人假意邀請身為甲賀流的弦之介和丈助到伊賀一遊。捲軸傳回伊賀後，眾人得知雙方首領已死的消息，至此，兩家的戰爭也正式拉開。

尚不知實情的弦之介、朧和丈助三人依舊沉浸在和解的假像中，酒宴過後，朱絹將酒醉的丈助關入牢房，趁夜想取丈助性命的朱絹來到牢房，卻見裡面空無一人，就在與察覺惡意的丈助陷入惡戰時，被趕來的朧阻止。隨後朧發現陣五郎想要刺殺弦之介，為了懲罰陣五郎朧使用了破幻之眼，急需水的陣五郎遇到丈助，丈助察覺他想刺殺弦之介後對其進行逼問，不料反被其殺。

甲賀的眾人因擔憂弦之介派胡夷前往查看，而弦之介尚不知丈助已死。伊賀流天膳等5人假借使者之名來到甲賀，欲將甲賀眾一舉殲滅，不料甲賀早有準備……另一邊，前往伊賀鍔隱的胡夷半途遇到伊賀的可疑之人，而弦之介也察覺到不妥，希望朧能派人去甲賀確認丈助是否已經回去，而朧也因知曉伊賀眾人的意圖開始擔憂丈助的安危。

認為甲賀眾已知曉伊賀行蹤的天膳5人，欲趕回伊賀擊殺弦之介，途中卻遇到甲賀的胡夷，天膳料胡夷尚不知情打算將她騙到伊賀，然而警覺的胡夷說要先回甲賀詢問，卻被念鬼所擒。而另一邊，猜測到已經解除不戰之約的甲賀眾派出左衛門和刑部前往伏擊夜叉丸，從夜叉丸口中得知全部事情，因擔憂弦之介，左衛門假冒夜叉丸欲往伊賀。

臘齋老前往逼問胡夷說出甲賀十人眾的忍術，因貪戀胡夷美色而正中胡夷下懷，被胡夷吸乾血液而死。而易容成夜叉丸的左衛門到達伊賀後，被螢火認作是真的夜叉丸，並從螢火口中得知首領與將監已死的消息。另一邊，返回伊賀的天膳也將於甲賀已經解除不戰之約的消息告知了朧。

因垂涎胡夷美色，陣五郎中了胡夷的圈套，憑藉特殊的體質逃過一劫，正欲逃離的胡夷遇到前來的念鬼，本想故技重施，不想中了念鬼的忍術。易容成夜叉丸的左衛門要求螢火帶其去見妹妹胡夷，不料看到胡夷被念鬼所殺。正欲找尋弦之介的左衛門不料碰上了朧，被朧的「破幻之眼」看破忍術而逃，與刑部找到弦之介，告知了全部事情。

看到胡夷死狀的朧因擔憂弦之介的安危，趕往其住所，卻目睹弦之介使敵人自滅的力量，欲殺弦之介的小四郎，不料卻因朧的阻撓中了弦之介的瞳術以致重傷，面對冷淡離去的弦之介，朧傷心不已。天膳告知朧天正年間甲賀趁織田襲擊伊賀時所做的作為，要朧帶領伊賀與甲賀戰鬥。

駿府內，響八郎向家康報告了伊賀與甲賀從解除不戰之約開始雙方的交戰與死亡名單，聽後家康等人均為雙方忍術之戰的妖異及激烈感到讚歎。而就在雙方爭鬥不休之時，駿府內也同樣處於爭鬥尖峰，雙方繼承人的支持者也頻頻向對方暗中出擊。

小四郎重傷後，朧想起祖母的話，認為自己的雙眼可能會成為將伊賀逼入絕境的元兇，為此，朧用七夜盲將自己的眼睛封了起來。而後，甲賀流送還了人名帖，還有弦之介的戰書。弦之介想要利用此舉引誘伊賀眾前來，念鬼為了煞天膳的傲氣，想要在此立下功勞，便獨自一人想要殺了弦之介，不料卻中了豹馬的瞳術。

左衛門追趕趕回伊賀的螢火無果而返，看到被自己的毛髮緊勒致死的念鬼，想起妹妹胡夷的慘死，不由恨由心生。而在伊賀，雙眼失明的小四郎想要訓練自己的聽力，但是開始的失敗令他懊惱不已。另一邊螢火繼續向伊賀前進，卻遇見了左衛門假扮的念鬼。

易容成念鬼的左衛門，告訴螢火弦之介等人已被自己殺死，唯獨左衛門逃脫，並告訴她殺死夜叉丸的正式左衛門，以言語打擊螢火，讓其疏於防範，最後螢火察覺念鬼是左衛門假冒，然而一切皆以來不及。另一邊，剩餘的伊賀5人也踏上了追擊甲賀等人的戰鬥之路。

為了讓朧對弦之介斷絕念想，天膳欲讓朧成為自己的妻子，對朧做出了非禮之事，而知道天膳意圖的小四郎因懷有對朧的感情而痛苦不堪，就在自己不知如何抉擇之時，暗中跟蹤伊賀之人的刑部，偷襲了天膳。陣五郎以為天膳已死，憤怒之下在船上狂亂的尋找刑部，卻被刑部丟入海中，溶化致死，而就在刑部得意之時，卻看到了被自己殺死的天膳。

天膳與刑部在船上展開對決，因無奈刑部的忍術，天膳只得以語言激將，讓刑部想起了因伊賀的陰謀而慘死的父親，卻因之後的不戰之約而無法報仇，心懷私仇的刑部也因此才獨自追擊而來。就在與天膳對抗時，刑部因無辜孩童與自己相同的遭遇有了動搖，正欲逃離之際，卻中了朱絹的忍術，最終為天膳所殺。

受不戰之約約束的伊賀和甲賀原本也充滿歡樂，雖然雙方的宿怨還未完全消融，然而在雙方首領的努力下，局勢也正往和解的方向行進，早已在兒時就與朧見過面的弦之介，成年後在首領的帶領下來到伊賀與朧相親，羞澀的朧在弦之界面前顯得笨手笨腳，但是弦之介卻發現了她的獨特之處。

行進的弦之介等人發現阿幻的鷹腳上抓著人名帖捲軸，弦之介與陽炎遂追趕而上，欲解決剩餘兩人的天膳發現其中一人竟是弦之介，追鷹而去的弦之介則是左衛門所假扮，中了豹馬的瞳術。以為天膳已死的小四郎悲痛之中起了帶朧離去的念頭，但是想到朧心中只有弦之介，欲前往擊殺弦之介。

面對小四郎的出現，豹馬要弦之介等人先行離去，獨自留下對付小四郎，卻慘死在小四郎手下，臨死的豹馬憶起由兒時起便跟隨自己學習瞳術的弦之介，原本弦之介只是一味要求學習瞳術，對自己教授的基礎不屑一顧，而在領悟其中道理後，全心全意跟隨自己學習。

慌亂中的小四郎聽到左衛門模仿的朱絹的聲音，被告知豹馬的確已死，左衛門偷襲了她與朧住的客棧，朧慘死，以緻小四郎情緒激動，最終中了左衛門與陽炎的計。趕來的朧與朱絹，在悲痛之中埋葬小四郎後遇到了伊賀支持的竹千代的乳母——阿福夫人，阿福夫人告知兩人伊賀和甲賀雙方之戰的真正原因乃是為了選出繼承人。

左衛門假扮天膳，來到阿福夫人、朧與朱絹所在的客棧，告訴朱絹殺死小四郎的陽炎的蹤跡，悲痛與憤怒使朱絹失去警覺，跟隨假冒的天膳前往，最終被二人所殺。而另一邊，在朱絹與假天膳離去後，復活後的天膳出現在了阿福夫人家臣的面前，就在朱絹死後，帶領著家臣找到了左衛門。

復活後的天膳帶領家臣找到左衛門假扮的自己，要其展現一下天膳的不死之技，就在左衛門想法推脫之時，被天膳與眾家臣刺死，而在臨死前得知了天正年間天膳的陰謀。假意投靠伊賀的，卻不知左衛門已死的陽炎來到阿福處，察覺面前的為天膳本人時欲用自身忍術將之毒殺，最後卻被阿福的家臣所擒，用以引出弦之介。

被擒的陽炎飽受天膳的非人折磨，朧趕來為陽炎求情，就在天膳想要侵犯朧時，弦之介出現，救下陽炎後與天膳陷入惡戰，也從天膳的口中得知天正年間的陰謀​​。為了設計讓彼此不要忘記應當憎恨的對手，天膳蓄意挑起了當年的戰端。

弦之介最後將天膳擊殺，重傷的陽炎為了能與弦之介在一起，想要以自身毒氣與弦之介一同赴死，而就在此時朧睜開眼睛，破了陽炎的忍術，致使陽炎獨自死去。阿福夫人帶著眾家臣趕到後，天膳想要再次復活時，朧用「破幻之瞳」讓天膳徹底死去，然而天膳體內的寄生物卻說出了眾人弦之介的藏身之處，阿福要求朧與弦之介在服部半藏面前一決勝負。

在服部半藏與阿福面前，就在眾人緊張關注著必要決出勝負的朧與弦之介之時，朧卻用刀刺進了自己的心臟，阿福夫人以為自己一方已經註定失敗，弦之介卻在捲軸上寫下了最後勝出者乃是朧的信息，並將自己與朧的名字劃去，隨後自殺與朧一起隨川而去，最終由伊賀支持的竹千代繼任將軍而宣告終結。