時值寬永，天下太平。在「慈尊院村」運動的忍者之中，有一對綻放異彩的少年少女。他們就是甲賀八郎、伊賀響―他們是一對雖為兄妹但注定要結為夫妻的年輕棟樑―響似乎接受了這一事實，然而八郎卻…

遭遇賊人襲擊的德川忠長，被精銳「甲賀五寶連」所救。然而，他們的棟樑八郎卻沒有出現。八郎打算偷偷地離開村子。因為他害怕自己和響的瞳術交織在一起所導致的「某種現象」再次發生…

成尋眾當中的一人孔雀啄突然現身。甲賀五寶連等人紛紛被他那超乎人類想像的絕技所蹂躪。最後只剩下了七鬥鯨飲這位年老多智的甲賀忍者，他想出了一條計策死裡求生。

就連精銳「伊賀五花撰」的成員們，也一個接一個無比輕易地命喪成尋眾之手。他們的頭領「成尋」出現在了忠長的身邊，並帶領忠長走進由「金剛樓閣」創造出的能超越時空的空間。在那裡，他們讓忠長看到了自己年幼時與家光一同度過的記憶…

成尋眾前來襲擊村子。為了保護兩人的“血脈”，年輕的忍者們一邊隱藏著八郎和響不被發現一邊應戰，然而他們卻根本無力反抗…。在危急關頭趕到的八郎和響，當兩個人的感情都達到亢奮狀態時，便引發了那一招「櫻花」。

時光飛逝，轉寢、才蔵、式部、七弦、滑婆、蓮、淚、現、以及響成為新五寶連、新五花撰的年輕忍者們為了防備成尋眾再次襲來，心懷各自的想法，不懈地努力進行修行。然而，其中卻沒有八郎的身影。

懷疑成尋眾與家光存在聯繫的滑婆，潛入了江戶城中，她在那裡遇見了一個出人意料的人物。另一邊，八郎見到了因謀反罪而被軟禁的忠長。在那裡，八郎得知因成尋眾而起的事態不僅沒有平息，甚至變得更加危急了。

突然出現的巨大城池「叢雲」。淚和現嘗試進行秘密偵察，靠近叢雲。另一邊，拒絕了忠長請求的八郎，被迫與忠長的部卒交戰。就在此時，新五寶連的成員趕來馳援。面對因為重逢而欣喜不已的五寶連，八郎他…

叢雲的防守力量比預想的更牢固，淚和現好不容易穿過敵軍，逃了出來。兩個人在河裡清洗受傷的身體，並許下了一個秘密的約定。在獲得淚和現豁出性命取回的情報後，才藏控制自己的眼珠飛向了叢雲。在那裡，他透過眼珠目睹了一幕令人難以置信的光景。

成尋的目的是復活織田上總介信長，令亂世再臨。聽說了這件事的滑婆，不禁想起了自己曾經經歷過的淒慘戰火中所發生過的一件事。同時心中滿懷悲嘆。另一邊，前往討伐叢雲的紀州藩準備開始進行砲撃。但就在此時…

在執行叢雲爆破作戰的過程中，七弦的腿被子彈擊中。接著七弦藏在廢屋裡面，接受淚的包紮，但是他的傷並不淺。熱度襲來，在昏迷的過程中，七弦做了一個夢。那是一個在久遠往昔，和溫柔的母親一起旅行的夢。

現和才藏一起行動。才藏的眼珠和現的幻術，兩個人將各自的忍法結合在一起，不斷送葬敵人。雖然才藏也親眼目睹了現的幻術，但是他並不知曉……現究竟是出於什麼樣的“理由”，才能夠展現出這樣一種地獄。

才藏等人執行的作戰，遭到了孔雀的阻擋。才藏想要尋找機會發動逆轉的一招，然而……另一邊，在作戰過程中，八郎再一次見到了成尋。就在八郎陷入苦戰的危機時，響及時趕到了，但就在此時，叢雲的砲彈向著兩人飛了過來。

叢雲消失了。本應重獲安寧才對，但卻因為沒有證據能保證成尋眾已經被消滅，因此眾人都隱隱有些難以平靜的樣子。睜眼醒來的響，得知八郎已經離開、不知去了什麼地方後，露出了落寞的笑容。但是，某一天晚上，八郎偷偷地回到了響的房裡。

響被抓走了。叢雲終於再次現身，變成了機動城池。新五花撰達等不及新五寶連集結，打算立刻侵入叢雲，於是轉寢便交給了她們一樣東西。滑婆絞盡腦汁想要令叢雲停下，就在此時皮膚坊出現在了她的面前，並提出了合作的請求。

八郎從成尋眾的其中一人夜叉至那裡，得知了響已經被他們抓走的消息。另一邊，淚向現吐露了一個事實。正因為這種時候才想要告訴你，淚如此說。因為現讓她意識到了，必須趁現在吐露出年幼時的經歷才行。

在皮膚坊的勸說之下，忠長企圖謀反的決心再一次動搖了。看見這樣的忠長，成尋便告訴了他一個令其痛恨的事實…。另一邊，八郎等人在對付成尋眾的其中一人涅哩底王時，陷入了苦戰。就在窮途末路之際，他們突然聽到了一陣驅動音。

八郎獨自被邀請入了叢雲內部。剩下的人開始拼命尋找侵入口，它應該就存在於某個位置。就在這時，才藏中了夜叉的招數，他不得不被迫回憶起了自己那充滿絕望的過去，同時將刀刃刺向了自己的肚子。

堅信自己是“朧”的響，認定八郎是“弦之介”，並懷著一腔愛憎襲向了他。另一邊，現等人雖然侵入了叢雲，但式部因為中了陷井而動彈不得。蓮打算設法營救式部，但…

為了讓響清醒過來，八郎想出了一個策略。另一邊，在叢雲內部行進的淚和現，遇見了涅哩底王。在受到轉寢的一撃之後本應失去力量的涅哩底王，卻滿臉從容不迫地說。你們的對手在你們身後。

成尋渴望獲得八郎和響的血液來完成儀式。在一番死鬥之後，淚和現拼上自己性命的忍法，再加上響的瞳術，終於擊潰了成尋的本願，本來就該如此。然而成尋依舊未死，臉上更是浮現出了游刃有餘的笑容。就在此時，黏上了成尋血液的骷髏突然發生了某種變化。

信長終於死而復生。但是，他的復活並不完全，他就像是一隻野獸一般兇猛地襲向了八郎他們。不知是否是出於滑婆釋放出的炸藥的原因，信長突然停下了腳步。在熊熊燃燒的火焰之中，他的意識變得一片恍惚，並且聲調開始改變。

為了葬送成尋，八郎和響使出了櫻花。但這卻導致了令人意想不到的慘案。透過轉寢的幻象，八郎和響得知了有關櫻花的“真實形態”，響選擇捨棄櫻花。櫻花究竟能否徹底潰滅呢？